More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_0003 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_0003  recombination protein F  100 
 
 		 364 aa  729    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0323054 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03481  recombination protein F  73.26 
 
 		 365 aa  527  1e-148  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0003  recombination protein F  59.39 
 
 		 364 aa  445  1.0000000000000001e-124  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.26612  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0003  recombination protein F  58.56 
 
 		 364 aa  440  9.999999999999999e-123  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0185053  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0010  recombination protein F  35.6 
 
 		 360 aa  227  3e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  35.79 
 
 		 360 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  35.05 
 
 		 360 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  35.05 
 
 		 360 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  0.00000000117147 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  35.05 
 
 		 360 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0003  recombination protein F  35.05 
 
 		 360 aa  222  9e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0977543  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0003  recombination protein F  35.41 
 
 		 360 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0130388  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0003  recombination protein F  34.78 
 
 		 360 aa  220  3e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0003  recombination protein F  35.05 
 
 		 360 aa  219  5e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  hitchhiker  0.00705664 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3716  DNA replication and repair protein RecF  35.52 
 
 		 359 aa  219  6e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.362635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0003  recombination protein F  35.05 
 
 		 360 aa  219  7.999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.029356  unclonable  0.0000000000200533 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0011  recombination protein F  34.78 
 
 		 360 aa  219  7.999999999999999e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00668622  hitchhiker  0.00000000141072 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0003  DNA replication and repair protein RecF  38.78 
 
 		 360 aa  214  2.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0698954  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  33.61 
 
 		 360 aa  211  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  0.0000523089 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0008  recombination protein F  34.33 
 
 		 360 aa  211  2e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0621721  hitchhiker  0.00000000274736 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0003  recombination protein F  34.06 
 
 		 365 aa  208  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00186248  hitchhiker  0.000000180359 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0015  recombination protein F  35.06 
 
 		 360 aa  204  2e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00214178  hitchhiker  0.000779425 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0003  recombination protein F  34.33 
 
 		 360 aa  203  5e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000366734  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2505  recombination protein F  34.34 
 
 		 363 aa  202  6e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0488541  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0018  RecF protein  34.07 
 
 		 363 aa  200  3e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  32.97 
 
 		 359 aa  200  3e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00444  recombination protein F  32.42 
 
 		 357 aa  200  3.9999999999999996e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0138  recombination protein F  34.77 
 
 		 358 aa  197  2.0000000000000003e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0003  recombination protein F  33.97 
 
 		 368 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000843052  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0011  recombination protein F  33.24 
 
 		 359 aa  197  3e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.10983  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0003  recombination protein F  34.62 
 
 		 361 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0110624  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0003  recombination protein F  34.34 
 
 		 361 aa  196  5.000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.34 
 
 		 363 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0752559  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00005  Recombinational DNA repair ATPase  31.49 
 
 		 338 aa  194  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000571812  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0034  recombination protein F  34.59 
 
 		 361 aa  194  3e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000927918  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4175  recombination protein F  35.05 
 
 		 361 aa  193  4e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0239408  normal  0.0132322 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  34.52 
 
 		 361 aa  193  4e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0003  recombination protein F  35.05 
 
 		 361 aa  193  4e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4151  recombination protein F  35.05 
 
 		 361 aa  192  6e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000332755  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4064  recombination protein F  33.52 
 
 		 357 aa  192  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.146428  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4228  recombination protein F  33.52 
 
 		 357 aa  192  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4170  recombination protein F  33.52 
 
 		 357 aa  192  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0248786  normal  0.357156 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4121  recombination protein F  33.52 
 
 		 357 aa  192  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.976477  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0003  recombination protein F  33.97 
 
 		 361 aa  191  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0385213  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0003  DNA replication and repair protein RecF  39.44 
 
 		 354 aa  189  5e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00180653  normal  0.423581 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4048  recombination protein F  33.24 
 
 		 357 aa  189  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331316  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03583  recombination protein F  33.24 
 
 		 357 aa  188  1e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.517201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.24 
 
 		 357 aa  188  1e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.877523  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03527  hypothetical protein  33.24 
 
 		 357 aa  188  1e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.367538  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4065  recombination protein F  33.24 
 
 		 357 aa  188  1e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0837895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.58 
 
 		 362 aa  188  1e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000176519  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0003  recombination protein F  33.24 
 
 		 357 aa  188  1e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0566679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4210  recombination protein F  33.24 
 
 		 357 aa  188  1e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000837842  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0003  recombination protein F  35.77 
 
 		 361 aa  188  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3913  recombination protein F  33.24 
 
 		 357 aa  188  1e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00221081  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5128  recombination protein F  33.24 
 
 		 357 aa  188  1e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.010515  normal  0.212432 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0003  DNA replication and repair protein RecF  32.04 
 
 		 357 aa  187  2e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167718  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1225  DNA replication and repair protein RecF  37.26 
 
 		 349 aa  188  2e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.193168  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.32 
 
 		 367 aa  187  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0003  recombination protein F  34.05 
 
 		 367 aa  187  3e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.801088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0003  DNA replication and repair protein  32.04 
 
 		 357 aa  187  3e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0109066  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.42 
 
 		 373 aa  187  3e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346024  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0003  recombination protein F  34.73 
 
 		 367 aa  186  7e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.510695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0003  recombination protein F  32.69 
 
 		 357 aa  184  2.0000000000000003e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000748335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00030  recombination protein F  35.31 
 
 		 365 aa  184  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0003  recombination protein F  34.15 
 
 		 369 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  32.88 
 
 		 367 aa  184  3e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0003  recombination protein F  33.6 
 
 		 367 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000153172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4225  recombination protein F  32.69 
 
 		 357 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.164466  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00030  recombination protein F  33.6 
 
 		 369 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0005  recombination protein F  34.64 
 
 		 367 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0003  recombination protein F  34.72 
 
 		 367 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113705  normal  0.121048 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0012  recombination protein F  34.72 
 
 		 367 aa  180  4e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000250595 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  32.8 
 
 		 370 aa  177  3e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3031  DNA replication and repair protein RecF  36.26 
 
 		 359 aa  176  4e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0003  recombination protein F  34.05 
 
 		 367 aa  176  5e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.42 
 
 		 359 aa  166  5.9999999999999996e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00348761  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0003  RecF recombinational DNA repair ATPase  29.79 
 
 		 353 aa  162  7e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0003  RecF recombinational DNA repair ATPase  29.79 
 
 		 353 aa  161  2e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.36 
 
 		 357 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.795799 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.72 
 
 		 377 aa  151  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0002  DNA replication and repair protein RecF  33.43 
 
 		 350 aa  150  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.617644  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.59 
 
 		 360 aa  151  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.43 
 
 		 350 aa  150  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00329262  decreased coverage  0.000397503 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  31.38 
 
 		 365 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  28.84 
 
 		 364 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.57 
 
 		 364 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  30.05 
 
 		 374 aa  146  7.0000000000000006e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  27.56 
 
 		 369 aa  144  2e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.52 
 
 		 382 aa  144  3e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  27.05 
 
 		 361 aa  144  3e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  27.05 
 
 		 361 aa  144  3e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  31.65 
 
 		 368 aa  143  4e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.51 
 
 		 353 aa  143  4e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000383314  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  27.01 
 
 		 362 aa  143  6e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  28.07 
 
 		 371 aa  142  9.999999999999999e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  27.37 
 
 		 370 aa  142  9.999999999999999e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  27.37 
 
 		 370 aa  142  9.999999999999999e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.72 
 
 		 376 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  28.65 
 
 		 364 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  30.05 
 
 		 375 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>