71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3047 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3047  general secretory pathway J transmembrane protein  100 
 
 
240 aa  481  1e-135  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.353213  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3394  putative general secretory pathway J transmembrane protein  95.14 
 
 
247 aa  460  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3109  general secretory pathway J transmembrane protein  82.5 
 
 
240 aa  357  7e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.388678  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3387  Type II secretory pathway component PulJ  45.08 
 
 
230 aa  194  7e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3224  general secretory pathway J transmembrane protein  44.1 
 
 
212 aa  179  4e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3943  putative general secretory pathway protein J  37.08 
 
 
228 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.173018 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3077  putative general secretory pathway protein J  36.21 
 
 
234 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000785542 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1064  Type II secretory pathway component PulJ  30.6 
 
 
226 aa  90.9  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00786562  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2778  general secretory pathway protein J  36.42 
 
 
242 aa  88.6  8e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1883  general secretory pathway protein J  36.42 
 
 
242 aa  88.6  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2669  general secretory pathway protein J  36.42 
 
 
242 aa  88.6  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.393113  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0015  general secretion pathway protein J  35.8 
 
 
242 aa  87  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0530373  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0227  general secretory pathway protein J  35.8 
 
 
242 aa  87  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.291181  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0015  general secretion pathway protein J  35.8 
 
 
242 aa  87  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0014  general secretory pathway protein J  34.57 
 
 
242 aa  86.3  4e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0074  putative general secretion pathway protein J  33.73 
 
 
222 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0045  putative general secretion pathway protein J  33.73 
 
 
234 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0055  putative general secretion pathway protein J  33.73 
 
 
224 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0954003  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1078  hypothetical protein  37.58 
 
 
227 aa  82.4  0.000000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3237  putative general secretion pathway protein J  33.14 
 
 
229 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.722967  normal  0.701162 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4494  putative general secretory pathway protein J  33.53 
 
 
201 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.305758  normal  0.13576 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0056  putative general secretion pathway protein J  32.35 
 
 
231 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3511  general secretory pathway protein J  34.21 
 
 
203 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5692  hypothetical protein  32.64 
 
 
233 aa  68.9  0.00000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.434625  normal  0.174572 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0651  hypothetical protein  35.71 
 
 
225 aa  67.4  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00814892  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0672  hypothetical protein  36.22 
 
 
227 aa  67.8  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.142154  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0055  general secretion pathway protein  33.13 
 
 
232 aa  65.1  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.163391  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0537  methylation  35.88 
 
 
226 aa  65.1  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0015  putative general secretion pathway protein J  33.13 
 
 
222 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1324  methylation  48.39 
 
 
235 aa  63.9  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3524  hypothetical protein  32.48 
 
 
282 aa  60.5  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0132086  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3131  general secretion pathway protein J  27.91 
 
 
215 aa  58.9  0.00000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.702697  normal  0.037121 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1528  general secretion pathway protein J  29.76 
 
 
291 aa  56.2  0.0000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.81636  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3422  general secretion pathway protein J  31.96 
 
 
232 aa  55.8  0.0000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000633509 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2205  type II secretion system protein J  26.73 
 
 
204 aa  53.9  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0654355  normal  0.781056 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3196  hypothetical protein  43.1 
 
 
202 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114017  hitchhiker  0.00348326 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55530  putative type II secretion system protein  42.86 
 
 
213 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0378882 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0922  Type II secretory pathway component  30.43 
 
 
217 aa  53.5  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.235402  normal  0.870714 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2300  general secretion pathway protein J  34.09 
 
 
221 aa  52.4  0.000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0127  general secretion pathway protein J  30.56 
 
 
251 aa  52  0.000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2918  general secretion pathway protein J  30.23 
 
 
215 aa  52  0.000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24060  general secretion pathway protein J  41.94 
 
 
237 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2388  general secretion pathway protein J  40.58 
 
 
212 aa  50.8  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000292779 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1895  general secretion pathway protein J  40.28 
 
 
206 aa  50.4  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2035  general secretion pathway protein J  42.62 
 
 
237 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2920  general secretion pathway protein J  40 
 
 
239 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.34948  normal  0.107134 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0147  general secretion pathway protein J  29.84 
 
 
253 aa  50.1  0.00003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1418  general secretion pathway protein J  32.81 
 
 
216 aa  49.7  0.00004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3132  general secretion pathway protein J  30.82 
 
 
201 aa  48.9  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2854  general secretion pathway protein J  31.34 
 
 
216 aa  48.9  0.00007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.400784  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3613  general secretion pathway protein J  28.18 
 
 
259 aa  48.1  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3421  general secretion pathway protein J  30.82 
 
 
199 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3406  general secretion pathway protein GspJ  30.82 
 
 
199 aa  48.5  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3241  general secretion pathway protein GspJ  36.51 
 
 
201 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.575634 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4585  general secretion pathway protein J  29.32 
 
 
219 aa  46.6  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.979233  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00607  general secretion pathway protein J  34.38 
 
 
250 aa  46.6  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0111  general secretion pathway protein J  30.08 
 
 
236 aa  46.2  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0103  general secretion pathway protein J  32.84 
 
 
211 aa  45.4  0.0008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2375  general secretion pathway protein J  27.64 
 
 
223 aa  45.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.69272  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0172  general secretion pathway protein J  30.23 
 
 
255 aa  45.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4833  putative type II secretion system protein  39.47 
 
 
191 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0256  general secretion pathway protein J  33.33 
 
 
204 aa  43.9  0.002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.745018  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1410  general secretion pathway protein J  31.15 
 
 
199 aa  43.9  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0118952  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0175  general secretion pathway protein J  26.77 
 
 
259 aa  43.5  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.729564  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001886  general secretion pathway protein J  29.79 
 
 
225 aa  43.5  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1476  general secretion pathway protein J  29.51 
 
 
237 aa  43.1  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1305  general secretion pathway protein J  31.15 
 
 
246 aa  43.1  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3550  Tfp pilus assembly protein PilE  34.29 
 
 
164 aa  42.4  0.007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.844187  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3561  general secretion pathway protein J  26.52 
 
 
252 aa  42  0.008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0157  general secretion pathway protein J  26.77 
 
 
255 aa  42  0.008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0162  general secretion pathway protein J  26.77 
 
 
253 aa  42  0.009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.933728 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>