More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1853 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_1853  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
319 aa  626  1e-178  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13295  dTDP-6-deoxy-L-lyxo-4-hexulose reductase rmlD  56.12 
 
 
304 aa  256  2e-67  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.10261  normal  0.625833 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1062  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.72 
 
 
321 aa  254  2.0000000000000002e-66  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4210  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.06 
 
 
302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.319077 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6346  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.68 
 
 
296 aa  230  2e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.191715  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.5 
 
 
298 aa  228  7e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.466634 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1319  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  53.54 
 
 
287 aa  228  9e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1336  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  53.54 
 
 
287 aa  228  9e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.978104 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1355  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  53.2 
 
 
287 aa  227  2e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00158528  normal  0.708717 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1727  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.16 
 
 
284 aa  226  4e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.681532  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06100  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.19 
 
 
313 aa  223  3e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.127581  normal  0.398775 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50 
 
 
293 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.128844  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4736  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.18 
 
 
274 aa  218  7.999999999999999e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.377015  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.58 
 
 
285 aa  212  7.999999999999999e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5899  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.62 
 
 
321 aa  210  2e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.824829 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.14 
 
 
280 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8192  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.23 
 
 
301 aa  194  2e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.15 
 
 
285 aa  191  1e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.95 
 
 
280 aa  188  8e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.8 
 
 
277 aa  188  1e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.14 
 
 
314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.3 
 
 
280 aa  181  1e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.58 
 
 
287 aa  181  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1209  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.55 
 
 
284 aa  180  2e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.867672 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.7 
 
 
288 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.47 
 
 
276 aa  179  4e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.95 
 
 
294 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.67 
 
 
261 aa  177  2e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0187  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.48 
 
 
270 aa  177  2e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.82 
 
 
286 aa  177  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09030  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.49 
 
 
297 aa  176  4e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0104507  normal  0.109015 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.27 
 
 
281 aa  176  4e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.51 
 
 
290 aa  176  4e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.76 
 
 
278 aa  176  6e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.66 
 
 
288 aa  175  9.999999999999999e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3345  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
278 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1006  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.78 
 
 
299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.530196  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.07 
 
 
296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.78 
 
 
287 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.65 
 
 
294 aa  172  5e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.65 
 
 
294 aa  172  5e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.46 
 
 
287 aa  172  7.999999999999999e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0900  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.39 
 
 
278 aa  171  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.34862e-32 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.07 
 
 
296 aa  171  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0232  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.61 
 
 
270 aa  170  2e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0488037  normal  0.41258 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4330  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.62 
 
 
298 aa  171  2e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5788  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.88 
 
 
290 aa  171  2e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.186133 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.49 
 
 
297 aa  171  2e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.74 
 
 
285 aa  171  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.36 
 
 
283 aa  170  3e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.06 
 
 
281 aa  169  6e-41  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2017  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.61 
 
 
297 aa  168  9e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001517 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.25 
 
 
286 aa  168  1e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.36 
 
 
291 aa  168  1e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.63 
 
 
285 aa  167  2e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.82 
 
 
296 aa  167  2e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.46 
 
 
461 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.25 
 
 
284 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.19 
 
 
301 aa  166  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.35 
 
 
284 aa  166  4e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.88 
 
 
288 aa  165  9e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.92 
 
 
284 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.92 
 
 
284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.51 
 
 
293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.36 
 
 
285 aa  164  3e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.57 
 
 
301 aa  163  4.0000000000000004e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.58 
 
 
284 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.58 
 
 
284 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2183  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.95 
 
 
294 aa  162  7e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.41 
 
 
298 aa  162  7e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.88 
 
 
291 aa  162  7e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.24 
 
 
284 aa  162  1e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1207  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36 
 
 
280 aa  160  2e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.33 
 
 
284 aa  160  3e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.45 
 
 
298 aa  160  3e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.33 
 
 
291 aa  160  3e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.57 
 
 
291 aa  160  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.76 
 
 
294 aa  159  6e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.86 
 
 
302 aa  159  7e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0167734  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2048  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.74 
 
 
300 aa  159  7e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.12 
 
 
288 aa  158  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.71 
 
 
292 aa  158  1e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.9 
 
 
284 aa  157  2e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0306  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.78 
 
 
283 aa  157  2e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.25 
 
 
295 aa  157  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.45 
 
 
296 aa  157  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2034  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.94 
 
 
294 aa  157  3e-37  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.11 
 
 
281 aa  156  5.0000000000000005e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.13 
 
 
296 aa  155  6e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.46 
 
 
278 aa  155  6e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.66 
 
 
291 aa  155  8e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2402  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.59 
 
 
286 aa  155  1e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2099  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.22 
 
 
289 aa  155  1e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.626697 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3073  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.88 
 
 
282 aa  155  1e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.419885  normal  0.223963 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.11 
 
 
294 aa  155  1e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.67 
 
 
295 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00961  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.69 
 
 
311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.578879 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.5 
 
 
298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.67 
 
 
306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2618  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.43 
 
 
359 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000414466 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>