More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0075 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0075  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 236 aa  478  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3433  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 251 aa  193  2e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00135571 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  45.62 
 
 		 224 aa  192  5e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0213  cyclic nucleotide-binding protein  45.37 
 
 		 259 aa  192  5e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  44.75 
 
 		 222 aa  189  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5005  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.15 
 
 		 261 aa  187  9e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62031  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.33 
 
 		 230 aa  187  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0605  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.7 
 
 		 252 aa  186  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00101565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  42.27 
 
 		 228 aa  185  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1160  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 242 aa  184  7e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0464  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.12 
 
 		 272 aa  183  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0498511  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5713  transcriptional regulator  46.91 
 
 		 224 aa  182  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4138  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.32 
 
 		 234 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4026  cyclic nucleotide-binding protein  43.32 
 
 		 234 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0473  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 272 aa  180  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.144164 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3543  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 236 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4295  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.37 
 
 		 265 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3605  CRP/FNR family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 235 aa  179  4e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.391558 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 234 aa  176  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6150  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.74 
 
 		 226 aa  169  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5767  putative HTH Crp family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 253 aa  168  7e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4309  cyclic nucleotide-binding  42.55 
 
 		 232 aa  164  9e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0023  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.18 
 
 		 232 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.781949 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4072  cyclic nucleotide-binding protein  41.2 
 
 		 247 aa  162  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.426596  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4294  cyclic nucleotide-binding protein  41.2 
 
 		 247 aa  162  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.803161  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3223  cyclic nucleotide-binding protein  41.2 
 
 		 247 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.319468 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0018  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.27 
 
 		 232 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  40.93 
 
 		 285 aa  157  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1725  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40 
 
 		 251 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.134143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6768  cyclic nucleotide-binding protein  39.11 
 
 		 248 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1826  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2783  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  38.67 
 
 		 248 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4190  cyclic nucleotide-binding protein  40 
 
 		 262 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3712  cyclic nucleotide-binding protein  40 
 
 		 259 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 231 aa  145  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00647195  normal  0.364317 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1687  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  42.78 
 
 		 299 aa  144  9e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535238  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1395  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  38.43 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.553188  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2305  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  38.43 
 
 		 309 aa  142  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  38.43 
 
 		 284 aa  142  4e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1475  cyclic nucleotide-binding protein  38.43 
 
 		 284 aa  142  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0137  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  38.43 
 
 		 284 aa  142  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0992  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  38.43 
 
 		 289 aa  142  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0799157  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1075  cyclic nucleotide-binding protein  38.43 
 
 		 281 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2394  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 255 aa  124  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0405792  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0608  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.51 
 
 		 161 aa  118  7e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  35 
 
 		 231 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 225 aa  108  7.000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 		 225 aa  108  1e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.29 
 
 		 228 aa  90.1  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  30.14 
 
 		 225 aa  88.6  7e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.98 
 
 		 226 aa  87.8  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.32 
 
 		 228 aa  86.7  3e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  29.68 
 
 		 247 aa  86.3  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 226 aa  85.9  5e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.63 
 
 		 230 aa  85.1  9e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.63 
 
 		 230 aa  85.1  9e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  33.18 
 
 		 225 aa  84  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  30.59 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  31.16 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.77 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  32.09 
 
 		 228 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 239 aa  80.5  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 235 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.64 
 
 		 237 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 237 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.8 
 
 		 224 aa  79.3  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 239 aa  77.8  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 235 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  28.77 
 
 		 229 aa  77.4  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  28 
 
 		 235 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 260 aa  76.3  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  27.17 
 
 		 243 aa  76.3  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.09 
 
 		 243 aa  76.3  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 239 aa  76.3  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.09 
 
 		 243 aa  76.3  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.31 
 
 		 239 aa  75.9  0.0000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 235 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 241 aa  74.3  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 235 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.22 
 
 		 225 aa  73.6  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 235 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 235 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  31.05 
 
 		 224 aa  73.2  0.000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  24.77 
 
 		 239 aa  72.4  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 227 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  30 
 
 		 266 aa  72  0.000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 278 aa  72  0.000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  30.22 
 
 		 220 aa  71.6  0.000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  30.19 
 
 		 226 aa  71.2  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  29.22 
 
 		 225 aa  70.9  0.00000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.19 
 
 		 220 aa  71.2  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  29.03 
 
 		 251 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  29.03 
 
 		 251 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  29.03 
 
 		 251 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  27.85 
 
 		 225 aa  70.5  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.12 
 
 		 258 aa  70.5  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  29.03 
 
 		 251 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 227 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  29.03 
 
 		 251 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 258 aa  70.5  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3029  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 228 aa  69.3  0.00000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>