More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2572 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2572  methyltransferase type 11  100 
 
 
199 aa  402  1e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00406147  unclonable  3.36172e-08 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0183  methyltransferase type 11  49.75 
 
 
199 aa  166  2e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0947468  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0503  methyltransferase type 11  44.16 
 
 
197 aa  149  3e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2822  hypothetical protein  42.94 
 
 
200 aa  129  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.201237  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2491  Methyltransferase type 11  34.85 
 
 
195 aa  120  1e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.13744 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2489  methyltransferase type 11  37.56 
 
 
200 aa  116  2e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.910654  normal  0.230216 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2539  methyltransferase type 11  44.85 
 
 
203 aa  116  3e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0779638  normal  0.34629 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2971  Generic methyltransferase  42.6 
 
 
200 aa  115  4e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.294264  normal  0.814895 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2747  Methyltransferase type 11  34.72 
 
 
195 aa  112  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.718719 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2771  Methyltransferase type 12  39.64 
 
 
199 aa  109  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1956  methyltransferase type 12  38.34 
 
 
201 aa  108  7e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.177509  normal  0.0792402 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1407  methyltransferase type 11  36.2 
 
 
196 aa  107  8e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  45.45 
 
 
1287 aa  98.2  6e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0338  tellurite resistance protein-related protein  36.47 
 
 
192 aa  98.6  6e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0925  Methyltransferase type 11  40.28 
 
 
222 aa  96.3  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1409  hypothetical protein  38.96 
 
 
192 aa  95.1  6e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1131  hypothetical protein  38.89 
 
 
193 aa  94.7  7e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1089  hypothetical protein  38.89 
 
 
193 aa  94.4  9e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0182  tellurite resistance related protein  34.71 
 
 
214 aa  91.7  6e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1187  tellurite resistance related protein  34.71 
 
 
214 aa  91.7  6e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.954275  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3491  methyltransferase type 11  32.95 
 
 
364 aa  85.9  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2524  methyltransferase type 12  35.56 
 
 
195 aa  84.3  1e-15  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.347392  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03040  methyltransferase family protein  37.88 
 
 
202 aa  83.6  2e-15  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1751  putative methyltransferase  32.57 
 
 
222 aa  81.6  7e-15  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1053  hypothetical protein  31.18 
 
 
192 aa  80.1  2e-14  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.19261  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3205  Methyltransferase type 11  37.43 
 
 
210 aa  79  5e-14  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6054  methyltransferase type 11  34.86 
 
 
241 aa  78.2  7e-14  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.202203  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0348  hypothetical protein  30.95 
 
 
208 aa  77  2e-13  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.11153  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35300  hypothetical protein  33.33 
 
 
218 aa  77  2e-13  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1916  hypothetical protein  30.46 
 
 
211 aa  76.3  3e-13  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.193289  normal  0.326976 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2548  thiopurine S-methyltransferase  31.82 
 
 
213 aa  75.5  6e-13  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.997429  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1068  Methyltransferase type 12  28.48 
 
 
222 aa  74.7  8e-13  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0486  hypothetical protein  31.58 
 
 
208 aa  73.9  1e-12  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00760  methyltransferase family protein  32.8 
 
 
200 aa  73.2  2e-12  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.226135 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1032  methyltransferase type 11  31.61 
 
 
208 aa  73.2  3e-12  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.507472  normal  0.696143 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0933  methyltransferase type 12  31.33 
 
 
208 aa  72.4  4e-12  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.275777  hitchhiker  0.00155248 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4338  methyltransferase type 11  32.18 
 
 
208 aa  72.4  4e-12  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1408  Methyltransferase type 11  34.78 
 
 
222 aa  72  5e-12  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.464916  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0640  methyltransferase type 11  32.56 
 
 
197 aa  72  5e-12  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0233  hypothetical protein  30.95 
 
 
209 aa  72  6e-12  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.385291  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0572  methyltransferase type 11  34.11 
 
 
210 aa  72  6e-12  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5190  hypothetical protein  30.41 
 
 
207 aa  71.6  7e-12  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1544  Methyltransferase type 11  31.06 
 
 
200 aa  71.6  7e-12  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2940  methyltransferase type 11  32.95 
 
 
224 aa  70.9  1e-11  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2456  methyltransferase type 11  38.19 
 
 
217 aa  70.5  1e-11  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.161151  normal  0.897652 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4053  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase UbiE  31.03 
 
 
207 aa  70.5  2e-11  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0257  Methyltransferase type 11  31.44 
 
 
208 aa  70.1  2e-11  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00403327 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1419  methyltransferase type 11  30.77 
 
 
211 aa  70.1  2e-11  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00200  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase  29.47 
 
 
200 aa  69.7  3e-11  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4619  methyltransferase type 11  33.53 
 
 
200 aa  68.6  6e-11  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.194423  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2514  methyltransferase type 11  30.86 
 
 
208 aa  68.6  6e-11  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0379622  normal  0.538818 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2337  methyltransferase type 12  36.42 
 
 
440 aa  68.6  6e-11  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2277  methyltransferase type 11  31.08 
 
 
250 aa  68.6  7e-11  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0448979  normal  0.0702037 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1686  Methyltransferase type 11  34.25 
 
 
212 aa  67.8  9e-11  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.776814  normal  0.112952 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02230  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase  31.91 
 
 
224 aa  67.4  1e-10  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0154  Methyltransferase type 11  34.53 
 
 
218 aa  67.4  1e-10  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.733212 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0494  Methyltransferase type 11  34.78 
 
 
228 aa  66.6  2e-10  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0277441 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29120  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase  34.67 
 
 
203 aa  66.6  2e-10  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0174  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase-like protein  33.53 
 
 
217 aa  66.6  3e-10  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4265  Methyltransferase type 11  30.53 
 
 
215 aa  65.9  4e-10  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00699595  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4865  Methyltransferase type 11  34.01 
 
 
218 aa  65.5  6e-10  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.743669  normal  0.127304 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0502  putative methyltransferase  37.41 
 
 
217 aa  64.7  8e-10  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.925229  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1080  Methyltransferase type 11  34.71 
 
 
215 aa  63.5  2e-09  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3896  methyltransferase type 11  32.34 
 
 
208 aa  62.8  3e-09  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.744662  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0642  Methyltransferase type 12  32.54 
 
 
227 aa  62.8  4e-09  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.970055 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1113  methyltransferase type 11  30.82 
 
 
226 aa  62.4  4e-09  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7236  Methyltransferase type 12  34.97 
 
 
234 aa  62  5e-09  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4405  Methyltransferase type 11  31.69 
 
 
210 aa  60.1  2e-08  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.432448  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1090  hypothetical protein  28.75 
 
 
201 aa  60.5  2e-08  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2989  methyltransferase type 11  31.14 
 
 
232 aa  59.7  3e-08  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  3.0187e-05 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2959  Methyltransferase type 12  28.49 
 
 
196 aa  59.3  3e-08  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0135677 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0981  Methyltransferase type 11  28.57 
 
 
221 aa  59.7  3e-08  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3026  hypothetical protein  28.65 
 
 
196 aa  58.9  4e-08  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000455995  normal  0.015635 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2117  Methyltransferase type 11  35.97 
 
 
221 aa  58.9  5e-08  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6189  Methyltransferase type 11  32.99 
 
 
220 aa  58.5  7e-08  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16281  SAM-binding motif-containing protein  29.82 
 
 
309 aa  58.2  7e-08  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0081  hypothetical protein  28.3 
 
 
390 aa  57.8  1e-07  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.113144  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3257  Methyltransferase type 11  28.16 
 
 
551 aa  57.8  1e-07  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.708921  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1268  biotin biosynthesis protein BioC  38.38 
 
 
251 aa  56.6  2e-07  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00543221  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3306  Methyltransferase type 12  27.96 
 
 
196 aa  56.2  3e-07  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0246311 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0428  Methyltransferase type 12  38.05 
 
 
361 aa  56.2  3e-07  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5595  Methyltransferase type 11  40.37 
 
 
239 aa  55.8  4e-07  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2296  Methyltransferase type 11  31.47 
 
 
209 aa  55.1  6e-07  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  2.3308e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1232  methyltransferase type 11  29.7 
 
 
238 aa  55.1  6e-07  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.976917  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2157  Mg-protoporphyrin IX methyl transferase  36.36 
 
 
232 aa  55.5  6e-07  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.969271  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2460  hypothetical protein  30.56 
 
 
281 aa  55.5  6e-07  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.171848  normal  0.0255916 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1983  Methyltransferase type 11  32.65 
 
 
252 aa  54.7  9e-07  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.600797 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1313  biotin biosynthesis protein BioC  34.38 
 
 
255 aa  54.3  1e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.110955  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4348  hypothetical protein  33.66 
 
 
220 aa  53.9  2e-06  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.457106  normal  0.449633 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1528  Methyltransferase type 11  31.43 
 
 
209 aa  53.5  2e-06  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.309563  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1804  methyltransferase type 12  25.87 
 
 
266 aa  52.8  3e-06  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0687  Methyltransferase type 12  31.58 
 
 
208 aa  53.1  3e-06  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.557107 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1975  Mg-protoporphyrin IX methyl transferase  32.63 
 
 
233 aa  53.1  3e-06  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.611678 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7096  Methyltransferase type 11  27.96 
 
 
208 aa  53.1  3e-06  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.517227  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1760  type 11 methyltransferase  33.82 
 
 
275 aa  53.1  3e-06  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2584  Mg-protoporphyrin IX methyl transferase  34.09 
 
 
232 aa  53.1  3e-06  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0617  Methyltransferase type 12  27.11 
 
 
310 aa  52.8  4e-06  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0164647 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2775  Methyltransferase type 11  29.82 
 
 
277 aa  52.8  4e-06  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2168  Methyltransferase type 11  27.56 
 
 
250 aa  52  6e-06  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  1.53459e-06 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2809  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase ubie  28.87 
 
 
235 aa  52  6e-06  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>