More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0140 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
293 aa  605  9.999999999999999e-173  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.248818 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1705  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  73.61 
 
 
291 aa  428  1e-119  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00204085  normal  0.651239 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2183  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  58.6 
 
 
294 aa  342  2.9999999999999997e-93  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0306  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.6 
 
 
293 aa  315  8e-85  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1128  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.28 
 
 
295 aa  306  2.0000000000000002e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2883  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.42 
 
 
287 aa  299  3e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.131677  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.09 
 
 
278 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.68 
 
 
277 aa  186  5e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.77 
 
 
278 aa  186  5e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.05 
 
 
285 aa  185  8e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.23 
 
 
287 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.33 
 
 
294 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.38 
 
 
285 aa  182  5.0000000000000004e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.6 
 
 
314 aa  182  6e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.09 
 
 
293 aa  182  6e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.04 
 
 
281 aa  179  4.999999999999999e-44  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3236  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.51 
 
 
285 aa  179  5.999999999999999e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.54 
 
 
290 aa  179  5.999999999999999e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.37 
 
 
296 aa  179  7e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37 
 
 
298 aa  178  7e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.82 
 
 
276 aa  177  2e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.77 
 
 
288 aa  176  3e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0232  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.77 
 
 
270 aa  176  4e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0488037  normal  0.41258 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.79 
 
 
261 aa  176  5e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.46 
 
 
298 aa  174  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2099  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.63 
 
 
289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.626697 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.3 
 
 
283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.71 
 
 
289 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.02 
 
 
296 aa  172  5e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.99 
 
 
288 aa  172  5e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.45 
 
 
288 aa  172  7.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.16 
 
 
298 aa  172  9e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.466634 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.73 
 
 
285 aa  169  5e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.960229  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.82 
 
 
280 aa  169  6e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.66 
 
 
284 aa  169  6e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.59 
 
 
280 aa  168  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  34.86 
 
 
296 aa  167  2e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.48 
 
 
281 aa  167  2e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.27 
 
 
306 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3345  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.59 
 
 
278 aa  167  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0900  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.71 
 
 
278 aa  167  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.34862e-32 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.71 
 
 
287 aa  167  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2048  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.84 
 
 
300 aa  166  4e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0306  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.09 
 
 
283 aa  166  5e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.96 
 
 
287 aa  165  6.9999999999999995e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.04 
 
 
281 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.4 
 
 
295 aa  165  6.9999999999999995e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.61 
 
 
301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3073  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.09 
 
 
282 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.419885  normal  0.223963 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1750  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.55 
 
 
283 aa  164  1.0000000000000001e-39  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.963734 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.52 
 
 
283 aa  163  3e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.92 
 
 
294 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5788  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.78 
 
 
290 aa  162  8.000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.186133 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.57 
 
 
291 aa  161  9e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.28 
 
 
296 aa  161  9e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.67 
 
 
285 aa  161  1e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.92 
 
 
286 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5899  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.81 
 
 
321 aa  160  2e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.824829 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.25 
 
 
301 aa  160  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2402  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.8 
 
 
286 aa  160  3e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.59 
 
 
298 aa  159  4e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1445  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.17 
 
 
283 aa  159  5e-38  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.85 
 
 
461 aa  159  8e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.36 
 
 
287 aa  158  8e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1420  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.36 
 
 
279 aa  158  9e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.39 
 
 
288 aa  158  1e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2630  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.01 
 
 
295 aa  158  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.74 
 
 
280 aa  157  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06100  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.64 
 
 
313 aa  157  2e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.127581  normal  0.398775 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.79 
 
 
294 aa  157  2e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.02 
 
 
306 aa  157  3e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0187  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.77 
 
 
270 aa  156  4e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.68 
 
 
291 aa  156  4e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1006  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.59 
 
 
299 aa  156  4e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.530196  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0764  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.62 
 
 
299 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.17 
 
 
307 aa  155  6e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.15 
 
 
286 aa  155  6e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.1 
 
 
294 aa  155  6e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.1 
 
 
294 aa  155  6e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.22 
 
 
295 aa  155  7e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0575  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.46 
 
 
305 aa  155  7e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0332  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.26 
 
 
281 aa  155  8e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.326946  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.79 
 
 
295 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.79 
 
 
298 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.38 
 
 
283 aa  155  1e-36  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000486675  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.04 
 
 
290 aa  154  2e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.13 
 
 
301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.43 
 
 
284 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.86 
 
 
285 aa  153  4e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.49 
 
 
320 aa  152  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08561  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.65 
 
 
297 aa  153  4e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001769 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.17 
 
 
294 aa  153  4e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.8 
 
 
284 aa  152  5e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  31.36 
 
 
294 aa  152  5e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2034  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.45 
 
 
294 aa  152  5e-36  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.07 
 
 
286 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.49 
 
 
292 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1684  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.02 
 
 
307 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.298373  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3860  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.87 
 
 
299 aa  152  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.680226 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.51 
 
 
296 aa  152  8e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>