More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0412 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0412  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 		 323 aa  656    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.604128  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4089  HlyD family secretion protein  81 
 
 		 324 aa  510  1e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3463  secretion protein HlyD family protein  81 
 
 		 324 aa  508  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0488  secretion protein HlyD family protein  81 
 
 		 324 aa  508  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0527  secretion protein HlyD family protein  79.13 
 
 		 324 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0568004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0531  secretion protein HlyD family protein  79.13 
 
 		 324 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3639  secretion protein HlyD family protein  80.69 
 
 		 324 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0506  secretion protein HlyD family protein  78.82 
 
 		 324 aa  502  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3813  secretion protein HlyD family protein  78.82 
 
 		 324 aa  501  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0583  secretion protein HlyD family protein  78.82 
 
 		 324 aa  499  1e-140  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0567  secretion protein HlyD family protein  80.5 
 
 		 323 aa  487  1e-136  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.142155 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3745  secretion protein HlyD family protein  78.82 
 
 		 323 aa  481  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3729  secretion protein HlyD family protein  71.34 
 
 		 329 aa  474  1e-132  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0478  HlyD family secretion protein  73.12 
 
 		 322 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.161841 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4393  secretion protein HlyD family protein  78.33 
 
 		 323 aa  456  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0150137  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003317  membrane-fusion protein  56.65 
 
 		 326 aa  363  2e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1212  hypothetical protein  57.76 
 
 		 324 aa  356  3.9999999999999996e-97  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000214097  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1840  hypothetical protein  55.9 
 
 		 332 aa  345  8.999999999999999e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.137202  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0618  putative secretion protein, HlyD family  54.55 
 
 		 326 aa  336  2.9999999999999997e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0477  hypothetical protein  53.73 
 
 		 332 aa  325  6e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0396  secretion protein HlyD family protein  53.11 
 
 		 330 aa  322  4e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02435  hypothetical protein  56.65 
 
 		 326 aa  317  2e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1026  secretion protein HlyD family protein  40.06 
 
 		 326 aa  236  4e-61  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1039  secretion protein HlyD  38.89 
 
 		 427 aa  236  4e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0653  secretion protein HlyD family protein  38.72 
 
 		 357 aa  232  8.000000000000001e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4571  secretion protein HlyD family protein  45.7 
 
 		 349 aa  227  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.707913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1173  secretion protein HlyD family protein  43.99 
 
 		 337 aa  223  4e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.628109 
 
 
-
 
NC_002950  PG0093  HlyD family secretion protein  39.94 
 
 		 331 aa  216  5e-55  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0320304 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0604  secretion protein HlyD family protein  41.19 
 
 		 326 aa  210  2e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1189  secretion protein HlyD  38.81 
 
 		 323 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2682  secretion protein HlyD family protein  38.81 
 
 		 323 aa  202  5e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.430212  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2777  secretion protein HlyD family protein  38.81 
 
 		 323 aa  202  6e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.991626  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4808  secretion protein HlyD family protein  38.28 
 
 		 330 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20080  hypothetical protein  33.02 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1728  hypothetical protein  33.02 
 
 		 323 aa  169  4e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0534587  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2703  secretion protein HlyD family protein  34.19 
 
 		 367 aa  162  1e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0499  secretion protein HlyD family protein  34.07 
 
 		 323 aa  159  4e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1925  secretion protein HlyD family protein  30.87 
 
 		 328 aa  158  1e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0178624 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2701  secretion protein HlyD family protein  31.86 
 
 		 333 aa  138  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3060  secretion protein HlyD family protein  28.78 
 
 		 353 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0179  secretion protein HlyD  26.46 
 
 		 334 aa  112  9e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.235811  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2328  secretion protein HlyD  26.63 
 
 		 398 aa  110  3e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1586  secretion protein HlyD family protein  26.69 
 
 		 328 aa  104  3e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.125031  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3464  secretion protein HlyD  27.92 
 
 		 335 aa  102  1e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.91 
 
 		 462 aa  93.6  4e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0971  secretion protein HlyD family protein  29.41 
 
 		 333 aa  89.4  8e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.70003 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0659  secretion protein HlyD  25.96 
 
 		 335 aa  87.8  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0195539 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3278  secretion protein HlyD family protein  29.41 
 
 		 333 aa  87.8  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0916  secretion protein HlyD family protein  27.02 
 
 		 335 aa  86.3  7e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1357  multidrug efflux pump (emrA)  25.85 
 
 		 467 aa  85.1  0.000000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0943753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3037  secretion protein HlyD  25.17 
 
 		 344 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.714598  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2823  HlyD family secretion protein  25.35 
 
 		 329 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1943  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.99 
 
 		 450 aa  81.6  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0472  HlyD family secretion protein  29.57 
 
 		 349 aa  80.9  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.776692  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1902  secretion protein HlyD  25.17 
 
 		 395 aa  80.9  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0432629  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1008  secretion protein HlyD  26.26 
 
 		 463 aa  81.6  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.387294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0700  putative lipoprotein  27.68 
 
 		 359 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2634  secretion protein HlyD family protein  25.83 
 
 		 375 aa  80.9  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2812  hypothetical protein  27.16 
 
 		 328 aa  80.1  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.659594  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1778  secretion protein HlyD  24.38 
 
 		 339 aa  80.5  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.32933  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2900  hypothetical protein  27.16 
 
 		 328 aa  80.1  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.441654  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4577  secretion protein HlyD  24.11 
 
 		 354 aa  79.7  0.00000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.231546  normal  0.47776 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0411  HlyD family secretion protein  29.18 
 
 		 349 aa  79.3  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1329  hypothetical protein  27.36 
 
 		 328 aa  79  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1147  secretion protein HlyD family protein  25.61 
 
 		 328 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000143256  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.82 
 
 		 397 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1744  secretion protein HlyD family protein  26.1 
 
 		 350 aa  77  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00348418 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0809  secretion protein HlyD family protein  26.01 
 
 		 351 aa  77  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0875  secretion protein HlyD family protein  26.11 
 
 		 315 aa  77  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.316135 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4903  secretion protein HlyD family protein  25.5 
 
 		 359 aa  77  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5975  hypothetical protein  25.47 
 
 		 382 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3705  hypothetical protein  28.3 
 
 		 343 aa  76.3  0.0000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0317  secretion protein HlyD family protein  25.96 
 
 		 354 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1061  multidrug resistance protein MdtN  29.39 
 
 		 349 aa  75.9  0.0000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.182652 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0596  multidrug resistance protein MdtN  29.39 
 
 		 349 aa  75.5  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789434  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0535  multidrug resistance protein MdtN  29.39 
 
 		 349 aa  75.5  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1150  multidrug resistance protein A  25 
 
 		 331 aa  75.9  0.000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9216  HlyD family secretion protein  26.2 
 
 		 356 aa  75.1  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69090  hypothetical protein  24.14 
 
 		 357 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.97 
 
 		 509 aa  75.1  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00959096  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2370  secretion protein HlyD  27.05 
 
 		 405 aa  74.7  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467489 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1794  secretion protein HlyD family protein  28.57 
 
 		 350 aa  75.1  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2054  periplasmic component of efflux system  24.37 
 
 		 332 aa  74.3  0.000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2157  secretion protein HlyD family protein  28.08 
 
 		 357 aa  74.3  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0351  secretion protein HlyD  24.21 
 
 		 326 aa  73.2  0.000000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0866  multidrug resistance protein A  24.63 
 
 		 331 aa  73.6  0.000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4021  secretion protein HlyD  24.44 
 
 		 345 aa  73.2  0.000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0017  secretion protein HlyD family protein  26.54 
 
 		 332 aa  73.2  0.000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0535  secretion protein HlyD family protein  24.26 
 
 		 339 aa  72.8  0.000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.482241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0146  auxiliary membrane fusion protein family transporter  24.42 
 
 		 326 aa  72.8  0.000000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000237701  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3393  secretion protein HlyD family protein  27.78 
 
 		 350 aa  72.8  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2942  hypothetical protein  26.61 
 
 		 342 aa  72.8  0.000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.495568  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5332  secretion protein HlyD family protein  26.35 
 
 		 347 aa  72.4  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.588118 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0564  secretion protein HlyD family protein  24.76 
 
 		 343 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8104  secretion protein HlyD family protein  25.52 
 
 		 354 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5580  multidrug resistance protein MdtN  28.29 
 
 		 349 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00541238 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4261  secretion protein HlyD family protein  24.31 
 
 		 347 aa  72.4  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3647  multidrug resistance protein MdtN  28.29 
 
 		 349 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00582079  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4720  multidrug resistance protein MdtN  28.29 
 
 		 349 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00623543 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6207  secretion protein HlyD family protein  27.82 
 
 		 357 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.19774 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>