More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2202 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 287 aa  556  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  51.27 
 
 		 273 aa  228  7e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1375  transcriptional regulator, AraC family  49.82 
 
 		 275 aa  205  6e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.372829  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2581  Helix-turn-helix, AraC domain protein  42.96 
 
 		 300 aa  154  1e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.042532  normal  0.012517 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 271 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 297 aa  106  4e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  35.17 
 
 		 309 aa  99.8  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1472  transcriptional regulator, AraC family  53.45 
 
 		 154 aa  95.1  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  35.07 
 
 		 272 aa  94  3e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  31.2 
 
 		 252 aa  91.3  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3512  AraC family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 292 aa  84.3  0.000000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  28.79 
 
 		 272 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  26.97 
 
 		 260 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  26.79 
 
 		 269 aa  81.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  31.58 
 
 		 289 aa  80.9  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1671  Helix-turn-helix, AraC domain protein  37.8 
 
 		 261 aa  80.1  0.00000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  32.35 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  28.41 
 
 		 272 aa  79.3  0.00000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 278 aa  78.6  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.1 
 
 		 260 aa  78.6  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 278 aa  78.6  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6610  AraC family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 277 aa  77  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  25.37 
 
 		 287 aa  76.6  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 279 aa  75.5  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 		 268 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4467  helix-turn-helix domain-containing protein  34.93 
 
 		 252 aa  74.7  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0353023 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  33.22 
 
 		 267 aa  73.9  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  24.19 
 
 		 281 aa  73.6  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2695  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 253 aa  73.2  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0816587  normal  0.146404 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 274 aa  73.2  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  27.98 
 
 		 274 aa  72  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1076  transcriptional regulator, AraC family  31.56 
 
 		 231 aa  71.2  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  26.26 
 
 		 269 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 289 aa  68.9  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8641  transcriptional regulator  32.57 
 
 		 266 aa  68.6  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3448  transcriptional regulator, AraC family  32.02 
 
 		 281 aa  67.4  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.327362  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2898  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 221 aa  67.8  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  31.15 
 
 		 275 aa  68.2  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3491  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.74 
 
 		 248 aa  67  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.873447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  24.62 
 
 		 277 aa  66.6  0.0000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3502  transcriptional regulator, AraC family  24.3 
 
 		 278 aa  66.2  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  34.62 
 
 		 265 aa  65.9  0.0000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  34.21 
 
 		 229 aa  65.5  0.0000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0370  AraC family transcriptional regulator  45 
 
 		 281 aa  64.7  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  34.43 
 
 		 244 aa  64.3  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 307 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 297 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  25.42 
 
 		 272 aa  64.3  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1713  AraC family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 286 aa  63.5  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  25.95 
 
 		 246 aa  63.9  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1932  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 236 aa  63.9  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2688  helix-turn-helix domain-containing protein  43.68 
 
 		 221 aa  63.5  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.977146  normal  0.242396 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  19.7 
 
 		 271 aa  63.2  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.39 
 
 		 255 aa  63.5  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17370  hypothetical protein  31.35 
 
 		 275 aa  62.8  0.000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.457096  normal  0.0989396 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  38.37 
 
 		 297 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  24.27 
 
 		 271 aa  62.4  0.000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  38.37 
 
 		 272 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 223 aa  61.6  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 271 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4320  AraC family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 255 aa  60.8  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.400643  normal  0.300736 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4881  AraC family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 263 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000645238  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  37.21 
 
 		 308 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  19.91 
 
 		 254 aa  61.2  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  23.75 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  37.65 
 
 		 295 aa  61.2  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 306 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 308 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3509  transcriptional regulator, AraC family  36.05 
 
 		 277 aa  60.5  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.551098  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0651  transcriptional regulator, AraC family  32.7 
 
 		 290 aa  60.5  0.00000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 305 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0553  AraC family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 255 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.169968  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 304 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4242  AraC family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 267 aa  59.7  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2108  transcriptional regulator, AraC family  32.96 
 
 		 263 aa  59.7  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0188933 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1684  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.42 
 
 		 288 aa  59.7  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.465215  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2350  transcriptional regulator, AraC family  31.98 
 
 		 263 aa  59.3  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0397043 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2463  helix-turn-helix domain-containing protein  24.21 
 
 		 257 aa  58.9  0.00000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1098  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.88 
 
 		 360 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0908  hypothetical protein  36.14 
 
 		 255 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6058  transcriptional regulator, AraC family  31.6 
 
 		 291 aa  58.5  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2613  AraC family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 255 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2475  AraC family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 255 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 306 aa  58.5  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0590  transcriptional regulator  36.17 
 
 		 347 aa  58.2  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  57  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 299 aa  57  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6833  transcriptional regulator, AraC family  37.04 
 
 		 259 aa  57  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.540277 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4383  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 257 aa  57  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.122442  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  27.93 
 
 		 291 aa  57  0.0000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  23.4 
 
 		 273 aa  56.6  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  23.48 
 
 		 271 aa  57  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37180  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  35.88 
 
 		 297 aa  56.6  0.0000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  35.29 
 
 		 393 aa  56.6  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0769  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 266 aa  56.6  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5244  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 134 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  36.14 
 
 		 306 aa  56.2  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2872  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 259 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5692  transcriptional regulator, AraC family  29.31 
 
 		 271 aa  56.2  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0876527  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  28.31 
 
 		 289 aa  56.2  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>