More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3990 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_0066  sucrose phosphorylase  73.52 
 
 
494 aa  762  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.18626e-09 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0064  sucrose phosphorylase  73.73 
 
 
494 aa  763  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  7.22293e-08 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0062  sucrose phosphorylase  73.52 
 
 
494 aa  761  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0945971  unclonable  3.50237e-05 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3990  sucrose phosphorylase  100 
 
 
493 aa  1025  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00149762  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0065  sucrose phosphorylase  72.91 
 
 
492 aa  763  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4288  sucrose phosphorylase  72.51 
 
 
492 aa  759  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00965772  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0066  sucrose phosphorylase  73.32 
 
 
492 aa  765  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.530318  hitchhiker  0.00316152 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0061  sucrose phosphorylase  72.91 
 
 
492 aa  762  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01971  sucrose phosphorylase  59.07 
 
 
498 aa  614  1e-174  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0232  sucrose phosphorylase  52.45 
 
 
493 aa  508  1e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.528502  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1331  sucrose phosphorylase  50.85 
 
 
508 aa  486  1e-136  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00201506  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3361  alpha amylase catalytic region  49.36 
 
 
491 aa  469  1e-131  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00605646 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0651  sucrose phosphorylase  37.67 
 
 
482 aa  327  3e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0824794  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0241  Sucrose phosphorylase  38.58 
 
 
483 aa  323  6e-87  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1779  glycosidase  37.12 
 
 
489 aa  323  6e-87  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0384  glycosidase  38.41 
 
 
492 aa  305  1e-81  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00983965  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1542  sucrose phosphorylase  37.5 
 
 
485 aa  295  1e-78  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.296567  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1248  alpha amylase catalytic region  32.42 
 
 
568 aa  196  8e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.55232  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2165  alpha amylase, catalytic region  29.75 
 
 
565 aa  190  6e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0993887 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2337  alpha amylase catalytic region  30.8 
 
 
559 aa  188  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0459721  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1424  alpha amylase family protein  30.8 
 
 
559 aa  188  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1519  alpha amylase family protein  30.8 
 
 
559 aa  188  2e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2316  alpha amylase catalytic region  30.8 
 
 
559 aa  188  2e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.278573  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01286  predicted glucosyltransferase  30.8 
 
 
559 aa  188  2e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1813  alpha amylase family protein  29.43 
 
 
559 aa  187  5e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.653374 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2164  alpha amylase, catalytic region  29.76 
 
 
586 aa  172  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.659302  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0665  alpha amylase catalytic region  28.39 
 
 
555 aa  170  6e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.694695  normal  0.614349 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2600  sucrose phosphorylase  28.63 
 
 
591 aa  169  8e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0436867 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2566  alpha amylase, catalytic region  27.47 
 
 
578 aa  167  3e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0104089  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2573  alpha amylase, catalytic region  27.47 
 
 
578 aa  167  3e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000337914  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2580  alpha amylase, catalytic region  27.47 
 
 
578 aa  167  3e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.008896  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1523  alpha amylase catalytic region  29.46 
 
 
561 aa  167  4e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.346384  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2588  alpha amylase  30.68 
 
 
598 aa  167  4e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0774  Alpha amylase, catalytic region  29.63 
 
 
589 aa  167  5e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0418  alpha amylase, catalytic region  27.53 
 
 
577 aa  165  2e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.537622  normal  0.197095 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09141  glycoside hydrolase family protein  26.78 
 
 
583 aa  165  2e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000264002 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0246  alpha amylase domain-containing protein  27.22 
 
 
583 aa  165  2e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1771  alpha amylase catalytic region  26.02 
 
 
585 aa  164  4e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.232326  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2606  alpha amylase domain-containing protein  26.71 
 
 
575 aa  162  1e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.281377 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3029  alpha amylase catalytic subunit  28.6 
 
 
556 aa  162  1e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.172997 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3210  sucrose phosphorylase  28.51 
 
 
596 aa  160  5e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0506  putative sucrose phosphorylase  29.16 
 
 
544 aa  157  5e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02161  putative sucrose phosphorylase  27.86 
 
 
584 aa  156  7e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2243  alpha amylase domain-containing protein  25.75 
 
 
575 aa  151  2e-35  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08971  glycoside hydrolase family protein  24.55 
 
 
586 aa  150  6e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.540308  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10441  glycoside hydrolase family protein  25.28 
 
 
589 aa  149  1e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06751  glycoside hydrolase family protein  26.15 
 
 
578 aa  148  2e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.335085 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08951  glycoside hydrolase family protein  24.55 
 
 
586 aa  145  1e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.497034  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0838  alpha amylase domain-containing protein  24.09 
 
 
586 aa  144  3e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2846  alpha amylase, catalytic region  26.28 
 
 
581 aa  141  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.218279  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1824  putative sucrose phosphorylase  26.41 
 
 
587 aa  138  2e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.552548  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0152  trehalose synthase  27.15 
 
 
1113 aa  73.6  8e-12  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.38856 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2030  alpha amylase, catalytic region  24.88 
 
 
638 aa  71.6  3e-11  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.194844  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0537  trehalose synthase-like protein  24.25 
 
 
556 aa  71.2  4e-11  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3605  alpha amylase catalytic region  24.81 
 
 
643 aa  70.1  8e-11  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1153  alpha amylase catalytic region  29.13 
 
 
657 aa  70.1  8e-11  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00213284  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2917  trehalose synthase  30.33 
 
 
1130 aa  68.9  2e-10  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3860  alpha amylase catalytic region  24.63 
 
 
667 aa  68.6  2e-10  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3263  trehalose synthase  27.4 
 
 
1121 aa  68.6  3e-10  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4096  trehalose synthase  26.76 
 
 
1139 aa  68.2  3e-10  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.981031  normal  0.0225037 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0851  trehalose synthase  26.24 
 
 
1108 aa  68.6  3e-10  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2828  trehalose synthase  25.24 
 
 
548 aa  68.2  3e-10  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3820  alpha amylase, catalytic region  23.32 
 
 
645 aa  67.8  4e-10  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.166544  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0117  trehalose synthase  24.58 
 
 
1116 aa  67.4  6e-10  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0236355 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0136  trehalose synthase  24.24 
 
 
1116 aa  67  7e-10  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1883  trehalose synthase  24.84 
 
 
1100 aa  66.6  1e-09  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.12501  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0972  alpha amylase catalytic region  22.5 
 
 
644 aa  66.2  1e-09  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.216915 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2361  alpha amylase family protein  20.34 
 
 
1111 aa  65.9  2e-09  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.124946  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0035  trehalose synthase  24.15 
 
 
1109 aa  65.5  2e-09  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2115  alpha amylase catalytic region  23.34 
 
 
553 aa  65.9  2e-09  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.232775  normal  0.0296214 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0572  alpha amylase, catalytic region  25.3 
 
 
650 aa  65.1  3e-09  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1336  trehalose synthase  24.56 
 
 
567 aa  65.1  3e-09  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0412  alpha amylase, catalytic region  30.41 
 
 
640 aa  64.3  4e-09  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3679  trehalose synthase-like  24.27 
 
 
1099 aa  64.3  5e-09  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2914  alpha amylase catalytic region  21.68 
 
 
650 aa  64.3  5e-09  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1106  trehalose synthase  26.05 
 
 
1123 aa  63.9  6e-09  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2014  trehalose synthase  23.73 
 
 
551 aa  63.9  6e-09  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2090  trehalose synthase  28 
 
 
1119 aa  63.9  6e-09  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1797  Alpha amylase, catalytic region  21.38 
 
 
651 aa  63.9  7e-09  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  1.26302e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0315  trehalose synthase-like protein  23.51 
 
 
1121 aa  63.5  7e-09  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0240  trehalose synthase  27.01 
 
 
1105 aa  63.5  8e-09  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3469  trehalose synthase/ maltokinase-like  22.52 
 
 
1112 aa  63.5  8e-09  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3079  alpha amylase catalytic region  26.6 
 
 
556 aa  62.8  1e-08  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.493465  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3483  trehalose synthase-like  24.18 
 
 
1100 aa  62.8  1e-08  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1485  trehalose synthase-like  24.45 
 
 
1108 aa  62.8  1e-08  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3684  alpha amylase catalytic region  25.82 
 
 
663 aa  62  2e-08  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0211  trehalose synthase  25.84 
 
 
1105 aa  62.4  2e-08  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1172  alpha amylase domain-containing protein  23.28 
 
 
1095 aa  62  2e-08  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3700  alpha amylase catalytic region  29.53 
 
 
560 aa  62  2e-08  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715458  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6322  putative trehalose synthase  24.83 
 
 
1101 aa  62.4  2e-08  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319777  normal  0.483748 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3002  trehalose synthase-like  25.87 
 
 
572 aa  62  2e-08  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.205935  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1983  alpha amylase domain-containing protein  24.52 
 
 
1098 aa  62  2e-08  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1404  Alpha amylase, catalytic region  22.37 
 
 
1100 aa  61.6  3e-08  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0833  alpha-glucosidase  27.55 
 
 
544 aa  61.6  3e-08  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3514  alpha amylase, catalytic region  22.14 
 
 
651 aa  61.6  3e-08  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.482546  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1579  alpha amylase catalytic region  22.07 
 
 
543 aa  61.6  3e-08  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.125982 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2378  trehalose synthase  23.26 
 
 
1099 aa  61.6  3e-08  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0678  trehalose synthase  25.27 
 
 
556 aa  62  3e-08  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.026654  normal  0.804097 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2029  alpha amylase domain-containing protein  27.14 
 
 
1100 aa  61.6  3e-08  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.269645 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2536  trehalose synthase  23.55 
 
 
1098 aa  62  3e-08  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.605311  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>