More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_0012 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  100 
 
 
315 aa  617  1e-176  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  69.97 
 
 
316 aa  410  1e-113  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  64.8 
 
 
309 aa  396  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  64.71 
 
 
312 aa  393  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  64.05 
 
 
312 aa  390  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  63.4 
 
 
317 aa  388  1e-107  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  63.96 
 
 
313 aa  381  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  64.61 
 
 
313 aa  381  1e-105  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  65.25 
 
 
326 aa  384  1e-105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  64.03 
 
 
310 aa  379  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  63.49 
 
 
317 aa  378  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  62.91 
 
 
309 aa  379  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  63.64 
 
 
313 aa  380  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  63.16 
 
 
310 aa  376  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  64.38 
 
 
313 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  63.25 
 
 
309 aa  374  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  61.97 
 
 
312 aa  377  1e-103  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  63.64 
 
 
313 aa  377  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  64.03 
 
 
309 aa  375  1e-103  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3901  porphobilinogen deaminase  62.5 
 
 
310 aa  371  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  62.5 
 
 
310 aa  371  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  62.83 
 
 
310 aa  373  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  62.62 
 
 
311 aa  373  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  62.83 
 
 
310 aa  373  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  62.21 
 
 
313 aa  372  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0112  porphobilinogen deaminase  63.16 
 
 
309 aa  372  1e-102  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4094  porphobilinogen deaminase  62.83 
 
 
310 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  63.16 
 
 
315 aa  374  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  62.83 
 
 
310 aa  373  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4000  porphobilinogen deaminase  62.5 
 
 
310 aa  371  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.799289  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  64.05 
 
 
312 aa  370  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  61.81 
 
 
313 aa  370  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  63.07 
 
 
313 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  62.75 
 
 
313 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  59.87 
 
 
310 aa  369  1e-101  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  63.04 
 
 
351 aa  369  1e-101  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  62.91 
 
 
322 aa  369  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  64.17 
 
 
314 aa  370  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  61.49 
 
 
313 aa  368  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  62.17 
 
 
310 aa  370  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  61.24 
 
 
317 aa  366  1e-100  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  63.4 
 
 
313 aa  365  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  62.42 
 
 
313 aa  364  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  61.17 
 
 
313 aa  367  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  62.09 
 
 
313 aa  362  3e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  62.09 
 
 
318 aa  363  3e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.473943 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  62.09 
 
 
320 aa  362  4e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  62.09 
 
 
320 aa  362  4e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  62.09 
 
 
320 aa  362  4e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  62.09 
 
 
313 aa  362  5e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  62.09 
 
 
318 aa  362  5e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  62.09 
 
 
313 aa  362  5e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  62.09 
 
 
320 aa  362  6e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2670  porphobilinogen deaminase  61.54 
 
 
308 aa  361  7e-99  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  6.35996e-10 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  61.76 
 
 
320 aa  361  9e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  62.09 
 
 
313 aa  360  1e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  61.92 
 
 
313 aa  360  2e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3109  hydroxymethylbilane synthase  61.56 
 
 
311 aa  357  1e-97  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2263  porphobilinogen deaminase  57.72 
 
 
339 aa  356  3e-97  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  61.26 
 
 
318 aa  355  6e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  60.93 
 
 
310 aa  355  6e-97  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  61.26 
 
 
320 aa  355  7e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  61.26 
 
 
320 aa  355  7e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  61.26 
 
 
313 aa  354  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  61.26 
 
 
313 aa  354  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0502  porphobilinogen deaminase  60.07 
 
 
310 aa  352  5e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2161  porphobilinogen deaminase  60.84 
 
 
319 aa  350  1e-95  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  59.6 
 
 
326 aa  350  2e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  62.42 
 
 
313 aa  349  4e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  62.42 
 
 
313 aa  349  4e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  59.02 
 
 
308 aa  349  4e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0098  porphobilinogen deaminase  54.49 
 
 
345 aa  349  5e-95  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0089  hydroxymethylbilane synthase  54.49 
 
 
345 aa  347  1e-94  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  56.83 
 
 
321 aa  340  2e-92  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3530  porphobilinogen deaminase  60.8 
 
 
303 aa  338  5e-92  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  56.82 
 
 
314 aa  335  4e-91  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04137  porphobilinogen deaminase  60.07 
 
 
304 aa  330  3e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.870517  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2568  porphobilinogen deaminase  57.76 
 
 
306 aa  325  6e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0824843 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2749  porphobilinogen deaminase  56.77 
 
 
334 aa  321  1e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.319663  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0061  porphobilinogen deaminase  54.97 
 
 
311 aa  321  1e-86  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  58 
 
 
315 aa  319  4e-86  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1225  porphobilinogen deaminase  56.77 
 
 
305 aa  317  2e-85  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3674  porphobilinogen deaminase  56.42 
 
 
311 aa  314  1e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1437  porphobilinogen deaminase  56.23 
 
 
310 aa  313  3e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0700  porphobilinogen deaminase  57.43 
 
 
334 aa  311  1e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1258  porphobilinogen deaminase  56.44 
 
 
305 aa  309  4e-83  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0035  porphobilinogen deaminase  55.63 
 
 
310 aa  308  9e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4968  porphobilinogen deaminase  51.76 
 
 
322 aa  305  4e-82  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  54.9 
 
 
310 aa  305  6e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  51.92 
 
 
318 aa  303  3e-81  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  51.28 
 
 
318 aa  303  3e-81  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0208  porphobilinogen deaminase  51.46 
 
 
320 aa  301  7e-81  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.492293 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  51.12 
 
 
318 aa  301  8e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2032  porphobilinogen deaminase  51.78 
 
 
320 aa  300  2e-80  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.759518 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2007  porphobilinogen deaminase  51.78 
 
 
320 aa  300  2e-80  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  51.12 
 
 
318 aa  300  2e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  52.96 
 
 
310 aa  300  2e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0584  porphobilinogen deaminase  52.38 
 
 
317 aa  298  5e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.415079 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1680  porphobilinogen deaminase  52.96 
 
 
317 aa  299  5e-80  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2232  porphobilinogen deaminase  61.69 
 
 
312 aa  298  6e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.495959  normal  0.0113482 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>