More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0306 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_0306  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
293 aa  605  9.999999999999999e-173  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.6 
 
 
293 aa  315  8e-85  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.248818 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2183  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  53.52 
 
 
294 aa  303  2.0000000000000002e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1705  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.99 
 
 
291 aa  299  4e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00204085  normal  0.651239 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2883  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.11 
 
 
287 aa  294  1e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.131677  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1128  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.28 
 
 
295 aa  254  8e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.7 
 
 
285 aa  201  9.999999999999999e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.6 
 
 
298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.2 
 
 
314 aa  195  6e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.71 
 
 
276 aa  190  2e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.27 
 
 
278 aa  189  4e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.87 
 
 
285 aa  186  4e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.11 
 
 
294 aa  182  5.0000000000000004e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  38.3 
 
 
296 aa  181  9.000000000000001e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.91 
 
 
287 aa  181  1e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.82 
 
 
298 aa  181  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2099  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
289 aa  180  2.9999999999999997e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.626697 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.84 
 
 
293 aa  180  2.9999999999999997e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.86 
 
 
283 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.13 
 
 
288 aa  179  4.999999999999999e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  33.8 
 
 
294 aa  177  1e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.87 
 
 
277 aa  177  2e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.43 
 
 
306 aa  177  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.23 
 
 
286 aa  177  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.85 
 
 
280 aa  177  2e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.45 
 
 
287 aa  176  3e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  33.8 
 
 
294 aa  177  3e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.55 
 
 
280 aa  176  3e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3073  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.91 
 
 
282 aa  176  3e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.419885  normal  0.223963 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.82 
 
 
287 aa  176  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.91 
 
 
278 aa  175  8e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.06 
 
 
283 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.19 
 
 
297 aa  172  5e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.96 
 
 
294 aa  172  5e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.96 
 
 
294 aa  172  5e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.06 
 
 
284 aa  172  5.999999999999999e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1445  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.3 
 
 
283 aa  171  1e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.41 
 
 
281 aa  171  2e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0900  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.5 
 
 
278 aa  171  2e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.34862e-32 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.04 
 
 
290 aa  170  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.31 
 
 
294 aa  170  3e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.75 
 
 
296 aa  170  3e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3345  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.71 
 
 
278 aa  169  5e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.96 
 
 
281 aa  168  8e-41  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0232  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.63 
 
 
270 aa  168  9e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0488037  normal  0.41258 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1420  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.9 
 
 
279 aa  168  1e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1750  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.59 
 
 
283 aa  167  2e-40  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.963734 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.46 
 
 
295 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.73 
 
 
280 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.31 
 
 
294 aa  166  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.76 
 
 
296 aa  166  5e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.98 
 
 
307 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0306  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.89 
 
 
283 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.95 
 
 
261 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1006  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.2 
 
 
299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.530196  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.41 
 
 
288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.19 
 
 
292 aa  163  3e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.66 
 
 
296 aa  162  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.93 
 
 
291 aa  162  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.49 
 
 
292 aa  162  6e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.05 
 
 
295 aa  162  6e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.98 
 
 
287 aa  162  6e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.81 
 
 
294 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.41 
 
 
285 aa  162  7e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.59 
 
 
300 aa  162  7e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.11 
 
 
281 aa  162  7e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1207  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.53 
 
 
280 aa  162  7e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.91 
 
 
294 aa  162  8.000000000000001e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.81 
 
 
299 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.4 
 
 
288 aa  162  9e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.81 
 
 
299 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6346  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.97 
 
 
296 aa  161  1e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.191715  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.14 
 
 
288 aa  161  1e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0187  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.91 
 
 
270 aa  160  2e-38  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.54 
 
 
294 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.4 
 
 
288 aa  161  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.65 
 
 
298 aa  160  3e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.466634 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.14 
 
 
312 aa  159  4e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.96 
 
 
301 aa  159  4e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.39 
 
 
306 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0764  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.21 
 
 
299 aa  159  6e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.49 
 
 
291 aa  159  7e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.04 
 
 
291 aa  158  9e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32 
 
 
285 aa  158  1e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.960229  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.1 
 
 
286 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.02 
 
 
292 aa  157  1e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.85 
 
 
296 aa  158  1e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2402  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.43 
 
 
286 aa  158  1e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.27 
 
 
285 aa  157  2e-37  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3705  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.06 
 
 
309 aa  157  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.146847  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.79 
 
 
320 aa  157  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.33 
 
 
291 aa  157  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5899  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.76 
 
 
321 aa  157  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.824829 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1684  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.62 
 
 
307 aa  157  3e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.298373  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.59 
 
 
301 aa  156  4e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1621  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.57 
 
 
278 aa  156  4e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2455  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.16 
 
 
287 aa  156  4e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0575  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.56 
 
 
305 aa  156  4e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1062  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.78 
 
 
321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3236  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.58 
 
 
285 aa  155  5.0000000000000005e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>