More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0997 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0997  preprotein translocase subunit SecF  100 
 
 		 322 aa  637    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1085  preprotein translocase subunit SecF  63.11 
 
 		 328 aa  413  1e-114  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.161965 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1858  preprotein translocase subunit SecF  63.98 
 
 		 320 aa  396  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.150957  normal  0.772867 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0457  preprotein translocase subunit SecF  61.68 
 
 		 324 aa  392  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0172615  normal  0.0827508 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1799  preprotein translocase subunit SecF  59.81 
 
 		 324 aa  382  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0445  preprotein translocase subunit SecF  59.5 
 
 		 324 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.222875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1415  preprotein translocase subunit SecF  56.39 
 
 		 330 aa  373  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.661465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1898  protein translocase subunit secF  48.17 
 
 		 314 aa  278  1e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.186497  normal  0.970453 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3037  protein-export membrane protein SecF  50.16 
 
 		 316 aa  276  3e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4310  protein-export membrane protein SecF  46.1 
 
 		 357 aa  257  2e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2856  protein-export membrane protein SecF  43.3 
 
 		 318 aa  257  2e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.114618 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  45.95 
 
 		 856 aa  254  2.0000000000000002e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1768  preprotein translocase subunit SecF  47.35 
 
 		 352 aa  250  2e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0148605  normal  0.0118701 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1002  protein-export membrane protein SecF  44.08 
 
 		 319 aa  251  2e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2775  preprotein translocase subunit SecF  46.69 
 
 		 334 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.33037 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  47.02 
 
 		 856 aa  250  2e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3171  preprotein translocase subunit SecF  47.02 
 
 		 372 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.203608  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1713  SecF protein  46.84 
 
 		 327 aa  247  2e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.24873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4405  preprotein translocase subunit SecF  46.36 
 
 		 335 aa  246  3e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0338927  normal  0.256135 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2776  preprotein translocase subunit SecF  46.69 
 
 		 369 aa  246  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.686561  normal  0.719321 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3211  protein translocase subunit secF  47.54 
 
 		 311 aa  246  3e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2731  preprotein translocase subunit SecF  46.03 
 
 		 367 aa  246  4e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.447806  normal  0.258523 
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.78 
 
 		 845 aa  241  9e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1800  preprotein translocase subunit SecF  48.01 
 
 		 340 aa  241  1e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0690803  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.65 
 
 		 839 aa  238  8e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  44.66 
 
 		 846 aa  237  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.45 
 
 		 844 aa  236  3e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.47 
 
 		 844 aa  235  9e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4227  protein-export membrane protein SecF  42.77 
 
 		 314 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4746  protein-export membrane protein SecF  42.44 
 
 		 314 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0265427 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2336  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.19 
 
 		 759 aa  233  3e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.217617  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4597  protein-export membrane protein SecF  42.44 
 
 		 314 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.486566  normal  0.106389 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.65 
 
 		 844 aa  232  5e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1219  preprotein translocase subunit SecF  43.75 
 
 		 314 aa  232  6e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.417925 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2492  protein-export membrane protein SecF  45.54 
 
 		 316 aa  231  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.27994  normal  0.326076 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0887  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.07 
 
 		 785 aa  230  2e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0891  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.07 
 
 		 785 aa  230  3e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.983907  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.26 
 
 		 848 aa  229  7e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2056  protein-export membrane protein SecF  41.78 
 
 		 337 aa  228  8e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.880378  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2189  protein-export membrane protein SecF  44.22 
 
 		 316 aa  228  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1714  protein-export membrane protein SecF  41.78 
 
 		 316 aa  228  1e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.611616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01348  protein-export membrane protein SecF  39.6 
 
 		 313 aa  227  2e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.256718  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2699  preprotein translocase subunit SecF  42.23 
 
 		 315 aa  227  2e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.584759  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.9 
 
 		 853 aa  226  3e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.64 
 
 		 834 aa  226  4e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1231  protein-export membrane protein SecF  41.42 
 
 		 313 aa  226  6e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0282245  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  44.01 
 
 		 846 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.823548 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01049  preprotein translocase subunit SecF  41.58 
 
 		 315 aa  223  2e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004364  protein-export membrane protein SecF  40 
 
 		 315 aa  224  2e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0679828  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0273  preprotein translocase subunit SecF  41.78 
 
 		 315 aa  223  3e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1450  preprotein translocase subunit SecF  44.17 
 
 		 315 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.101016  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.93 
 
 		 849 aa  221  9e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1404  preprotein translocase subunit SecF  42.37 
 
 		 315 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0316508  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1385  preprotein translocase subunit SecF  43.82 
 
 		 315 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00983524  hitchhiker  0.000000302266 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1438  preprotein translocase subunit SecF  43.82 
 
 		 315 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107161  hitchhiker  0.00000672809 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2065  preprotein translocase subunit SecF  43.77 
 
 		 313 aa  220  3e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1064  preprotein translocase subunit SecF  40.2 
 
 		 322 aa  219  7e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204402 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2481  preprotein translocase subunit SecF  43.31 
 
 		 315 aa  218  1e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0456849  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1891  preprotein translocase subunit SecF  39.8 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000401903  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2334  preprotein translocase subunit SecF  42.23 
 
 		 315 aa  218  2e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.307818  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1123  preprotein translocase subunit SecF  40.07 
 
 		 315 aa  216  2.9999999999999998e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2784  preprotein translocase subunit SecF  42.96 
 
 		 315 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0481367  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2879  preprotein translocase subunit SecF  42.96 
 
 		 315 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0152003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1573  preprotein translocase subunit SecF  42.96 
 
 		 315 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00583403  hitchhiker  0.000000100837 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2432  preprotein translocase subunit SecF  41.45 
 
 		 316 aa  216  4e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2804  preprotein translocase subunit SecF  42.96 
 
 		 315 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00594045  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2072  protein translocase subunit secF  41.64 
 
 		 325 aa  216  5.9999999999999996e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0467  preprotein translocase subunit SecF  39.32 
 
 		 323 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0454  preprotein translocase subunit SecF  39.32 
 
 		 323 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0508  preprotein translocase subunit SecF  39.32 
 
 		 323 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0447  preprotein translocase subunit SecF  39.32 
 
 		 323 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0448  preprotein translocase subunit SecF  39.32 
 
 		 323 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1238  preprotein translocase subunit SecF  37.91 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.132934  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1289  preprotein translocase subunit SecF  37.91 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000106623  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2277  protein-export membrane protein SecF  42.86 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3110  preprotein translocase subunit SecF  40.64 
 
 		 315 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00357  protein export protein SecF  38.98 
 
 		 323 aa  212  5.999999999999999e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.797763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3200  protein-export membrane protein SecF  38.98 
 
 		 323 aa  212  5.999999999999999e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0111096  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0489  preprotein translocase subunit SecF  38.98 
 
 		 323 aa  212  5.999999999999999e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3224  preprotein translocase subunit SecF  38.98 
 
 		 323 aa  212  5.999999999999999e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000013674 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0328  preprotein translocase subunit SecF  38.98 
 
 		 323 aa  212  5.999999999999999e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.264814  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0439  preprotein translocase subunit SecF  38.98 
 
 		 323 aa  212  5.999999999999999e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0441  preprotein translocase subunit SecF  38.98 
 
 		 323 aa  212  5.999999999999999e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0479  preprotein translocase subunit SecF  38.98 
 
 		 323 aa  212  5.999999999999999e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00361  hypothetical protein  38.98 
 
 		 323 aa  212  5.999999999999999e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.662274  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2349  preprotein translocase subunit SecF  41.12 
 
 		 312 aa  211  1e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1231  preprotein translocase subunit SecF  39.66 
 
 		 303 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.611016  normal  0.761235 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1473  preprotein translocase subunit SecF  43.31 
 
 		 315 aa  211  2e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.13163  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2190  preprotein translocase subunit SecF  41.41 
 
 		 315 aa  209  3e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.447622  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0866  preprotein translocase subunit SecF  40.68 
 
 		 302 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.222243  normal  0.607881 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1302  protein-export membrane protein SecF  44.48 
 
 		 315 aa  209  5e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1416  protein-export membrane protein SecF  39.66 
 
 		 303 aa  209  6e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0879  preprotein translocase subunit SecF  40.68 
 
 		 302 aa  209  7e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0954141 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0836  preprotein translocase subunit SecF  40 
 
 		 302 aa  208  8e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.885534 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1759  preprotein translocase subunit SecF  43.49 
 
 		 315 aa  206  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.020465  normal  0.0122623 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1454  protein-export membrane protein SecF  42.86 
 
 		 308 aa  206  6e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0298464  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0847  protein-export membrane protein SecF  40.44 
 
 		 359 aa  205  8e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0561071  normal  0.116765 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0878  preprotein translocase subunit SecF  37.71 
 
 		 323 aa  204  1e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3094  preprotein translocase subunit SecF  37.92 
 
 		 323 aa  204  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.278166  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2889  preprotein translocase subunit SecF  42.44 
 
 		 315 aa  203  4e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000629469 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>