92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE2743 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  100 
 
 
175 aa  362  1e-99  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  37.5 
 
 
419 aa  105  3e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  4.06123e-05 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  32.18 
 
 
388 aa  104  6e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  30.63 
 
 
427 aa  90.9  8e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  31.55 
 
 
439 aa  89.7  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 
397 aa  86.3  2e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.33 
 
 
493 aa  83.2  2e-15  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  34.75 
 
 
387 aa  81.6  6e-15  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.95 
 
 
413 aa  79  3e-14  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.3 
 
 
386 aa  79.3  3e-14  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  26.25 
 
 
392 aa  78.2  5e-14  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  32.19 
 
 
393 aa  78.2  6e-14  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  26.67 
 
 
495 aa  75.1  4e-13  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  25.16 
 
 
414 aa  75.1  5e-13  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  31.43 
 
 
360 aa  74.3  7e-13  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.86 
 
 
442 aa  74.3  8e-13  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  29.3 
 
 
351 aa  73.9  9e-13  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  24.39 
 
 
429 aa  71.2  7e-12  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  29.05 
 
 
417 aa  71.2  7e-12  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  29.49 
 
 
373 aa  70.1  1e-11  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  27.92 
 
 
363 aa  70.1  2e-11  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  25.27 
 
 
501 aa  69.3  3e-11  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  26.61 
 
 
400 aa  67.4  9e-11  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  25.85 
 
 
364 aa  67  1e-10  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  26.49 
 
 
390 aa  67  1e-10  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  2.69296e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  25.17 
 
 
419 aa  65.5  4e-10  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  29.73 
 
 
422 aa  65.1  5e-10  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  23.12 
 
 
477 aa  65.1  5e-10  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  27.81 
 
 
390 aa  64.7  6e-10  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1094  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.48 
 
 
205 aa  64.7  7e-10  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0782363  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  28.98 
 
 
587 aa  63.5  1e-09  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.33 
 
 
388 aa  63.9  1e-09  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  30.25 
 
 
395 aa  62.8  2e-09  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  24.49 
 
 
416 aa  62.4  3e-09  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  24.52 
 
 
405 aa  61.6  6e-09  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  30.14 
 
 
406 aa  61.2  6e-09  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.95 
 
 
378 aa  61.2  7e-09  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  22.88 
 
 
418 aa  61.2  7e-09  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  22.88 
 
 
418 aa  61.2  7e-09  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  23.85 
 
 
415 aa  59.7  2e-08  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  25.83 
 
 
385 aa  59.7  2e-08  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  22.35 
 
 
415 aa  59.7  2e-08  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  26.9 
 
 
476 aa  59.7  2e-08  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1544  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.33 
 
 
374 aa  58.9  4e-08  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  23.56 
 
 
413 aa  58.2  6e-08  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  25.32 
 
 
547 aa  57.8  7e-08  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  25.66 
 
 
374 aa  57.8  9e-08  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1435  restriction modification system DNA specificity subunit  27.5 
 
 
340 aa  57  1e-07  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2740  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  25.79 
 
 
162 aa  57  1e-07  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0987272  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  26.32 
 
 
413 aa  56.6  2e-07  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  23.04 
 
 
532 aa  55.5  4e-07  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  31.55 
 
 
528 aa  54.7  7e-07  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 
477 aa  53.5  1e-06  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  22.08 
 
 
363 aa  53.1  2e-06  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  26.75 
 
 
444 aa  53.1  2e-06  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  25.56 
 
 
364 aa  52.4  3e-06  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  23.12 
 
 
303 aa  52.4  4e-06  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  5.13186e-05  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  23.12 
 
 
354 aa  52  4e-06  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.29 
 
 
565 aa  51.6  5e-06  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1411  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  25 
 
 
382 aa  49.3  3e-05  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.202691  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12774  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS  23.93 
 
 
364 aa  49.3  3e-05  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  26.67 
 
 
435 aa  48.5  5e-05  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  25.33 
 
 
479 aa  47.8  7e-05  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  28.46 
 
 
368 aa  47.8  8e-05  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  27.68 
 
 
371 aa  47.4  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1842  restriction modification system DNA specificity subunit  26.99 
 
 
391 aa  47.4  0.0001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  25.14 
 
 
564 aa  47  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2394  hypothetical protein  32.88 
 
 
87 aa  46.6  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  22.84 
 
 
430 aa  46.6  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  25.58 
 
 
616 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  25.7 
 
 
400 aa  46.6  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  24.23 
 
 
323 aa  45.8  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2180  restriction modification system DNA specificity subunit  26.63 
 
 
405 aa  46.2  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  24.14 
 
 
590 aa  45.8  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.14 
 
 
520 aa  45.1  0.0005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  22.99 
 
 
402 aa  45.1  0.0005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1393  restriction and modification enzyme CjeI  26.4 
 
 
1285 aa  45.1  0.0005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  32.86 
 
 
395 aa  44.7  0.0007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  24.54 
 
 
458 aa  44.3  0.0009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  21.62 
 
 
547 aa  44.3  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  46.34 
 
 
595 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.97 
 
 
427 aa  43.5  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  27.34 
 
 
424 aa  42.4  0.003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  28.18 
 
 
435 aa  42  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  24.29 
 
 
492 aa  42.4  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  42.86 
 
 
557 aa  42  0.004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  20.78 
 
 
431 aa  42  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  29.85 
 
 
577 aa  41.6  0.006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  26.72 
 
 
453 aa  41.2  0.007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  22.03 
 
 
556 aa  41.2  0.007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  20.77 
 
 
447 aa  41.2  0.008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.77 
 
 
471 aa  40.8  0.01  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.963501 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>