More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_4210 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_4210  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
302 aa  593  1e-169  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.319077 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6346  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  59.17 
 
 
296 aa  300  2e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.191715  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06100  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  58.89 
 
 
313 aa  290  2e-77  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.127581  normal  0.398775 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.49 
 
 
298 aa  285  8e-76  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.466634 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  58.16 
 
 
293 aa  281  6.000000000000001e-75  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.128844  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5899  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.99 
 
 
321 aa  261  1e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.824829 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1727  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.96 
 
 
284 aa  258  6e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.681532  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1853  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.7 
 
 
319 aa  253  2.0000000000000002e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13295  dTDP-6-deoxy-L-lyxo-4-hexulose reductase rmlD  56.34 
 
 
304 aa  251  9.000000000000001e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.10261  normal  0.625833 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.48 
 
 
285 aa  251  1e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1319  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.03 
 
 
287 aa  243  3.9999999999999997e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1336  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.03 
 
 
287 aa  243  3.9999999999999997e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.978104 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2017  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.17 
 
 
297 aa  242  5e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001517 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1355  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.69 
 
 
287 aa  241  1e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00158528  normal  0.708717 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4736  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.55 
 
 
274 aa  234  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.377015  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1209  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.16 
 
 
284 aa  233  3e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.867672 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8192  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.71 
 
 
301 aa  232  7.000000000000001e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1062  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50 
 
 
321 aa  227  2e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.62 
 
 
285 aa  226  3e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.14 
 
 
281 aa  221  9.999999999999999e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.79 
 
 
281 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4330  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  53.63 
 
 
298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.22 
 
 
288 aa  219  6e-56  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.61 
 
 
291 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.05 
 
 
285 aa  212  4.9999999999999996e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09030  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.57 
 
 
297 aa  211  1e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0104507  normal  0.109015 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.6 
 
 
294 aa  210  2e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.6 
 
 
294 aa  210  2e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.81 
 
 
287 aa  205  9e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.25 
 
 
285 aa  204  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.33 
 
 
283 aa  202  6e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.44 
 
 
286 aa  202  7e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.85 
 
 
287 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.34 
 
 
287 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.32 
 
 
278 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.28 
 
 
291 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1420  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.81 
 
 
279 aa  198  1.0000000000000001e-49  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.28 
 
 
294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.24 
 
 
292 aa  196  3e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0232  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.85 
 
 
270 aa  196  3e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0488037  normal  0.41258 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.07 
 
 
297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.49 
 
 
291 aa  195  7e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.98 
 
 
287 aa  195  9e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1006  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.71 
 
 
299 aa  195  9e-49  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.530196  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.91 
 
 
281 aa  194  1e-48  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.9 
 
 
280 aa  194  1e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.98 
 
 
288 aa  193  2e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.86 
 
 
296 aa  194  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1445  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.65 
 
 
283 aa  193  3e-48  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.37 
 
 
283 aa  193  4e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0187  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.75 
 
 
270 aa  192  4e-48  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.19 
 
 
284 aa  192  6e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  42.01 
 
 
296 aa  192  6e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.67 
 
 
298 aa  192  7e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.7 
 
 
285 aa  191  1e-47  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1054  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.63 
 
 
281 aa  191  1e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.03 
 
 
294 aa  191  1e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.84 
 
 
284 aa  190  2e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.84 
 
 
284 aa  190  2e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3073  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.85 
 
 
282 aa  190  2e-47  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.419885  normal  0.223963 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.19 
 
 
291 aa  190  2e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.63 
 
 
284 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
291 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.89 
 
 
284 aa  189  4e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.14 
 
 
284 aa  189  4e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  39.67 
 
 
293 aa  189  4e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.62 
 
 
461 aa  189  4e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.86 
 
 
294 aa  189  4e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.42 
 
 
301 aa  189  5e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.72 
 
 
310 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.49 
 
 
284 aa  189  5.999999999999999e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2048  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.62 
 
 
300 aa  189  5.999999999999999e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.5 
 
 
288 aa  189  7e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.74 
 
 
288 aa  188  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.55 
 
 
280 aa  187  2e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4188  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.97 
 
 
291 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.71 
 
 
261 aa  187  2e-46  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1207  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.51 
 
 
280 aa  187  2e-46  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.7 
 
 
276 aa  186  3e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.49 
 
 
284 aa  186  4e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2183  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
294 aa  186  6e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.18 
 
 
290 aa  185  9e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.36 
 
 
293 aa  185  9e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.46 
 
 
296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.9 
 
 
298 aa  183  3e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.47 
 
 
301 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000309254 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3555  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.49 
 
 
297 aa  182  7e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.194341  normal  0.813668 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.8 
 
 
291 aa  182  7e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.81 
 
 
288 aa  181  1e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.13 
 
 
296 aa  181  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.86 
 
 
277 aa  181  1e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03172  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.29 
 
 
302 aa  181  1e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.430653  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.98 
 
 
296 aa  180  2e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.75 
 
 
292 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.33 
 
 
291 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.38 
 
 
280 aa  179  4e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2455  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.33 
 
 
287 aa  179  4.999999999999999e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.01 
 
 
314 aa  178  8e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.3 
 
 
307 aa  178  8e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>