More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0381 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_0381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
281 aa  567  1e-160  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.217368  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4601  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  76.73 
 
 
282 aa  403  1e-111  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.809915  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  53 
 
 
473 aa  237  2e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1084  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.55 
 
 
283 aa  211  1e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0125965  normal  0.0422522 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.73 
 
 
279 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.27418  hitchhiker  0.000721041 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1177  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.42 
 
 
277 aa  155  5.0000000000000005e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.526687  normal  0.706287 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1248  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.81 
 
 
279 aa  150  3e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.345391  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.62 
 
 
286 aa  145  6e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.353591  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.57 
 
 
292 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9208  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase-like protein  43.97 
 
 
272 aa  135  5e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.99398 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0094  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.54 
 
 
294 aa  122  6e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0091  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.54 
 
 
294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.42855 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0551  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.04 
 
 
307 aa  119  7e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3653  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.37 
 
 
294 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1216  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.71 
 
 
296 aa  112  9e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.896826 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.86 
 
 
294 aa  108  9.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.515711 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1563  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.46 
 
 
295 aa  108  9.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.25531 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1967  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.14 
 
 
308 aa  108  1e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0424  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.47 
 
 
306 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4174  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  29.5 
 
 
306 aa  106  5e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0850  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.04 
 
 
314 aa  105  8e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3709  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.75 
 
 
309 aa  104  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.25 
 
 
291 aa  103  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0588  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.71 
 
 
327 aa  104  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.749225 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1255  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.82 
 
 
293 aa  104  2e-21  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.463201  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  25.69 
 
 
294 aa  103  3e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0452  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.64 
 
 
304 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3878  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.5 
 
 
304 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.21 
 
 
291 aa  103  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.64 
 
 
305 aa  103  5e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0436  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.64 
 
 
304 aa  102  7e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.06 
 
 
281 aa  102  8e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0462  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.64 
 
 
304 aa  102  9e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1998  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.1 
 
 
302 aa  101  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00000898814  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2507  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.93 
 
 
272 aa  100  2e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3531  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.11 
 
 
306 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.23 
 
 
293 aa  99  7e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.128844  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  25 
 
 
294 aa  97.8  2e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.38 
 
 
294 aa  97.8  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.41 
 
 
307 aa  97.1  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.10972 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0509  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  28.72 
 
 
301 aa  96.7  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1313  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.31 
 
 
276 aa  96.3  5e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1072  TDP-rhamnose synthetase, NAD(P)-binding  31.35 
 
 
300 aa  95.9  7e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.18 
 
 
294 aa  95.5  9e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1727  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.72 
 
 
284 aa  95.1  1e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.681532  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0589  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.96 
 
 
285 aa  94.7  1e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0766528  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.7 
 
 
284 aa  94.7  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2019  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.35 
 
 
738 aa  94  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.240233  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.7 
 
 
284 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.7 
 
 
284 aa  93.6  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.7 
 
 
284 aa  93.6  3e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2324  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.45 
 
 
297 aa  93.6  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.888846  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3226  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.95 
 
 
300 aa  94  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.7 
 
 
284 aa  93.6  3e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.08 
 
 
293 aa  93.6  3e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.88 
 
 
290 aa  94  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.63 
 
 
293 aa  93.2  4e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.248818 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.57 
 
 
283 aa  93.6  4e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.7 
 
 
284 aa  93.2  4e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2145  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.22 
 
 
297 aa  92.8  6e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.292783  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2008  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.54 
 
 
723 aa  92.4  7e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.03 
 
 
291 aa  92.4  8e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3236  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.21 
 
 
285 aa  92.4  8e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.92 
 
 
278 aa  91.7  1e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.79 
 
 
291 aa  91.7  1e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1420  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.42 
 
 
279 aa  91.7  1e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.7 
 
 
284 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3073  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.78 
 
 
282 aa  91.3  2e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.419885  normal  0.223963 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0494  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.52 
 
 
298 aa  91.3  2e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.86 
 
 
281 aa  91.3  2e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.26 
 
 
284 aa  90.1  4e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.96 
 
 
288 aa  89.7  5e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.98 
 
 
298 aa  89.4  6e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1437  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.2 
 
 
363 aa  89  8e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0328  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.89 
 
 
278 aa  89  8e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.97 
 
 
285 aa  89  8e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.960229  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.83 
 
 
285 aa  88.2  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1426  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.71 
 
 
288 aa  88.2  1e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.41063  hitchhiker  0.00349813 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17350  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.69 
 
 
287 aa  87.4  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  25.8 
 
 
296 aa  87.8  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.24 
 
 
314 aa  87.8  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.61 
 
 
281 aa  87  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.21 
 
 
286 aa  86.7  4e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.3 
 
 
286 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.76 
 
 
283 aa  85.9  6e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.1 
 
 
285 aa  86.3  6e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.88 
 
 
283 aa  85.5  9e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000486675  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.77 
 
 
285 aa  84.7  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2183  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.62 
 
 
294 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5899  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.32 
 
 
321 aa  85.1  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.824829 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2549  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.36 
 
 
292 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0477  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.12 
 
 
279 aa  84.7  0.000000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  unclonable  0.0000000000065602  decreased coverage  0.00000000361225 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1684  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.89 
 
 
307 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.298373  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.51 
 
 
288 aa  84.3  0.000000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1270  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.27 
 
 
246 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.120317  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.67 
 
 
291 aa  84  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.05 
 
 
287 aa  84.3  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.48 
 
 
297 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29 
 
 
295 aa  84  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.99 
 
 
306 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>