More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3990 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_0066  sucrose phosphorylase  73.32 
 
 		 492 aa  765    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.530318  hitchhiker  0.00316152 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0061  sucrose phosphorylase  72.91 
 
 		 492 aa  762    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0064  sucrose phosphorylase  73.73 
 
 		 494 aa  763    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000722293 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0062  sucrose phosphorylase  73.52 
 
 		 494 aa  761    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0945971  unclonable  0.0000350237 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3990  sucrose phosphorylase  100 
 
 		 493 aa  1025    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00149762  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4288  sucrose phosphorylase  72.51 
 
 		 492 aa  759    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00965772  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0066  sucrose phosphorylase  73.52 
 
 		 494 aa  762    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000218626 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0065  sucrose phosphorylase  72.91 
 
 		 492 aa  763    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01971  sucrose phosphorylase  59.07 
 
 		 498 aa  614  9.999999999999999e-175  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0232  sucrose phosphorylase  52.45 
 
 		 493 aa  508  1e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.528502  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1331  sucrose phosphorylase  50.85 
 
 		 508 aa  486  1e-136  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00201506  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3361  alpha amylase catalytic region  49.36 
 
 		 491 aa  469  1.0000000000000001e-131  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605646 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0651  sucrose phosphorylase  37.67 
 
 		 482 aa  327  3e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0824794  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0241  Sucrose phosphorylase  38.58 
 
 		 483 aa  323  6e-87  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1779  glycosidase  37.12 
 
 		 489 aa  323  6e-87  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0384  glycosidase  38.41 
 
 		 492 aa  305  1.0000000000000001e-81  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00983965  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1542  sucrose phosphorylase  37.5 
 
 		 485 aa  295  1e-78  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.296567  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1248  alpha amylase catalytic region  32.42 
 
 		 568 aa  196  8.000000000000001e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.55232  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2165  alpha amylase, catalytic region  29.75 
 
 		 565 aa  190  5.999999999999999e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0993887 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01286  predicted glucosyltransferase  30.8 
 
 		 559 aa  188  2e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2337  alpha amylase catalytic region  30.8 
 
 		 559 aa  188  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0459721  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1519  alpha amylase family protein  30.8 
 
 		 559 aa  188  2e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1424  alpha amylase family protein  30.8 
 
 		 559 aa  188  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2316  alpha amylase catalytic region  30.8 
 
 		 559 aa  188  2e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.278573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1813  alpha amylase family protein  29.43 
 
 		 559 aa  187  5e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.653374 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2164  alpha amylase, catalytic region  29.76 
 
 		 586 aa  172  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.659302  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0665  alpha amylase catalytic region  28.39 
 
 		 555 aa  170  6e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.694695  normal  0.614349 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2600  sucrose phosphorylase  28.63 
 
 		 591 aa  169  8e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0436867 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2566  alpha amylase, catalytic region  27.47 
 
 		 578 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0104089  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2573  alpha amylase, catalytic region  27.47 
 
 		 578 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000337914  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2580  alpha amylase, catalytic region  27.47 
 
 		 578 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.008896  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1523  alpha amylase catalytic region  29.46 
 
 		 561 aa  167  4e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.346384  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2588  alpha amylase  30.68 
 
 		 598 aa  167  4e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0774  Alpha amylase, catalytic region  29.63 
 
 		 589 aa  167  5e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0246  alpha amylase domain-containing protein  27.22 
 
 		 583 aa  165  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0418  alpha amylase, catalytic region  27.53 
 
 		 577 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.537622  normal  0.197095 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09141  glycoside hydrolase family protein  26.78 
 
 		 583 aa  165  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000264002 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1771  alpha amylase catalytic region  26.02 
 
 		 585 aa  164  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.232326  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3029  alpha amylase catalytic subunit  28.6 
 
 		 556 aa  162  1e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.172997 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2606  alpha amylase domain-containing protein  26.71 
 
 		 575 aa  162  1e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.281377 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3210  sucrose phosphorylase  28.51 
 
 		 596 aa  160  5e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0506  putative sucrose phosphorylase  29.16 
 
 		 544 aa  157  5.0000000000000005e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02161  putative sucrose phosphorylase  27.86 
 
 		 584 aa  156  7e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2243  alpha amylase domain-containing protein  25.75 
 
 		 575 aa  151  2e-35  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08971  glycoside hydrolase family protein  24.55 
 
 		 586 aa  150  6e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.540308  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10441  glycoside hydrolase family protein  25.28 
 
 		 589 aa  149  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06751  glycoside hydrolase family protein  26.15 
 
 		 578 aa  148  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.335085 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08951  glycoside hydrolase family protein  24.55 
 
 		 586 aa  145  1e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.497034  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0838  alpha amylase domain-containing protein  24.09 
 
 		 586 aa  144  3e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2846  alpha amylase, catalytic region  26.28 
 
 		 581 aa  141  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.218279  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1824  putative sucrose phosphorylase  26.41 
 
 		 587 aa  138  2e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.552548  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0152  trehalose synthase  27.15 
 
 		 1113 aa  73.6  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.38856 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2030  alpha amylase, catalytic region  24.88 
 
 		 638 aa  71.6  0.00000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.194844  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0537  trehalose synthase-like protein  24.25 
 
 		 556 aa  71.2  0.00000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1153  alpha amylase catalytic region  29.13 
 
 		 657 aa  70.1  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00213284  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3605  alpha amylase catalytic region  24.81 
 
 		 643 aa  70.1  0.00000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2917  trehalose synthase  30.33 
 
 		 1130 aa  68.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3860  alpha amylase catalytic region  24.63 
 
 		 667 aa  68.6  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0851  trehalose synthase  26.24 
 
 		 1108 aa  68.6  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3263  trehalose synthase  27.4 
 
 		 1121 aa  68.6  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2828  trehalose synthase  25.24 
 
 		 548 aa  68.2  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4096  trehalose synthase  26.76 
 
 		 1139 aa  68.2  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.981031  normal  0.0225037 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3820  alpha amylase, catalytic region  23.32 
 
 		 645 aa  67.8  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.166544  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0117  trehalose synthase  24.58 
 
 		 1116 aa  67.4  0.0000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0236355 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0136  trehalose synthase  24.24 
 
 		 1116 aa  67  0.0000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0972  alpha amylase catalytic region  22.5 
 
 		 644 aa  66.2  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.216915 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1883  trehalose synthase  24.84 
 
 		 1100 aa  66.6  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.12501  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2361  alpha amylase family protein  20.34 
 
 		 1111 aa  65.9  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.124946  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2115  alpha amylase catalytic region  23.34 
 
 		 553 aa  65.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.232775  normal  0.0296214 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0035  trehalose synthase  24.15 
 
 		 1109 aa  65.5  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1336  trehalose synthase  24.56 
 
 		 567 aa  65.1  0.000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0572  alpha amylase, catalytic region  25.3 
 
 		 650 aa  65.1  0.000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0412  alpha amylase, catalytic region  30.41 
 
 		 640 aa  64.3  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3679  trehalose synthase-like  24.27 
 
 		 1099 aa  64.3  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2914  alpha amylase catalytic region  21.68 
 
 		 650 aa  64.3  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1106  trehalose synthase  26.05 
 
 		 1123 aa  63.9  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2014  trehalose synthase  23.73 
 
 		 551 aa  63.9  0.000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2090  trehalose synthase  28 
 
 		 1119 aa  63.9  0.000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1797  Alpha amylase, catalytic region  21.38 
 
 		 651 aa  63.9  0.000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000126302  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0315  trehalose synthase-like protein  23.51 
 
 		 1121 aa  63.5  0.000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3469  trehalose synthase/ maltokinase-like  22.52 
 
 		 1112 aa  63.5  0.000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0240  trehalose synthase  27.01 
 
 		 1105 aa  63.5  0.000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3079  alpha amylase catalytic region  26.6 
 
 		 556 aa  62.8  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.493465  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3483  trehalose synthase-like  24.18 
 
 		 1100 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1485  trehalose synthase-like  24.45 
 
 		 1108 aa  62.8  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0211  trehalose synthase  25.84 
 
 		 1105 aa  62.4  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1172  alpha amylase domain-containing protein  23.28 
 
 		 1095 aa  62  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1983  alpha amylase domain-containing protein  24.52 
 
 		 1098 aa  62  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3002  trehalose synthase-like  25.87 
 
 		 572 aa  62  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.205935  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3700  alpha amylase catalytic region  29.53 
 
 		 560 aa  62  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6322  putative trehalose synthase  24.83 
 
 		 1101 aa  62.4  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319777  normal  0.483748 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3684  alpha amylase catalytic region  25.82 
 
 		 663 aa  62  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0833  alpha-glucosidase  27.55 
 
 		 544 aa  61.6  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1579  alpha amylase catalytic region  22.07 
 
 		 543 aa  61.6  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.125982 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2029  alpha amylase domain-containing protein  27.14 
 
 		 1100 aa  61.6  0.00000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.269645 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1404  Alpha amylase, catalytic region  22.37 
 
 		 1100 aa  61.6  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2378  trehalose synthase  23.26 
 
 		 1099 aa  61.6  0.00000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3514  alpha amylase, catalytic region  22.14 
 
 		 651 aa  61.6  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.482546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0678  trehalose synthase  25.27 
 
 		 556 aa  62  0.00000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.026654  normal  0.804097 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2536  trehalose synthase  23.55 
 
 		 1098 aa  62  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.605311  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>