More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0199 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  615  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  57.1 
 
 		 307 aa  345  4e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  56.67 
 
 		 313 aa  345  4e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  54.98 
 
 		 308 aa  338  8e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  55 
 
 		 305 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 311 aa  331  9e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  55.1 
 
 		 300 aa  329  3e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  53.74 
 
 		 297 aa  323  2e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  55.29 
 
 		 306 aa  319  3.9999999999999996e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  54.85 
 
 		 306 aa  318  6e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  55.93 
 
 		 314 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  55.18 
 
 		 308 aa  309  2.9999999999999997e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  52.76 
 
 		 307 aa  308  6.999999999999999e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  53.18 
 
 		 304 aa  308  9e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  52.84 
 
 		 304 aa  306  3e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  53.92 
 
 		 303 aa  306  3e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  55.63 
 
 		 309 aa  305  5.0000000000000004e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  54.61 
 
 		 311 aa  301  1e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  50.99 
 
 		 307 aa  297  1e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 310 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  54.95 
 
 		 309 aa  295  5e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  52.72 
 
 		 306 aa  295  5e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  52.72 
 
 		 306 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  52.72 
 
 		 306 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 318 aa  293  3e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 320 aa  292  6e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 306 aa  291  7e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 302 aa  291  7e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 303 aa  291  8e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  52.07 
 
 		 306 aa  288  7e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  51.51 
 
 		 315 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  51.51 
 
 		 315 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 347 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  46.71 
 
 		 308 aa  266  4e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 307 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1230  LysR family transcriptional regulator  50.86 
 
 		 308 aa  259  4e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  48 
 
 		 307 aa  257  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 307 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 307 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 330 aa  256  4e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 307 aa  256  4e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 335 aa  255  7e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 326 aa  254  9e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 342 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 		 335 aa  253  3e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 305 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 305 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 305 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 305 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 305 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 305 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0426  LysR family transcriptional regulator  42.3 
 
 		 321 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.144523  hitchhiker  0.000318501 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0367  transcriptional regulator, LysR family  42.3 
 
 		 321 aa  246  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0374  LysR family transcriptional regulator  42.3 
 
 		 321 aa  246  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  normal  0.588563 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0365  LysR family transcriptional regulator  42.3 
 
 		 321 aa  245  8e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.916337 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  44.9 
 
 		 311 aa  244  9.999999999999999e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  43.84 
 
 		 304 aa  243  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  45.48 
 
 		 300 aa  243  3e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  44.97 
 
 		 313 aa  243  3e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  43.64 
 
 		 304 aa  242  5e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  45.42 
 
 		 318 aa  239  4e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 321 aa  238  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  45.03 
 
 		 305 aa  237  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  40.94 
 
 		 307 aa  231  2e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 314 aa  230  2e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 307 aa  230  2e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  40.94 
 
 		 307 aa  231  2e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 307 aa  231  2e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 307 aa  231  2e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 307 aa  230  2e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 300 aa  230  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  40.94 
 
 		 307 aa  231  2e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0846  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 237 aa  229  3e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 307 aa  229  6e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2024  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 301 aa  228  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0462835 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 333 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  40.33 
 
 		 300 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5820  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 301 aa  226  4e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777062  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 555 aa  225  6e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 301 aa  225  8e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  43 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5033  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.57 
 
 		 319 aa  224  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0753  LysR substrate binding domain-containing protein  48.36 
 
 		 276 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  37.66 
 
 		 306 aa  221  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.38 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  38.28 
 
 		 311 aa  221  9.999999999999999e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  42.62 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1844  transcriptional regulator, LysR family  40.94 
 
 		 307 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 304 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3552  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 428 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.313254 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 304 aa  219  6e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 307 aa  219  6e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>