More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3706 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  82.89 
 
 		 530 aa  894    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  96.24 
 
 		 533 aa  1047    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3706  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 533 aa  1084    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  53.28 
 
 		 528 aa  561  1.0000000000000001e-159  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  54.05 
 
 		 509 aa  558  1e-158  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  52.82 
 
 		 535 aa  542  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2532  extracellular solute-binding protein  50.99 
 
 		 535 aa  532  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2496  extracellular solute-binding protein  48 
 
 		 538 aa  476  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0292957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2335  extracellular solute-binding protein  48.72 
 
 		 531 aa  475  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913035  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  49.09 
 
 		 532 aa  465  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  49.49 
 
 		 532 aa  468  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2006  transport binding transmembrane protein  48.68 
 
 		 528 aa  460  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  46.51 
 
 		 516 aa  457  1e-127  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  46.71 
 
 		 516 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  45.12 
 
 		 514 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  44.66 
 
 		 512 aa  442  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  43.37 
 
 		 549 aa  416  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  42.26 
 
 		 526 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  42.66 
 
 		 522 aa  405  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  41.37 
 
 		 525 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  41.48 
 
 		 521 aa  393  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  40.27 
 
 		 537 aa  394  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  41.08 
 
 		 521 aa  389  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3881  extracellular solute-binding protein  39.39 
 
 		 515 aa  351  2e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.441306  normal  0.0413131 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4690  extracellular solute-binding protein family 5  39.31 
 
 		 524 aa  342  8e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1240  extracellular solute-binding protein  36.71 
 
 		 544 aa  337  2.9999999999999997e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.602045  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  39.13 
 
 		 534 aa  332  8e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  39.12 
 
 		 534 aa  330  4e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0936  extracellular solute-binding protein  35.71 
 
 		 526 aa  307  3e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2113  extracellular solute-binding protein  35.53 
 
 		 527 aa  300  4e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142361  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1300  extracellular solute-binding protein  35.2 
 
 		 526 aa  283  7.000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.901266 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1091  extracellular solute-binding protein family 5  33.72 
 
 		 528 aa  280  4e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.264739  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4426  extracellular solute-binding protein  35.71 
 
 		 556 aa  278  3e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169116  normal  0.480332 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4792  extracellular solute-binding protein  33.53 
 
 		 528 aa  266  5e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3541  extracellular solute-binding protein family 5  32.56 
 
 		 528 aa  266  5.999999999999999e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4139  extracellular solute-binding protein  32.56 
 
 		 528 aa  266  7e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.414652 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2857  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  32.41 
 
 		 532 aa  260  3e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.207734 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1303  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 544 aa  259  8e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.949785 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  32.88 
 
 		 542 aa  258  2e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0688  extracellular solute-binding protein  34.73 
 
 		 523 aa  256  5e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.110035  normal  0.066295 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1240  extracellular solute-binding protein  35.35 
 
 		 530 aa  256  9e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0666  extracellular solute-binding protein family 5  34.73 
 
 		 523 aa  255  1.0000000000000001e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404568  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4474  extracellular solute-binding protein  32.73 
 
 		 538 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1097  putative binding-dependent transport protein (periplasmic)  33.99 
 
 		 528 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  32.11 
 
 		 526 aa  253  6e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1829  extracellular solute-binding protein family 5  33.53 
 
 		 520 aa  249  6e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2799  extracellular solute-binding protein  33.13 
 
 		 520 aa  248  2e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.741108 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0275  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide/dipeptide-binding protein  31.71 
 
 		 595 aa  248  3e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0872  extracellular solute-binding protein family 5  32.2 
 
 		 527 aa  245  9.999999999999999e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0255  extracellular solute-binding protein  33.86 
 
 		 531 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.146115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1686  extracellular solute-binding protein  29.57 
 
 		 514 aa  243  7e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.898408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  32.11 
 
 		 517 aa  240  4e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  32.11 
 
 		 519 aa  239  1e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0685  extracellular solute-binding protein  31.58 
 
 		 526 aa  239  1e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0429103 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0663  extracellular solute-binding protein family 5  31.31 
 
 		 526 aa  238  2e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.373149  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1361  extracellular solute-binding protein family 5  28.62 
 
 		 516 aa  237  4e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000166548  normal  0.279813 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0449  extracellular solute-binding protein  32.15 
 
 		 520 aa  237  4e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1792  extracellular solute-binding protein family 5  31.23 
 
 		 514 aa  237  5.0000000000000005e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0136295  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  31.56 
 
 		 531 aa  236  7e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1815  extracellular solute-binding protein  32.41 
 
 		 532 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3144  extracellular solute-binding protein  31.85 
 
 		 526 aa  231  2e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000116165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3143  extracellular solute-binding protein  30.58 
 
 		 524 aa  231  4e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0573017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0877  4-phytase  33.33 
 
 		 460 aa  229  6e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0422  extracellular solute-binding protein  34.71 
 
 		 527 aa  229  8e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.147362  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7194  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  32.06 
 
 		 528 aa  229  1e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169026  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 		 517 aa  226  7e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  31.29 
 
 		 497 aa  224  3e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0562  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  29.55 
 
 		 518 aa  223  6e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  28.68 
 
 		 521 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0423  extracellular solute-binding protein  34.94 
 
 		 527 aa  221  1.9999999999999999e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.204725  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2819  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 529 aa  219  8.999999999999998e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000112764  normal  0.172306 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  28.49 
 
 		 521 aa  219  1e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.49 
 
 		 521 aa  219  1e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  28.49 
 
 		 521 aa  219  1e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  28.49 
 
 		 521 aa  219  1e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  29.19 
 
 		 532 aa  217  2.9999999999999998e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  28.96 
 
 		 520 aa  209  8e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  30.58 
 
 		 534 aa  204  3e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2822  extracellular solute-binding protein  30.56 
 
 		 517 aa  201  3.9999999999999996e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.687608  normal  0.0566169 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  29.22 
 
 		 535 aa  197  3e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  28.57 
 
 		 512 aa  194  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  28.38 
 
 		 512 aa  193  7e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  28.38 
 
 		 512 aa  193  7e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  28.38 
 
 		 512 aa  193  7e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  28.38 
 
 		 512 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5796  extracellular solute-binding protein  29.65 
 
 		 526 aa  192  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00815808  hitchhiker  0.00391201 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  29.77 
 
 		 512 aa  188  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2812  extracellular solute-binding protein family 5  29.57 
 
 		 512 aa  188  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.431185  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00814  hypothetical protein  29.57 
 
 		 512 aa  188  2e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.840204  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  29.17 
 
 		 512 aa  188  3e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  29.17 
 
 		 512 aa  187  3e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  29.17 
 
 		 512 aa  187  3e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00797  predicted peptide transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  29.41 
 
 		 493 aa  187  5e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  29.34 
 
 		 512 aa  186  9e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1491  extracellular solute-binding protein family 5  30.08 
 
 		 514 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  30.26 
 
 		 505 aa  184  3e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  30.92 
 
 		 512 aa  184  4.0000000000000006e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2790  extracellular solute-binding protein family 5  27.27 
 
 		 527 aa  184  4.0000000000000006e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  29.38 
 
 		 512 aa  183  7e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  29.14 
 
 		 505 aa  182  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>