More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_2883 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_2883  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
287 aa  586  1e-166  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.131677  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2183  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.71 
 
 
294 aa  340  1e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.23 
 
 
293 aa  312  3.9999999999999997e-84  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.248818 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0306  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.11 
 
 
293 aa  306  3e-82  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1705  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  53.36 
 
 
291 aa  298  7e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00204085  normal  0.651239 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1128  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.81 
 
 
295 aa  241  1e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.36 
 
 
285 aa  196  5.000000000000001e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.72 
 
 
297 aa  190  2e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
278 aa  187  2e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.19 
 
 
293 aa  186  3e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.3 
 
 
286 aa  186  4e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.29 
 
 
280 aa  186  4e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.21 
 
 
314 aa  185  8e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.55 
 
 
296 aa  185  9e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.19 
 
 
298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.81 
 
 
294 aa  182  5.0000000000000004e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.64 
 
 
283 aa  181  2e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.51 
 
 
298 aa  180  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.95 
 
 
286 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.87 
 
 
287 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.41 
 
 
276 aa  178  1e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.23 
 
 
277 aa  178  1e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2099  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.08 
 
 
289 aa  177  2e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.626697 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4188  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.36 
 
 
291 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.28 
 
 
306 aa  177  3e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.18 
 
 
296 aa  176  5e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.06 
 
 
290 aa  176  5e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.08 
 
 
307 aa  175  8e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.41 
 
 
301 aa  174  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3345  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.35 
 
 
278 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.28 
 
 
295 aa  175  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.77 
 
 
301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.57 
 
 
288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.82 
 
 
285 aa  173  2.9999999999999996e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.84 
 
 
295 aa  172  3.9999999999999995e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.55 
 
 
283 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.15 
 
 
296 aa  172  5.999999999999999e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.55 
 
 
300 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0900  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.63 
 
 
278 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.34862e-32 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.21 
 
 
301 aa  171  2e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.13 
 
 
285 aa  170  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.49 
 
 
306 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.71 
 
 
294 aa  170  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.4 
 
 
288 aa  169  5e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.09 
 
 
297 aa  169  5e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.57 
 
 
287 aa  169  5e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1445  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.63 
 
 
283 aa  168  8e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.2 
 
 
280 aa  168  9e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.55 
 
 
285 aa  167  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.18 
 
 
278 aa  167  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.36 
 
 
284 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.59 
 
 
285 aa  166  4e-40  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.31 
 
 
288 aa  166  4e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.42 
 
 
461 aa  166  4e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.98 
 
 
291 aa  166  4e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1420  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.99 
 
 
279 aa  166  4e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.23 
 
 
287 aa  166  5e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.54 
 
 
320 aa  166  5e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.53 
 
 
261 aa  166  5e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.52 
 
 
281 aa  166  5e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3692  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.21 
 
 
296 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.48 
 
 
296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.87 
 
 
290 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.54 
 
 
284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.65 
 
 
306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.57 
 
 
295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.14 
 
 
283 aa  163  3e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  33.92 
 
 
294 aa  162  4.0000000000000004e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.27 
 
 
298 aa  162  6e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.466634 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1006  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.22 
 
 
299 aa  162  6e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.530196  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  34.28 
 
 
294 aa  162  7e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2394  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.3 
 
 
296 aa  162  7e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.734944 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.84 
 
 
294 aa  162  7e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.54 
 
 
294 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3236  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.91 
 
 
285 aa  162  9e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.14 
 
 
284 aa  161  1e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.76 
 
 
292 aa  160  2e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.18 
 
 
284 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.18 
 
 
284 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.18 
 
 
284 aa  160  3e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4002  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.51 
 
 
296 aa  160  3e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2671  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.51 
 
 
296 aa  160  3e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0893912  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1207  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.19 
 
 
280 aa  159  4e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1054  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.41 
 
 
281 aa  159  4e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.4 
 
 
287 aa  159  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0735  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
286 aa  159  5e-38  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.850791  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5788  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.24 
 
 
290 aa  159  7e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.186133 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3073  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.73 
 
 
282 aa  158  8e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.419885  normal  0.223963 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.89 
 
 
296 aa  158  9e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.59 
 
 
291 aa  157  1e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.47 
 
 
284 aa  158  1e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1750  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.91 
 
 
283 aa  157  1e-37  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.963734 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.62 
 
 
297 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1727  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.32 
 
 
284 aa  157  2e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.681532  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.14 
 
 
296 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.89 
 
 
298 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3842  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.55 
 
 
281 aa  157  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0306  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.97 
 
 
283 aa  157  2e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.44 
 
 
294 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0764  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.96 
 
 
299 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>