More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_0401 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_0401  DNA polymerase III delta' subunit  100 
 
 		 312 aa  624  1e-178  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.09 
 
 		 326 aa  123  5e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.33 
 
 		 331 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  29.54 
 
 		 326 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  33 
 
 		 320 aa  119  6e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.1 
 
 		 335 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.71 
 
 		 343 aa  116  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  29.29 
 
 		 321 aa  116  5e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  39.01 
 
 		 320 aa  115  6.9999999999999995e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.27 
 
 		 344 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.31 
 
 		 327 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.02 
 
 		 338 aa  108  8.000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.86 
 
 		 335 aa  107  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.31 
 
 		 324 aa  107  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.43 
 
 		 323 aa  106  4e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.23 
 
 		 318 aa  106  5e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  31.84 
 
 		 320 aa  106  6e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.14 
 
 		 358 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  40.79 
 
 		 304 aa  103  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.86 
 
 		 320 aa  102  8e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.37 
 
 		 322 aa  102  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0389  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.65 
 
 		 485 aa  101  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.88 
 
 		 320 aa  101  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.82 
 
 		 320 aa  99.8  5e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  30.43 
 
 		 328 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  32.87 
 
 		 365 aa  99.4  7e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.28 
 
 		 334 aa  99.4  7e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2612  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.46 
 
 		 318 aa  98.2  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.16 
 
 		 351 aa  99  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  31.53 
 
 		 347 aa  98.2  1e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.8 
 
 		 332 aa  99  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1737  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.13 
 
 		 318 aa  98.2  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.595933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2571  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.77 
 
 		 318 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.196352  normal  0.086607 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.77 
 
 		 318 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.135157  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1767  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.13 
 
 		 318 aa  98.2  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  normal  0.672365 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1662  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.13 
 
 		 318 aa  97.1  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1893  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.77 
 
 		 318 aa  97.1  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0485573 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1879  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.33 
 
 		 360 aa  96.7  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0526572 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2458  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.77 
 
 		 318 aa  96.3  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.022565  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  28.99 
 
 		 328 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  28.99 
 
 		 328 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.32 
 
 		 312 aa  95.1  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  29.47 
 
 		 328 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  26.94 
 
 		 737 aa  95.5  1e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  37.95 
 
 		 300 aa  95.5  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.72 
 
 		 329 aa  95.1  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  31.29 
 
 		 328 aa  95.1  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  35.48 
 
 		 326 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.43 
 
 		 340 aa  94.7  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.25 
 
 		 328 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.73 
 
 		 641 aa  94.4  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.196255 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  29.29 
 
 		 342 aa  94  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.86 
 
 		 391 aa  94  3e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  30.92 
 
 		 328 aa  94  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  32.46 
 
 		 325 aa  94  3e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0203  DNA polymerase III delta' subunit  44.88 
 
 		 246 aa  94  3e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.48 
 
 		 331 aa  94  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2213  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.27 
 
 		 318 aa  94  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.82 
 
 		 342 aa  94  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6089  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  27.8 
 
 		 371 aa  93.2  5e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1252  DNA-directed DNA polymerase  30 
 
 		 324 aa  92.4  8e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.83429  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1175  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.01 
 
 		 520 aa  92.4  8e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6187  DNA polymerase III subunit delta'  31.61 
 
 		 342 aa  92.4  9e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557746  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  31 
 
 		 357 aa  92.4  9e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1892  DNA polymerase III subunit delta'  31.61 
 
 		 342 aa  92.4  9e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700458  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1915  DNA polymerase III subunit delta'  31.61 
 
 		 342 aa  92.4  9e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0504294 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6483  DNA-directed DNA polymerase  32.77 
 
 		 298 aa  92  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0040  DNA polymerase III subunit delta'  34.44 
 
 		 327 aa  92  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.2 
 
 		 305 aa  91.7  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0029  DNA polymerase III subunit delta'  33.89 
 
 		 327 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5192  DNA polymerase III subunit delta'  31.61 
 
 		 342 aa  91.3  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.225605 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  30.22 
 
 		 344 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0036  DNA polymerase III subunit delta'  33.89 
 
 		 327 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  37.74 
 
 		 295 aa  90.5  3e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  33.14 
 
 		 328 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.2 
 
 		 330 aa  90.5  3e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  31.61 
 
 		 342 aa  90.9  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2647  DNA-directed DNA polymerase  35.48 
 
 		 304 aa  90.9  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.11798 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.88 
 
 		 363 aa  90.9  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  31.61 
 
 		 342 aa  90.9  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0030  DNA polymerase III subunit delta'  35.88 
 
 		 327 aa  90.5  4e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.454552  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1580  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.84 
 
 		 304 aa  90.5  4e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.989268  normal  0.574364 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.32 
 
 		 363 aa  90.5  4e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0028  DNA polymerase III subunit delta'  35.88 
 
 		 327 aa  90.5  4e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5280  DNA polymerase III subunit delta'  35.62 
 
 		 327 aa  89.7  5e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  29.51 
 
 		 337 aa  89.7  6e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  33.14 
 
 		 328 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0442  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.76 
 
 		 546 aa  89.4  7e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.717493  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.93 
 
 		 339 aa  89  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3651  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  39.6 
 
 		 382 aa  88.6  1e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00198152  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.58 
 
 		 323 aa  88.6  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  32.5 
 
 		 330 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0027  DNA polymerase III subunit delta'  35.29 
 
 		 327 aa  87.8  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  29.25 
 
 		 327 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0026  DNA polymerase III subunit delta'  35 
 
 		 327 aa  87.8  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0036  DNA polymerase III subunit delta'  35.29 
 
 		 327 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1574  DNA-directed DNA polymerase  30.88 
 
 		 343 aa  88.2  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0026  DNA polymerase III subunit delta'  34.71 
 
 		 327 aa  87  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0027  DNA polymerase III subunit delta'  34.71 
 
 		 327 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3389  DNA-directed DNA polymerase  32.28 
 
 		 349 aa  87.4  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.927863  normal  0.0484045 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>