108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4083 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_4083  hypothetical protein  100 
 
 
826 aa  1699  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0344261  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2292  hypothetical protein  31.15 
 
 
782 aa  254  5e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4079  hypothetical protein  30.4 
 
 
885 aa  238  3e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.299167  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4080  hypothetical protein  27.66 
 
 
936 aa  199  2e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000183317  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0910  hypothetical protein  28.49 
 
 
731 aa  193  1e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.688824 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0875  hypothetical protein  28.07 
 
 
893 aa  182  2e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0421546 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3371  hypothetical protein  26.52 
 
 
895 aa  174  4e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.94917  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2299  hypothetical protein  25.65 
 
 
809 aa  164  5e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2696  hypothetical protein  24.2 
 
 
822 aa  164  8e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3200  hypothetical protein  27.02 
 
 
820 aa  164  9e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1731  multiheme cytochrome  36.71 
 
 
898 aa  163  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1658  hypothetical protein  36.42 
 
 
898 aa  162  3e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.131846  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2216  hypothetical protein  35.26 
 
 
898 aa  157  7e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.352223  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1257  hypothetical protein  27.01 
 
 
762 aa  152  3e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1345  multiheme cytochrome  38.21 
 
 
742 aa  144  6e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1187  hypothetical protein  23.98 
 
 
778 aa  139  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1244  hypothetical protein  37.28 
 
 
742 aa  139  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0505071  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1211  decaheme cytochrome c MtrF  25.47 
 
 
639 aa  139  3e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1713  hypothetical protein  29.03 
 
 
945 aa  137  7e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.436521  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1780  decaheme cytochrome c MtrF  24.85 
 
 
639 aa  136  2e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2603  hypothetical protein  36.07 
 
 
742 aa  134  9e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.430741  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2674  decaheme cytochrome c MtrF  26.22 
 
 
639 aa  132  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0899912  normal  0.105553 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1614  decaheme cytochrome c MtrF  24.15 
 
 
639 aa  129  2e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0474266  normal  0.168927 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2576  decaheme cytochrome c MtrF  25.79 
 
 
639 aa  129  2e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.134423  decreased coverage  0.00876105 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2508  decaheme cytochrome c MtrF  26.11 
 
 
639 aa  128  4e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00292179  decreased coverage  0.000509076 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2763  decaheme cytochrome c MtrF  24.31 
 
 
639 aa  127  9e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0120659  hitchhiker  4.44921e-05 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2694  decaheme cytochrome c MtrF  26.11 
 
 
640 aa  127  9e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2636  decaheme cytochrome c  23.95 
 
 
724 aa  126  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1591  decaheme cytochrome c MtrF  25.62 
 
 
639 aa  125  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.58979e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1580  decaheme cytochrome c MtrF  24.31 
 
 
639 aa  124  7e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0766819  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2697  decaheme cytochrome c  23.62 
 
 
745 aa  119  2e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0633196  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6275  decaheme c-type cytochrome, OmcA/MtrC family  29.56 
 
 
741 aa  119  3e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.772817 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1528  decaheme cytochrome c MtrF  23.9 
 
 
646 aa  117  7e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0963  hypothetical protein  23.94 
 
 
816 aa  117  8e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.830117  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2521  decaheme cytochrome c MtrF  25.48 
 
 
639 aa  116  1e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1268  hypothetical protein  29.66 
 
 
789 aa  114  9e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.487663  hitchhiker  0.00130496 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1659  decaheme cytochrome c  26.81 
 
 
758 aa  112  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3108  hypothetical protein  30.3 
 
 
788 aa  110  9e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1527  decaheme cytochrome c  22.67 
 
 
722 aa  109  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3098  hypothetical protein  29.66 
 
 
789 aa  108  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4254  decaheme cytochrome c  25.25 
 
 
729 aa  108  5e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.353597  unclonable  2.80036e-08 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3251  hypothetical protein  29.43 
 
 
788 aa  107  8e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3573  decaheme cytochrome c  28.77 
 
 
716 aa  107  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2675  decaheme cytochrome c  29.35 
 
 
724 aa  107  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  7.33685e-05  normal  0.0455406 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2524  decaheme cytochrome c  27.35 
 
 
725 aa  105  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000418395  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2577  decaheme cytochrome c  29.03 
 
 
731 aa  105  4e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00883016  decreased coverage  0.00925289 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1209  decaheme cytochrome c  26.65 
 
 
729 aa  105  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00658895  normal  0.327868 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1590  decaheme cytochrome c  29.24 
 
 
730 aa  103  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  4.52412e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1613  decaheme cytochrome c  27.51 
 
 
730 aa  103  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.96014e-05  normal  0.166254 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2787  decaheme cytochrome c  26.74 
 
 
762 aa  103  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0256712 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2522  decaheme cytochrome c  26.6 
 
 
720 aa  103  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1579  decaheme cytochrome c  27.51 
 
 
730 aa  103  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00874065  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1210  decaheme cytochrome c  28.57 
 
 
727 aa  103  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.260087  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1526  decaheme cytochrome c  27.35 
 
 
738 aa  102  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.324001  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2695  decaheme cytochrome c  32.21 
 
 
719 aa  101  6e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.734788  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0998  decaheme cytochrome c  22.62 
 
 
766 aa  101  7e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1779  decaheme cytochrome c  29.14 
 
 
735 aa  100  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2509  decaheme cytochrome c  27.88 
 
 
731 aa  100  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.84393e-06  hitchhiker  0.000632353 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1380  decaheme cytochrome c  26.24 
 
 
765 aa  97.8  7e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1509  decaheme cytochrome c  25.47 
 
 
764 aa  97.4  9e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.130709  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1473  decaheme cytochrome c  25.24 
 
 
761 aa  97.1  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000262006  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1478  decaheme cytochrome c  25.94 
 
 
761 aa  96.3  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.174618  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2874  decaheme cytochrome c  25.71 
 
 
764 aa  96.7  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0594793  hitchhiker  8.91097e-06 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1479  hypothetical protein  26.37 
 
 
833 aa  95.9  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0424195  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3588  decaheme cytochrome c  26.3 
 
 
745 aa  95.1  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2764  hypothetical protein  25.65 
 
 
843 aa  94  9e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.185672  hitchhiker  8.08171e-07 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3124  decaheme cytochrome c  25.19 
 
 
741 aa  91.3  7e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00184772  hitchhiker  4.2193e-05 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3279  hypothetical protein  23.32 
 
 
854 aa  83.2  2e-14  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3163  hypothetical protein  24.7 
 
 
857 aa  83.2  2e-14  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2613  decaheme cytochrome c  29.06 
 
 
762 aa  81.6  5e-14  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000355284  hitchhiker  7.40819e-06 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1612  decaheme cytochrome c  25.94 
 
 
650 aa  80.1  1e-13  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0130523  normal  0.2896 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1589  decaheme cytochrome c  25.94 
 
 
650 aa  80.9  1e-13  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.35795e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2680  decaheme cytochrome c  30.13 
 
 
762 aa  80.5  1e-13  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.463028  unclonable  6.43351e-05 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3353  hypothetical protein  23.79 
 
 
856 aa  80.1  1e-13  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1578  decaheme cytochrome c  25.69 
 
 
650 aa  78.6  4e-13  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  2.05402e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2765  decaheme cytochrome c  25.44 
 
 
650 aa  78.2  6e-13  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00105295  hitchhiker  7.31399e-07 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2578  decaheme cytochrome c  25.13 
 
 
650 aa  75.9  3e-12  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00427395  decreased coverage  0.00803379 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2676  decaheme cytochrome c  24.87 
 
 
650 aa  73.9  1e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000503474  normal  0.0214929 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3286  hypothetical protein  23.44 
 
 
714 aa  72  4e-11  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.909593  hitchhiker  4.68411e-07 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003776  decaheme cytochrome c MtrF  24.27 
 
 
754 aa  70.5  1e-10  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2228  decaheme cytochrome c  22.92 
 
 
755 aa  70.9  1e-10  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.236086  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0918  decaheme cytochrome c  25.43 
 
 
764 aa  69.7  2e-10  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.613412  normal  0.552776 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2379  hypothetical protein  24.81 
 
 
1111 aa  69.3  2e-10  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.49944  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0913  decaheme cytochrome c  30.14 
 
 
770 aa  68.9  4e-10  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.546873  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3466  hypothetical protein  23.94 
 
 
785 aa  64.7  6e-09  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.724503 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1208  decaheme cytochrome c  23.2 
 
 
656 aa  63.2  2e-08  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.474569  normal  0.550051 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2525  decaheme cytochrome c  25 
 
 
656 aa  62.4  3e-08  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  8.37992e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0438  hypothetical protein  25.12 
 
 
791 aa  61.2  7e-08  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.398757  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1778  decaheme cytochrome c  24.83 
 
 
671 aa  61.2  8e-08  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1478  decaheme cytochrome c  23.26 
 
 
663 aa  59.7  2e-07  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  2.54716e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2992  hypothetical protein  24.77 
 
 
781 aa  59.7  2e-07  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.507941  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0437  hypothetical protein  25.08 
 
 
791 aa  59.3  3e-07  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2510  decaheme cytochrome c  25.28 
 
 
655 aa  58.2  7e-07  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0178218  hitchhiker  0.000666167 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2637  decaheme cytochrome c  20.28 
 
 
653 aa  57  1e-06  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4048  hypothetical protein  24.72 
 
 
764 aa  55.8  3e-06  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2698  decaheme cytochrome c  26.47 
 
 
671 aa  55.1  5e-06  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0681671  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2907  hypothetical protein  28.79 
 
 
793 aa  53.5  2e-05  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2507  hypothetical protein  27.2 
 
 
700 aa  51.2  8e-05  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.116766  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2523  hypothetical protein  28.19 
 
 
757 aa  50.8  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1409  hypothetical protein  25.73 
 
 
696 aa  50.8  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>