More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0875 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE0875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  100 
 
 		 234 aa  467  1.0000000000000001e-131  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000212834  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  41.1 
 
 		 253 aa  171  9e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  42.13 
 
 		 235 aa  170  1e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.03 
 
 		 239 aa  168  5e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.59 
 
 		 251 aa  163  2.0000000000000002e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.14 
 
 		 247 aa  161  9e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  37.77 
 
 		 271 aa  160  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  41.28 
 
 		 309 aa  157  1e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  38.49 
 
 		 553 aa  156  3e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.81 
 
 		 236 aa  154  8e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  38.36 
 
 		 238 aa  153  2e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  41.88 
 
 		 241 aa  154  2e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 274 aa  153  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  38.1 
 
 		 241 aa  152  2.9999999999999998e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 258 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  41.81 
 
 		 236 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  36.86 
 
 		 406 aa  152  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.77 
 
 		 243 aa  152  2.9999999999999998e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1356  pseudouridine synthase  36.8 
 
 		 254 aa  151  8.999999999999999e-36  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  39.74 
 
 		 243 aa  150  1e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.34 
 
 		 237 aa  150  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  36.17 
 
 		 247 aa  149  3e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  35.42 
 
 		 252 aa  148  6e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0129  hypothetical RNA pseudouridine synthase (RNA-uridine isomerase)  39.22 
 
 		 249 aa  148  9e-35  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  35.74 
 
 		 251 aa  148  9e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1564  pseudouridine synthase  37.34 
 
 		 243 aa  147  1.0000000000000001e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.531508  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  33.61 
 
 		 250 aa  146  2.0000000000000003e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  41.3 
 
 		 236 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.48 
 
 		 249 aa  146  2.0000000000000003e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.71 
 
 		 236 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000380815  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  37.99 
 
 		 556 aa  147  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  37.93 
 
 		 567 aa  145  4.0000000000000006e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  41.2 
 
 		 230 aa  145  5e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  38.36 
 
 		 266 aa  145  6e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  37.07 
 
 		 239 aa  144  9e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  35.27 
 
 		 274 aa  144  1e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  38.77 
 
 		 298 aa  144  1e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.52 
 
 		 237 aa  144  1e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  36.8 
 
 		 229 aa  144  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  40.09 
 
 		 243 aa  143  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  35.86 
 
 		 265 aa  144  2e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  37.07 
 
 		 266 aa  144  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0242  pseudouridine synthase  37.28 
 
 		 467 aa  144  2e-33  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.86 
 
 		 290 aa  143  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  37.23 
 
 		 229 aa  142  3e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.48 
 
 		 243 aa  142  3e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  36.4 
 
 		 403 aa  143  3e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.04 
 
 		 239 aa  142  3e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  36.17 
 
 		 354 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  37.39 
 
 		 255 aa  143  3e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  38.63 
 
 		 290 aa  142  4e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.34 
 
 		 249 aa  142  4e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3785  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.18 
 
 		 354 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000422758 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  38.43 
 
 		 227 aa  142  5e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  38.33 
 
 		 298 aa  142  6e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  38.56 
 
 		 273 aa  142  6e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0778  pseudouridine synthase  37.21 
 
 		 234 aa  141  7e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.132612  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1416  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.18 
 
 		 355 aa  141  7e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.504489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.03 
 
 		 240 aa  141  8e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  33.05 
 
 		 329 aa  141  8e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4002  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.18 
 
 		 355 aa  141  8e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000006993 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  37.87 
 
 		 375 aa  140  9.999999999999999e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.93 
 
 		 238 aa  140  9.999999999999999e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2907  pseudouridine synthase  37.34 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191084  normal  0.0790045 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.63 
 
 		 332 aa  140  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  35.02 
 
 		 318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1367  pseudouridine synthase  34.65 
 
 		 228 aa  139  3e-32  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  36.32 
 
 		 238 aa  139  3e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  37.39 
 
 		 251 aa  139  3e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  36.91 
 
 		 288 aa  139  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4295  tRNA pseudouridine synthase A  36.8 
 
 		 229 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.502862  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.9 
 
 		 405 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.17 
 
 		 255 aa  139  3.9999999999999997e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.02 
 
 		 355 aa  138  6e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2246  pseudouridine synthase  36.91 
 
 		 293 aa  138  6e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041999 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4664  RNA pseudouridine synthase family protein  36.36 
 
 		 229 aa  138  7e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000338172 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl548  23S rRNA pseudouridine synthase  35.59 
 
 		 251 aa  138  7.999999999999999e-32  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00558647  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4446  RNA pseudouridylate synthase  36.36 
 
 		 229 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  34.5 
 
 		 233 aa  138  8.999999999999999e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1820  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.63 
 
 		 288 aa  138  8.999999999999999e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4792  RNA pseudouridine synthase family protein  36.36 
 
 		 229 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1557  pseudouridine synthase  36.21 
 
 		 252 aa  137  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1228  pseudouridine synthase, Rsu  36.25 
 
 		 317 aa  137  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000379641  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1581  pseudouridine synthase  36.21 
 
 		 252 aa  137  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  37.83 
 
 		 250 aa  137  1e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  37.55 
 
 		 624 aa  137  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0462  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  34.75 
 
 		 256 aa  137  1e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0481234  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1063  pseudouridine synthase  38.03 
 
 		 293 aa  137  1e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3276  pseudouridine synthase  34.62 
 
 		 247 aa  137  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0129049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11726  hypothetical protein  34.89 
 
 		 254 aa  137  1e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.473369 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  36.09 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  36.05 
 
 		 242 aa  136  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  36.05 
 
 		 242 aa  136  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  35.86 
 
 		 268 aa  136  2e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.05 
 
 		 242 aa  136  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.05 
 
 		 242 aa  136  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1151  RNA pseudouridine synthase family protein  39.91 
 
 		 228 aa  137  2e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000576228  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1533  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.9 
 
 		 291 aa  136  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000439021  normal  0.0168974 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.05 
 
 		 242 aa  136  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.05 
 
 		 242 aa  136  2e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>