More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1007 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
245 aa  478  1e-134  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.553727  normal  0.0273902 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.7 
 
 
252 aa  257  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 
248 aa  248  5e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
248 aa  244  6e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.05 
 
 
253 aa  243  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.75 
 
 
244 aa  242  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0125509  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.28 
 
 
245 aa  240  1e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.51 
 
 
246 aa  240  1e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.24 
 
 
247 aa  239  2e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.68 
 
 
244 aa  239  2.9999999999999997e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2737  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.04 
 
 
245 aa  239  4e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.26 
 
 
244 aa  236  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2470  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.04 
 
 
244 aa  236  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.77 
 
 
246 aa  236  2e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.809389  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.7 
 
 
244 aa  235  5.0000000000000005e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.02 
 
 
264 aa  228  6e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  53.5 
 
 
246 aa  228  6e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0112  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.17 
 
 
244 aa  227  1e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.43 
 
 
247 aa  227  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.76 
 
 
244 aa  225  4e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.76 
 
 
244 aa  225  4e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365065 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01927  putative oxidoreductase  51.01 
 
 
252 aa  223  2e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.160278  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.31 
 
 
246 aa  223  2e-57  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.33 
 
 
246 aa  222  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.267776 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.41 
 
 
252 aa  221  6e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
317 aa  221  9.999999999999999e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.26 
 
 
240 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148916  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.87 
 
 
245 aa  215  5e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.880926  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.07 
 
 
246 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.836966 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0588  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.21 
 
 
247 aa  210  2e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.622721  normal  0.233653 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2416  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.87 
 
 
255 aa  210  2e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0691518 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.47 
 
 
237 aa  207  1e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.756927  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.92 
 
 
246 aa  206  3e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.92 
 
 
246 aa  206  3e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.54 
 
 
247 aa  203  2e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.248634 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.12 
 
 
247 aa  202  3e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.247071  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.12 
 
 
247 aa  202  3e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.212596  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.25 
 
 
247 aa  202  4e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0323  clavaldehyde dehydrogenase  45.99 
 
 
245 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.869868 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.99 
 
 
240 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  0.684579 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 
246 aa  196  3e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0101774  normal  0.961149 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.76 
 
 
245 aa  194  8.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.12 
 
 
246 aa  192  3e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.67 
 
 
252 aa  192  4e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.87 
 
 
248 aa  187  1e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.172179  normal  0.840489 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1627  oxidoreductase  40.16 
 
 
255 aa  186  2e-46  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
248 aa  186  3e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1086  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  43.85 
 
 
247 aa  186  4e-46  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.144372  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.66 
 
 
231 aa  185  5e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.66 
 
 
231 aa  185  5e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.82 
 
 
249 aa  182  5.0000000000000004e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05318  hypothetical protein similar to nonribosomal peptide synthetase 10 (Broad)  41.8 
 
 
1270 aa  180  2e-44  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.556036  normal  0.849429 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
249 aa  178  5.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.3 
 
 
230 aa  178  8e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.37 
 
 
184 aa  175  5e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000317715  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05303  oxidoreductase  40.82 
 
 
239 aa  173  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
259 aa  172  3.9999999999999995e-42  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.49 
 
 
254 aa  172  5.999999999999999e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3769  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
247 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  40.74 
 
 
247 aa  162  4.0000000000000004e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000420  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  38.02 
 
 
239 aa  162  4.0000000000000004e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.637186  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47104  non ribosomal peptide synthase  37.96 
 
 
1367 aa  162  4.0000000000000004e-39  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0184  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.16 
 
 
239 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
261 aa  162  5.0000000000000005e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.268545  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
254 aa  160  1e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00917144  normal  0.0792915 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06330  oxidoreductase  37.14 
 
 
243 aa  160  1e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.646831  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  39.02 
 
 
258 aa  160  2e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.08 
 
 
242 aa  159  4e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.186526  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0951  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
261 aa  158  6e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4937  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.37 
 
 
239 aa  157  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.396795  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
238 aa  157  1e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
239 aa  157  1e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.175599  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.87 
 
 
250 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.62 
 
 
258 aa  157  2e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
255 aa  154  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4558  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
240 aa  153  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00293136  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  36.14 
 
 
257 aa  152  2.9999999999999998e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
256 aa  152  2.9999999999999998e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4325  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
241 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.09 
 
 
264 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  36.4 
 
 
257 aa  152  5.9999999999999996e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
254 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
237 aa  151  7e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.62919  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
239 aa  151  8e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.420603  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3922  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
250 aa  148  8e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4141  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.1 
 
 
243 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
233 aa  145  8.000000000000001e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.92 
 
 
243 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.853199  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4057  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
239 aa  144  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
244 aa  144  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000989308  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.24 
 
 
230 aa  143  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.224966  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
258 aa  142  3e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1571  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  33.61 
 
 
243 aa  143  3e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
243 aa  143  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
257 aa  142  4e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
257 aa  142  4e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_002950  PG0676  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35 
 
 
253 aa  142  5e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.153885 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
239 aa  141  8e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.785555  normal  0.162372 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 
239 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
269 aa  140  9.999999999999999e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>