More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4330 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_4330  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
298 aa  566  1e-160  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  58.39 
 
 
293 aa  258  1e-67  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.128844  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.04 
 
 
298 aa  251  1e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.466634 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6346  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  56.27 
 
 
296 aa  245  6e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.191715  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06100  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.29 
 
 
313 aa  238  6.999999999999999e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.127581  normal  0.398775 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.59 
 
 
285 aa  226  5.0000000000000005e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4210  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.94 
 
 
302 aa  224  1e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.319077 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8192  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50 
 
 
301 aa  223  4e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5899  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.58 
 
 
321 aa  220  1.9999999999999999e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.824829 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1209  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.09 
 
 
284 aa  212  5.999999999999999e-54  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.867672 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2017  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.97 
 
 
297 aa  199  5e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001517 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  38.18 
 
 
296 aa  197  3e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.07 
 
 
298 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.59 
 
 
296 aa  193  3e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.21 
 
 
294 aa  193  3e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1062  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.17 
 
 
321 aa  192  4e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1853  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.62 
 
 
319 aa  192  5e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.58 
 
 
277 aa  192  7e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.33 
 
 
286 aa  189  5e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.27 
 
 
296 aa  189  7e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.3 
 
 
298 aa  188  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09030  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.04 
 
 
297 aa  187  2e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0104507  normal  0.109015 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.23 
 
 
291 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1727  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.83 
 
 
284 aa  184  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.681532  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.57 
 
 
285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2559  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.65 
 
 
281 aa  183  3e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.742057  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.11 
 
 
287 aa  182  6e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.23 
 
 
297 aa  182  7e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.36 
 
 
288 aa  182  8.000000000000001e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13295  dTDP-6-deoxy-L-lyxo-4-hexulose reductase rmlD  44.33 
 
 
304 aa  181  1e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.10261  normal  0.625833 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1319  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.62 
 
 
287 aa  181  1e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1336  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.62 
 
 
287 aa  181  1e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.978104 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.11 
 
 
276 aa  181  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.26 
 
 
293 aa  180  2e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1355  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.28 
 
 
287 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00158528  normal  0.708717 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.46 
 
 
280 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.32 
 
 
280 aa  178  9e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.9 
 
 
290 aa  176  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43 
 
 
305 aa  177  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.15 
 
 
291 aa  176  3e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0187  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.98 
 
 
270 aa  177  3e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.75 
 
 
286 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3236  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.02 
 
 
285 aa  176  6e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.14 
 
 
294 aa  175  7e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.4 
 
 
280 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0900  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.79 
 
 
278 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.34862e-32 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.72 
 
 
288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.59 
 
 
288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.31 
 
 
281 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.51 
 
 
285 aa  172  3.9999999999999995e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3345  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.69 
 
 
278 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.44 
 
 
285 aa  172  5e-42  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0575  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.6 
 
 
305 aa  172  5e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.3 
 
 
303 aa  171  9e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.6 
 
 
304 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0232  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.31 
 
 
270 aa  171  2e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0488037  normal  0.41258 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.64 
 
 
298 aa  171  2e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.41 
 
 
278 aa  170  2e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.6 
 
 
297 aa  171  2e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.02 
 
 
287 aa  169  3e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.97 
 
 
292 aa  170  3e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0635  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.28 
 
 
295 aa  169  4e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.711737  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.21 
 
 
306 aa  169  4e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.55 
 
 
291 aa  169  4e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0198  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.64 
 
 
302 aa  169  5e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0332  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.72 
 
 
281 aa  169  6e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.326946  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.52 
 
 
296 aa  168  9e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.61 
 
 
306 aa  168  9e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.22 
 
 
294 aa  168  9e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0227  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.69 
 
 
302 aa  168  1e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  35.52 
 
 
293 aa  168  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.86 
 
 
300 aa  167  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0683  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase oxidoreductase protein  42.9 
 
 
305 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0603  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.96 
 
 
289 aa  167  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.398249  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.2 
 
 
320 aa  167  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.91 
 
 
301 aa  167  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.22 
 
 
299 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.22 
 
 
299 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0442  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.96 
 
 
289 aa  167  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.121768  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.1 
 
 
288 aa  167  2.9999999999999998e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.35 
 
 
296 aa  167  2.9999999999999998e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.85 
 
 
287 aa  167  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2318  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.72 
 
 
306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.101593 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.15 
 
 
294 aa  166  5e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.15 
 
 
294 aa  166  5e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.57 
 
 
301 aa  165  8e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2099  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.11 
 
 
289 aa  164  1.0000000000000001e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.626697 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1684  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.66 
 
 
307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.298373  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.12 
 
 
281 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4188  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.34 
 
 
291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1445  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.36 
 
 
283 aa  164  2.0000000000000002e-39  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1420  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.84 
 
 
279 aa  164  2.0000000000000002e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.08 
 
 
297 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.64 
 
 
295 aa  163  4.0000000000000004e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.33 
 
 
261 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2734  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.93 
 
 
306 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00961  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.2 
 
 
311 aa  162  5.0000000000000005e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.578879 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0278  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.22 
 
 
317 aa  162  8.000000000000001e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.572641  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.62 
 
 
286 aa  162  8.000000000000001e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2048  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.2 
 
 
300 aa  162  9e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>