42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0537 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0537  methylation  100 
 
 
226 aa  439  1e-122  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1324  methylation  59.48 
 
 
235 aa  257  8e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3524  hypothetical protein  58.14 
 
 
282 aa  238  8e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0132086  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0761  methylation precursor  61.16 
 
 
238 aa  234  9e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.327041  normal  0.127693 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5692  hypothetical protein  51.3 
 
 
233 aa  227  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.434625  normal  0.174572 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0672  hypothetical protein  52.7 
 
 
227 aa  208  5e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.142154  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0922  Type II secretory pathway component  51.39 
 
 
217 aa  205  5e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.235402  normal  0.870714 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0651  hypothetical protein  52.27 
 
 
225 aa  204  7e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00814892  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1078  hypothetical protein  48.62 
 
 
227 aa  182  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3131  general secretion pathway protein J  37.5 
 
 
215 aa  114  1e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.702697  normal  0.037121 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3422  general secretion pathway protein J  37.1 
 
 
232 aa  110  1e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.33509e-05 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3109  general secretory pathway J transmembrane protein  37.14 
 
 
240 aa  68.9  5e-11  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.388678  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3394  putative general secretory pathway J transmembrane protein  35.34 
 
 
247 aa  68.2  1e-10  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3077  putative general secretory pathway protein J  35.48 
 
 
234 aa  67.8  1e-10  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  7.85542e-07 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3047  general secretory pathway J transmembrane protein  35.88 
 
 
240 aa  65.9  4e-10  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.353213  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0056  putative general secretion pathway protein J  30.37 
 
 
231 aa  61.6  1e-08  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0074  putative general secretion pathway protein J  28.97 
 
 
222 aa  58.9  6e-08  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3943  putative general secretory pathway protein J  32.52 
 
 
228 aa  58.9  6e-08  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.173018 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0055  putative general secretion pathway protein J  29.93 
 
 
224 aa  58.5  9e-08  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0954003  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0045  putative general secretion pathway protein J  29.63 
 
 
234 aa  57.8  1e-07  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0014  general secretory pathway protein J  31.9 
 
 
242 aa  58.2  1e-07  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3237  putative general secretion pathway protein J  28.57 
 
 
229 aa  57  2e-07  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.722967  normal  0.701162 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3387  Type II secretory pathway component PulJ  43.55 
 
 
230 aa  57.4  2e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0227  general secretory pathway protein J  31.9 
 
 
242 aa  56.6  3e-07  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.291181  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2669  general secretory pathway protein J  31.9 
 
 
242 aa  56.6  3e-07  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.393113  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0015  general secretion pathway protein J  31.9 
 
 
242 aa  56.6  3e-07  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1883  general secretory pathway protein J  31.9 
 
 
242 aa  56.6  3e-07  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2778  general secretory pathway protein J  31.9 
 
 
242 aa  56.6  3e-07  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0015  general secretion pathway protein J  31.9 
 
 
242 aa  56.6  3e-07  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0530373  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3196  hypothetical protein  32.48 
 
 
202 aa  50.8  2e-05  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114017  hitchhiker  0.00348326 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55530  putative type II secretion system protein  40.98 
 
 
213 aa  48.5  8e-05  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0378882 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1528  general secretion pathway protein J  35.09 
 
 
291 aa  48.1  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.81636  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1895  general secretion pathway protein J  35.94 
 
 
206 aa  47.8  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1064  Type II secretory pathway component PulJ  43.33 
 
 
226 aa  45.4  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00786562  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2205  type II secretion system protein J  33.9 
 
 
204 aa  44.7  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0654355  normal  0.781056 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2920  general secretion pathway protein J  33.85 
 
 
239 aa  44.7  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.34948  normal  0.107134 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3224  general secretory pathway J transmembrane protein  28.12 
 
 
212 aa  44.3  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2388  general secretion pathway protein J  33.33 
 
 
212 aa  43.1  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  2.92779e-07 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3511  general secretory pathway protein J  28.44 
 
 
203 aa  42.7  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0055  general secretion pathway protein  28.57 
 
 
232 aa  42.4  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.163391  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0015  putative general secretion pathway protein J  28.57 
 
 
222 aa  42  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0147  general secretion pathway protein J  36.84 
 
 
253 aa  42  0.007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>