More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1705 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_1705  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
291 aa  597  1e-170  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00204085  normal  0.651239 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  73.61 
 
 
293 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.248818 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2183  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  59.86 
 
 
294 aa  344  8e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0306  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.99 
 
 
293 aa  319  3e-86  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2883  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  53.36 
 
 
287 aa  301  9e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.131677  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1128  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  53.68 
 
 
295 aa  300  3e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.85 
 
 
285 aa  193  3e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.13 
 
 
285 aa  192  5e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.36 
 
 
278 aa  191  2e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.55 
 
 
276 aa  189  4e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
298 aa  189  5e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.06 
 
 
287 aa  186  4e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.99 
 
 
277 aa  186  5e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.41 
 
 
278 aa  183  3e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0232  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.71 
 
 
270 aa  180  2e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0488037  normal  0.41258 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.49 
 
 
290 aa  180  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.67 
 
 
314 aa  179  4e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.51 
 
 
298 aa  178  8e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.466634 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.46 
 
 
288 aa  178  1e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.44 
 
 
293 aa  177  2e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.43 
 
 
298 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2099  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.79 
 
 
289 aa  176  3e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.626697 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.18 
 
 
280 aa  176  3e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.62 
 
 
294 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.59 
 
 
281 aa  174  9.999999999999999e-43  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.66 
 
 
283 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3345  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.59 
 
 
278 aa  172  5e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.58 
 
 
288 aa  171  1e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.18 
 
 
287 aa  171  1e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.34 
 
 
288 aa  171  1e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.59 
 
 
294 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.42 
 
 
296 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.31 
 
 
287 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.75 
 
 
307 aa  171  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  34.39 
 
 
296 aa  169  3e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5899  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.4 
 
 
321 aa  170  3e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.824829 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.46 
 
 
280 aa  169  4e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.17 
 
 
285 aa  169  7e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.43 
 
 
298 aa  168  8e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.31 
 
 
261 aa  167  1e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.12 
 
 
281 aa  167  2e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1006  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.71 
 
 
299 aa  167  2e-40  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.530196  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3236  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.79 
 
 
285 aa  167  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.23 
 
 
296 aa  167  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.69 
 
 
295 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0900  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.23 
 
 
278 aa  167  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.34862e-32 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.82 
 
 
280 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.97 
 
 
285 aa  166  4e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.8 
 
 
294 aa  166  4e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.8 
 
 
294 aa  166  4e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.75 
 
 
294 aa  166  5.9999999999999996e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.6 
 
 
298 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2048  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.54 
 
 
300 aa  165  6.9999999999999995e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.75 
 
 
281 aa  165  8e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.09 
 
 
285 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.960229  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0306  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.26 
 
 
283 aa  163  3e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.72 
 
 
296 aa  163  3e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2549  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.22 
 
 
292 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1445  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.89 
 
 
283 aa  162  4.0000000000000004e-39  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.47 
 
 
306 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5788  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
290 aa  162  7e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.186133 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.18 
 
 
283 aa  161  1e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1750  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.82 
 
 
283 aa  161  1e-38  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.963734 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.7 
 
 
461 aa  161  1e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.16 
 
 
301 aa  160  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.99 
 
 
289 aa  159  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3860  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.46 
 
 
299 aa  158  1e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.680226 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.15 
 
 
286 aa  157  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.04 
 
 
286 aa  158  1e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.61 
 
 
284 aa  157  2e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2402  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.43 
 
 
286 aa  157  2e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.53 
 
 
292 aa  156  3e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.27 
 
 
297 aa  156  3e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.05 
 
 
291 aa  156  3e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.69 
 
 
283 aa  156  4e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.77 
 
 
295 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.43 
 
 
301 aa  155  5.0000000000000005e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6346  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.37 
 
 
296 aa  154  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.191715  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  31.01 
 
 
294 aa  155  1e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1564  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.94 
 
 
298 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.07 
 
 
284 aa  154  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8192  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.87 
 
 
301 aa  154  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2034  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.47 
 
 
294 aa  154  2e-36  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.69 
 
 
288 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.41 
 
 
284 aa  154  2e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.77 
 
 
292 aa  154  2e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2017  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.04 
 
 
297 aa  154  2e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001517 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2455  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.81 
 
 
287 aa  154  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0332  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.86 
 
 
281 aa  153  4e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.326946  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.16 
 
 
291 aa  152  4e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  31.01 
 
 
294 aa  152  5e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.14 
 
 
306 aa  152  5e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08561  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.52 
 
 
297 aa  152  5.9999999999999996e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001769 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3073  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32 
 
 
282 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.419885  normal  0.223963 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.61 
 
 
288 aa  152  7e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.05 
 
 
290 aa  152  8.999999999999999e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.71 
 
 
284 aa  151  1e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0187  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.86 
 
 
270 aa  151  1e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.35 
 
 
284 aa  151  1e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.71 
 
 
284 aa  151  1e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>