More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2301 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2301  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 242 aa  486  1e-137  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0456  GntR family transcriptional regulator  62.87 
 
 		 238 aa  298  4e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0420  GntR family transcriptional regulator  62.87 
 
 		 238 aa  298  4e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.330179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4033  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  58.26 
 
 		 244 aa  285  4e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0213  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  58.26 
 
 		 244 aa  285  4e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2078  GntR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 243 aa  199  3e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3696  transcriptional regulator, GntR family protein  42.13 
 
 		 240 aa  197  1.0000000000000001e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20350  putative transcriptional regulator  38.96 
 
 		 240 aa  148  9e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238526  normal  0.704224 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0812  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  38.33 
 
 		 240 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3559  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  36.73 
 
 		 241 aa  145  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1748  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  39.83 
 
 		 240 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3693  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  37.05 
 
 		 241 aa  145  6e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.189097  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2695  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  36.4 
 
 		 239 aa  145  6e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4032  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  36.61 
 
 		 241 aa  144  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0522  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  36.73 
 
 		 242 aa  142  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.498003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2250  transcriptional regulator GntR  37.44 
 
 		 239 aa  142  6e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.412993  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4343  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  34.51 
 
 		 241 aa  142  7e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2558  transcriptional regulator PhnF  38.43 
 
 		 239 aa  141  8e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153571  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4568  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  34.51 
 
 		 241 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03974  predicted DNA-binding transcriptional regulator of phosphonate uptake and biodegradation  34.07 
 
 		 241 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5615  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  34.07 
 
 		 241 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3889  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  34.07 
 
 		 241 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4656  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  34.07 
 
 		 241 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03934  hypothetical protein  34.07 
 
 		 241 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3924  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  34.07 
 
 		 241 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0886  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  35.09 
 
 		 238 aa  138  7e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3772  GntR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 252 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0306  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  34.21 
 
 		 241 aa  136  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.275672  normal  0.118863 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2197  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 256 aa  134  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6507  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2178  GntR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 252 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0464969 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4185  GntR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 249 aa  132  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.188072  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2887  GntR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 240 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0481832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1317  GntR family transcriptional regulator  38.56 
 
 		 271 aa  129  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.193011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5939  transcriptional regulator, GntR family  37.66 
 
 		 252 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1176  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  37.34 
 
 		 251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1307  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  34.82 
 
 		 239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00330813  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2399  GntR family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 258 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.720862  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3357  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  37.34 
 
 		 272 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.568535  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3347  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  37.34 
 
 		 258 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.546924  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0767  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2585  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  37.34 
 
 		 258 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3313  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  37.34 
 
 		 258 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.906593  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0315  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  37.34 
 
 		 258 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 248 aa  125  7e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 243 aa  125  7e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 243 aa  125  7e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 243 aa  125  7e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 243 aa  125  7e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 243 aa  125  7e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 225 aa  125  7e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3704  GntR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 240 aa  124  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.317205 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2920  GntR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 245 aa  122  6e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1061  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  34.31 
 
 		 253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488956  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1100  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3327  GntR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2213  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 264 aa  118  7.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.042368  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2009  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  35.1 
 
 		 246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.378179  normal  0.0458399 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0146  GntR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 252 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1950  transcriptional regulator, GntR family  32.34 
 
 		 256 aa  114  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000832464 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  36.19 
 
 		 244 aa  113  3e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2634  GntR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 245 aa  112  5e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  normal  0.864303 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1287  GntR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 242 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5849  GntR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 241 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499759  normal  0.557144 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6369  GntR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.972084  normal  0.74852 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5874  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  31.4 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.166435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2122  transcriptional regulator, GntR family  35.09 
 
 		 244 aa  110  3e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0781  GntR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 266 aa  107  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3318  transcriptional regulator, GntR family  31.36 
 
 		 252 aa  107  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000065866  hitchhiker  0.00380995 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1621  GntR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00823964  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4783  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  34.62 
 
 		 243 aa  107  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.133972  normal  0.113518 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1419  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 247 aa  106  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  30.87 
 
 		 243 aa  105  4e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1074  transcriptional regulator, GntR family  31.16 
 
 		 242 aa  105  5e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000120399  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  33.33 
 
 		 243 aa  105  6e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1632  GntR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 232 aa  105  6e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.367647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0178  GntR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 260 aa  105  6e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.516335 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1740  GntR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 232 aa  105  7e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.40989  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0189  GntR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 260 aa  105  7e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0198  GntR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 260 aa  105  7e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1063  transcriptional regulator, GntR family  29.49 
 
 		 242 aa  103  2e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.188898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000412  transcriptional regulator of succinyl CoA synthetase operon  33.18 
 
 		 235 aa  103  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8112  transcriptional regulator, GntR family  36.16 
 
 		 252 aa  103  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4206  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  34.85 
 
 		 249 aa  102  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  29.24 
 
 		 247 aa  102  5e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0763  transcriptional regulator, GntR family  34.18 
 
 		 242 aa  102  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.747826  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1424  putative transcriptional regulator, GntR family  33.92 
 
 		 246 aa  100  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.07575  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 255 aa  99.8  3e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  30.49 
 
 		 260 aa  99.8  3e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0551  GntR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 268 aa  99.8  3e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2751  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  33.33 
 
 		 239 aa  99.8  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1471  transcriptional regulator, GntR family  37.44 
 
 		 257 aa  99.4  4e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.461855  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2925  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  33.48 
 
 		 254 aa  99.4  4e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.608421  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2757  transcriptional regulator, GntR family  29.24 
 
 		 245 aa  99.4  5e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4236  GntR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 243 aa  99  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3858  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 247 aa  99  6e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.21556  normal  0.95264 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4088  GntR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 242 aa  98.6  7e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.199409  normal  0.0399057 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2856  GntR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 238 aa  99  7e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 244 aa  98.2  9e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34880  GntR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 249 aa  98.6  9e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000127927  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5574  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  32.08 
 
 		 255 aa  97.8  1e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.701747  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>