More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_1062 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_1062  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
321 aa  618  1e-176  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1853  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.72 
 
 
319 aa  254  2.0000000000000002e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6346  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.5 
 
 
296 aa  236  5.0000000000000005e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.191715  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1727  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.15 
 
 
284 aa  224  2e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.681532  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13295  dTDP-6-deoxy-L-lyxo-4-hexulose reductase rmlD  49.83 
 
 
304 aa  218  2e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.10261  normal  0.625833 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1319  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.84 
 
 
287 aa  215  5.9999999999999996e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1336  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.84 
 
 
287 aa  215  5.9999999999999996e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.978104 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1355  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.84 
 
 
287 aa  214  9.999999999999999e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00158528  normal  0.708717 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4210  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50 
 
 
302 aa  204  2e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.319077 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06100  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.18 
 
 
313 aa  203  3e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.127581  normal  0.398775 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.83 
 
 
298 aa  202  5e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.466634 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.51 
 
 
293 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.128844  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5899  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.85 
 
 
321 aa  192  5e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.824829 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4736  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.8 
 
 
274 aa  192  7e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.377015  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.4 
 
 
278 aa  187  2e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.61 
 
 
285 aa  182  6e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.81 
 
 
285 aa  182  6e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.73 
 
 
285 aa  182  6e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.74 
 
 
298 aa  182  7e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.63 
 
 
287 aa  181  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.67 
 
 
296 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.83 
 
 
287 aa  177  3e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8192  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.48 
 
 
301 aa  175  8e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.13 
 
 
296 aa  174  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.76 
 
 
296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1207  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.05 
 
 
280 aa  174  1.9999999999999998e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.92 
 
 
286 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09030  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.42 
 
 
297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0104507  normal  0.109015 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.41 
 
 
294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.47 
 
 
288 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1209  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.75 
 
 
284 aa  172  5e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.867672 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.86 
 
 
294 aa  172  5.999999999999999e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.86 
 
 
294 aa  172  5.999999999999999e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38 
 
 
294 aa  172  9e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.33 
 
 
293 aa  172  9e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.12 
 
 
291 aa  172  1e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.54 
 
 
461 aa  169  6e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.93 
 
 
285 aa  168  1e-40  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4330  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.17 
 
 
298 aa  168  1e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
295 aa  168  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.64 
 
 
281 aa  167  2e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.19 
 
 
302 aa  167  2e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0167734  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.13 
 
 
297 aa  166  5e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.05 
 
 
287 aa  166  5e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.03 
 
 
296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.45 
 
 
291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.26 
 
 
280 aa  164  3e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.87 
 
 
286 aa  163  3e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.2 
 
 
288 aa  162  6e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.57 
 
 
292 aa  162  7e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2017  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.82 
 
 
297 aa  162  8.000000000000001e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001517 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5788  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.58 
 
 
290 aa  161  1e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.186133 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.46 
 
 
295 aa  162  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.25 
 
 
261 aa  161  2e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.14 
 
 
280 aa  160  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.45 
 
 
280 aa  159  4e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.7 
 
 
291 aa  160  4e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.65 
 
 
284 aa  159  5e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.45 
 
 
288 aa  159  6e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.15 
 
 
307 aa  159  8e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.33 
 
 
287 aa  158  1e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.87 
 
 
285 aa  157  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2455  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.88 
 
 
287 aa  157  2e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  35.25 
 
 
293 aa  157  3e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.38 
 
 
297 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.22 
 
 
284 aa  156  6e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.12 
 
 
283 aa  156  6e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0306  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.78 
 
 
293 aa  156  6e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.3 
 
 
291 aa  155  6e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.9 
 
 
301 aa  155  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.12 
 
 
290 aa  155  1e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.31 
 
 
276 aa  154  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2630  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.54 
 
 
295 aa  154  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.99 
 
 
283 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.08 
 
 
284 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.55 
 
 
301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.08 
 
 
284 aa  153  4e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.74 
 
 
284 aa  152  5e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.74 
 
 
284 aa  152  5e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.74 
 
 
284 aa  153  5e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.72 
 
 
291 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.33 
 
 
296 aa  152  7e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.08 
 
 
284 aa  152  8e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.1 
 
 
291 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3236  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
285 aa  151  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.08 
 
 
284 aa  151  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3501  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.36 
 
 
299 aa  150  3e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.42914 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.22 
 
 
306 aa  149  5e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.51 
 
 
298 aa  149  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.53 
 
 
297 aa  149  6e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.7 
 
 
310 aa  149  7e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.45 
 
 
292 aa  149  8e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0205  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.43 
 
 
313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0697  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.02 
 
 
299 aa  148  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0753  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.6 
 
 
296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
283 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.06 
 
 
314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.93 
 
 
281 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4188  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.75 
 
 
291 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.31 
 
 
298 aa  147  3e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>