More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2584 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2584  ketoreductase  100 
 
 
245 aa  487  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 
249 aa  175  6e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00384997  hitchhiker  0.000208801 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
254 aa  175  6e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
254 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
246 aa  168  9e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
245 aa  166  2e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1270  Short-chain dehydrogenase  39.67 
 
 
248 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1091  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  36.03 
 
 
246 aa  160  2e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.42 
 
 
248 aa  159  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0136754  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  36.25 
 
 
249 aa  157  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.19 
 
 
260 aa  157  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.84 
 
 
270 aa  156  3e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7850  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
256 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
246 aa  154  9e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.740498  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
250 aa  153  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1056  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  35.25 
 
 
254 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  38.37 
 
 
254 aa  153  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1378  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
247 aa  153  2e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.34 
 
 
269 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.470556  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1337  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
248 aa  152  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.378694  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
255 aa  152  5e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
255 aa  152  5e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.150517  normal  0.215397 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3805  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
254 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
255 aa  152  7e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199732  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7123  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
249 aa  151  8e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
267 aa  151  8e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
248 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
254 aa  150  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
248 aa  150  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 
249 aa  151  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4730  putative short-chain dehydrogenases/reductases (SDR) family protein  39.83 
 
 
260 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0224  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  35.8 
 
 
255 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.717009 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
247 aa  150  2e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.48 
 
 
246 aa  150  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.606354  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4562  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
248 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0570869  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1573  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  35.61 
 
 
266 aa  150  2e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.647658  normal  0.48808 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
249 aa  150  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
254 aa  149  3e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00656937 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
255 aa  150  3e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.15322  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 
251 aa  149  3e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1298  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
248 aa  149  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0373  Short-chain alcohol dehydrogenase  37.05 
 
 
243 aa  149  3e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
246 aa  149  5e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
248 aa  148  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2439  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.427983  normal  0.121811 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0108  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.33 
 
 
254 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0592411  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
258 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1682  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.4 
 
 
252 aa  146  2.0000000000000003e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.508042  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
262 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.7 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0266  putative short-chain dehydrogenase  38.55 
 
 
248 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
251 aa  145  5e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
251 aa  145  5e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1154  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  35.18 
 
 
253 aa  145  6e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000294561  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
257 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
244 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0991  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  35.18 
 
 
253 aa  145  7.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11090  Short-chain dehydrogenase/reductase  37.25 
 
 
286 aa  145  8.000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2898  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
274 aa  145  8.000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.40522  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
250 aa  144  1e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
263 aa  144  1e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.721614  normal  0.0286411 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.71 
 
 
251 aa  144  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
259 aa  144  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0332234  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.93 
 
 
269 aa  144  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2039  short chain dehydrogenase  36.95 
 
 
255 aa  143  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0111409  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 
250 aa  144  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
258 aa  143  3e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06450  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G01040)  35.66 
 
 
247 aa  142  4e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
252 aa  142  4e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  38.06 
 
 
251 aa  142  5e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.8 
 
 
249 aa  142  5e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
250 aa  142  5e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.228128  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
275 aa  142  6e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.319353 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.82 
 
 
255 aa  142  6e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.466174  normal  0.349855 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
254 aa  141  8e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
254 aa  141  8e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.437274  normal  0.59964 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0118  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.65 
 
 
256 aa  141  8e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2475  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.67 
 
 
258 aa  141  9e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000418459  decreased coverage  0.00157029 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
249 aa  141  9e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0196402  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3565  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
244 aa  141  9e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.66 
 
 
248 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.245983 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
250 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
249 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.59 
 
 
247 aa  140  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
250 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 
244 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
265 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
248 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.997672 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.315018 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.9 
 
 
248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.65 
 
 
254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2263  short chain dehydrogenase  35.74 
 
 
255 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00829126  normal  0.0703688 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.25 
 
 
266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143901  normal  0.269428 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  33.06 
 
 
258 aa  140  3e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
249 aa  139  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.865881  normal  0.154046 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>