67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3109 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3109  general secretory pathway J transmembrane protein  100 
 
 		 240 aa  473  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.388678  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3047  general secretory pathway J transmembrane protein  82.5 
 
 		 240 aa  386  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3394  putative general secretory pathway J transmembrane protein  80.16 
 
 		 247 aa  379  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3387  Type II secretory pathway component PulJ  44.58 
 
 		 230 aa  191  7e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3224  general secretory pathway J transmembrane protein  42.92 
 
 		 212 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3077  putative general secretory pathway protein J  37.36 
 
 		 234 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000785542 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3943  putative general secretory pathway protein J  36.22 
 
 		 228 aa  99  6e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.173018 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2778  general secretory pathway protein J  34.6 
 
 		 242 aa  93.2  3e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0227  general secretory pathway protein J  34.6 
 
 		 242 aa  93.2  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.291181  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1883  general secretory pathway protein J  34.6 
 
 		 242 aa  93.2  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0015  general secretion pathway protein J  34.6 
 
 		 242 aa  93.2  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0015  general secretion pathway protein J  34.6 
 
 		 242 aa  93.2  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0530373  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2669  general secretory pathway protein J  34.6 
 
 		 242 aa  93.2  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.393113  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0014  general secretory pathway protein J  33.96 
 
 		 242 aa  93.2  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0055  putative general secretion pathway protein J  32.73 
 
 		 224 aa  89.4  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0954003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0045  putative general secretion pathway protein J  32.73 
 
 		 234 aa  89  6e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3237  putative general secretion pathway protein J  33.65 
 
 		 229 aa  85.5  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.722967  normal  0.701162 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0074  putative general secretion pathway protein J  33.03 
 
 		 222 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1064  Type II secretory pathway component PulJ  32.6 
 
 		 226 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00786562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0056  putative general secretion pathway protein J  31.31 
 
 		 231 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3511  general secretory pathway protein J  32.84 
 
 		 203 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1078  hypothetical protein  37.33 
 
 		 227 aa  77  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5692  hypothetical protein  36.91 
 
 		 233 aa  75.1  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.434625  normal  0.174572 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4494  putative general secretory pathway protein J  32.18 
 
 		 201 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.305758  normal  0.13576 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0537  methylation  37.14 
 
 		 226 aa  68.9  0.00000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0055  general secretion pathway protein  33.03 
 
 		 232 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.163391  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0015  putative general secretion pathway protein J  33.03 
 
 		 222 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0672  hypothetical protein  37.8 
 
 		 227 aa  68.2  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.142154  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0651  hypothetical protein  37.6 
 
 		 225 aa  66.2  0.0000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00814892  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1324  methylation  49.21 
 
 		 235 aa  63.9  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3524  hypothetical protein  35.11 
 
 		 282 aa  62.8  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0132086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3131  general secretion pathway protein J  31.06 
 
 		 215 aa  62  0.000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.702697  normal  0.037121 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3422  general secretion pathway protein J  32.74 
 
 		 232 aa  58.5  0.00000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000633509 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0922  Type II secretory pathway component  34.9 
 
 		 217 aa  57.4  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.235402  normal  0.870714 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1895  general secretion pathway protein J  27.23 
 
 		 206 aa  55.1  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3196  hypothetical protein  41.67 
 
 		 202 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114017  hitchhiker  0.00348326 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55530  putative type II secretion system protein  44.62 
 
 		 213 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0378882 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1528  general secretion pathway protein J  29.7 
 
 		 291 aa  52.8  0.000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.81636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2388  general secretion pathway protein J  39.71 
 
 		 212 aa  52.4  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000292779 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2300  general secretion pathway protein J  31.73 
 
 		 221 aa  50.4  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2205  type II secretion system protein J  38.1 
 
 		 204 aa  49.3  0.00006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0654355  normal  0.781056 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2854  general secretion pathway protein J  35.48 
 
 		 216 aa  48.9  0.00007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.400784  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24060  general secretion pathway protein J  42.37 
 
 		 237 aa  48.5  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0761  methylation precursor  39.23 
 
 		 238 aa  48.5  0.00008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.327041  normal  0.127693 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2035  general secretion pathway protein J  42.37 
 
 		 237 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2920  general secretion pathway protein J  39.71 
 
 		 239 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.34948  normal  0.107134 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3241  general secretion pathway protein GspJ  37.29 
 
 		 201 aa  47.4  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.575634 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0147  general secretion pathway protein J  31.15 
 
 		 253 aa  47  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1418  general secretion pathway protein J  33.33 
 
 		 216 aa  46.6  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0256  general secretion pathway protein J  34.33 
 
 		 204 aa  46.6  0.0004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.745018  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2918  general secretion pathway protein J  28.68 
 
 		 215 aa  46.2  0.0005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0127  general secretion pathway protein J  33.77 
 
 		 251 aa  45.8  0.0005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3406  general secretion pathway protein GspJ  37.29 
 
 		 199 aa  46.2  0.0005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3132  general secretion pathway protein J  37.29 
 
 		 201 aa  45.8  0.0006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3421  general secretion pathway protein J  37.29 
 
 		 199 aa  45.8  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001886  general secretion pathway protein J  26.42 
 
 		 225 aa  45.1  0.0009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00607  general secretion pathway protein J  26.53 
 
 		 250 aa  43.9  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4833  putative type II secretion system protein  37.5 
 
 		 191 aa  43.9  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3613  general secretion pathway protein J  26.67 
 
 		 259 aa  43.9  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2375  general secretion pathway protein J  32.53 
 
 		 223 aa  44.3  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.69272  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0103  general secretion pathway protein J  33.87 
 
 		 211 aa  44.3  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0111  general secretion pathway protein J  30.47 
 
 		 236 aa  44.3  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4585  general secretion pathway protein J  33.82 
 
 		 219 aa  43.1  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.979233  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1410  general secretion pathway protein J  31.15 
 
 		 199 aa  43.1  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0118952  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1305  general secretion pathway protein J  31.67 
 
 		 246 aa  42.4  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1476  general secretion pathway protein J  33.33 
 
 		 237 aa  42.4  0.007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0009  general secretion pathway protein J  27.13 
 
 		 199 aa  41.6  0.01  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.264866 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>