More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4617 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 243 aa  479  1e-134  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 243 aa  479  1e-134  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  78.48 
 
 		 239 aa  348  4e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  59.63 
 
 		 237 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  60 
 
 		 237 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  58.93 
 
 		 228 aa  249  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  60.09 
 
 		 228 aa  249  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  58.04 
 
 		 227 aa  241  6e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  56.64 
 
 		 227 aa  228  6e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  52.29 
 
 		 266 aa  217  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  51.36 
 
 		 235 aa  215  7e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 235 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  52.05 
 
 		 251 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  52.05 
 
 		 251 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  52.05 
 
 		 251 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  52.05 
 
 		 251 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  52.05 
 
 		 251 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  51.36 
 
 		 235 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  51.36 
 
 		 235 aa  207  9e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  51.36 
 
 		 235 aa  207  9e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  51.82 
 
 		 235 aa  204  7e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  50.45 
 
 		 235 aa  202  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 233 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  52.27 
 
 		 239 aa  195  7e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.43 
 
 		 234 aa  191  9e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  51.57 
 
 		 260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 278 aa  182  5.0000000000000004e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.18 
 
 		 237 aa  172  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 230 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  38.32 
 
 		 229 aa  148  6e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.85 
 
 		 239 aa  139  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0243  cyclic nucleotide-binding  38.05 
 
 		 236 aa  137  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  34.76 
 
 		 247 aa  137  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 239 aa  137  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0313  cyclic nucleotide-binding protein  36.32 
 
 		 234 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 241 aa  130  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.61 
 
 		 239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 239 aa  128  9.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 239 aa  127  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 239 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  31.15 
 
 		 239 aa  125  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.49 
 
 		 224 aa  123  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 226 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 228 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.15 
 
 		 226 aa  123  3e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 241 aa  122  6e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  35.35 
 
 		 226 aa  122  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 234 aa  119  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.07 
 
 		 230 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 225 aa  116  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 225 aa  116  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 224 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  35.68 
 
 		 224 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 226 aa  115  5e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  37.11 
 
 		 225 aa  115  5e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.01 
 
 		 225 aa  115  8.999999999999998e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.72 
 
 		 230 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.72 
 
 		 230 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.31 
 
 		 224 aa  113  3e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.86 
 
 		 228 aa  112  4.0000000000000004e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 226 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.27 
 
 		 225 aa  112  5e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  36.79 
 
 		 226 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  33.49 
 
 		 226 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.54 
 
 		 228 aa  109  3e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.71 
 
 		 224 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.66 
 
 		 232 aa  108  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.84 
 
 		 225 aa  108  5e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.56 
 
 		 243 aa  108  5e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.89 
 
 		 226 aa  108  8.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.44 
 
 		 220 aa  107  1e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.42 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  35.79 
 
 		 224 aa  106  4e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  35.26 
 
 		 224 aa  106  4e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 258 aa  105  7e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 		 258 aa  105  7e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.79 
 
 		 224 aa  105  9e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.82 
 
 		 236 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.82 
 
 		 242 aa  103  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  37.63 
 
 		 228 aa  103  3e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.26 
 
 		 224 aa  102  4e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 224 aa  102  6e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.89 
 
 		 224 aa  102  6e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 224 aa  102  6e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 224 aa  102  6e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 224 aa  102  6e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4322  cyclic nucleotide-binding  37.89 
 
 		 225 aa  102  7e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0230513 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4762  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 225 aa  101  9e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  hitchhiker  0.0000929699 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  31.22 
 
 		 243 aa  101  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 222 aa  100  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  35.11 
 
 		 225 aa  99.8  3e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  33.8 
 
 		 225 aa  100  3e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.2 
 
 		 224 aa  99.8  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 224 aa  99.4  4e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 224 aa  99.4  5e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  31.36 
 
 		 285 aa  99.4  5e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 225 aa  98.6  8e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  31.25 
 
 		 231 aa  97.8  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 246 aa  97.8  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>