More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1684 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_1684  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
307 aa  637    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.298373  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.72 
 
 
289 aa  272  5.000000000000001e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.55 
 
 
303 aa  271  1e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.37 
 
 
286 aa  270  2e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2549  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.06 
 
 
292 aa  265  1e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2761  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.05 
 
 
300 aa  248  9e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.015422  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.37 
 
 
298 aa  244  9e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3705  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.05 
 
 
309 aa  239  4e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.146847  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0442  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.57 
 
 
289 aa  224  1e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.121768  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0603  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.57 
 
 
289 aa  224  1e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.398249  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.28 
 
 
288 aa  224  1e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3236  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.36 
 
 
285 aa  221  9.999999999999999e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2099  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.38 
 
 
289 aa  219  7e-56  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.626697 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.41 
 
 
296 aa  217  2e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2034  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.99 
 
 
294 aa  215  8e-55  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.11 
 
 
294 aa  215  9e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.21 
 
 
296 aa  215  9e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.81 
 
 
287 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00961  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.54 
 
 
311 aa  214  1.9999999999999998e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.578879 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0635  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.75 
 
 
295 aa  213  3.9999999999999995e-54  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.711737  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  39.44 
 
 
296 aa  209  6e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.24 
 
 
286 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0332  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.51 
 
 
281 aa  208  1e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.326946  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2124  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.76 
 
 
300 aa  208  1e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.19 
 
 
298 aa  205  1e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.1 
 
 
290 aa  203  3e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.22 
 
 
281 aa  201  9e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08561  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.95 
 
 
297 aa  201  1.9999999999999998e-50  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001769 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.57 
 
 
285 aa  199  6e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0187  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.16 
 
 
270 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.86 
 
 
295 aa  196  3e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.06 
 
 
291 aa  196  6e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.01 
 
 
297 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.95 
 
 
291 aa  194  1e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.88 
 
 
307 aa  194  2e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.72 
 
 
297 aa  192  5e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.05 
 
 
288 aa  192  6e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.44 
 
 
285 aa  191  9e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.1 
 
 
301 aa  191  1e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.24 
 
 
280 aa  191  1e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.41 
 
 
293 aa  191  1e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.75 
 
 
280 aa  191  2e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.41 
 
 
294 aa  189  5.999999999999999e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1564  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.15 
 
 
298 aa  189  7e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.07 
 
 
283 aa  188  1e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.62 
 
 
287 aa  186  4e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.49 
 
 
298 aa  186  5e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.99 
 
 
294 aa  185  8e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.64 
 
 
306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1072  TDP-rhamnose synthetase, NAD(P)-binding  35.66 
 
 
300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.16 
 
 
281 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0232  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.81 
 
 
270 aa  183  3e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0488037  normal  0.41258 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.66 
 
 
281 aa  183  3e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.68 
 
 
280 aa  183  3e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1239  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.91 
 
 
298 aa  182  8.000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.181567  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  35.17 
 
 
294 aa  181  2e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.76 
 
 
291 aa  181  2e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4188  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.92 
 
 
291 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.9 
 
 
294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.9 
 
 
294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.88 
 
 
276 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.57 
 
 
301 aa  179  4.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  34.83 
 
 
294 aa  179  4.999999999999999e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.57 
 
 
301 aa  179  5.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.56 
 
 
261 aa  179  7e-44  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.93 
 
 
297 aa  178  9e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0278  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.9 
 
 
317 aa  178  9e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.572641  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.62 
 
 
285 aa  178  9e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.39 
 
 
290 aa  178  1e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.08 
 
 
287 aa  177  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.08 
 
 
291 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.09 
 
 
288 aa  177  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.25 
 
 
298 aa  177  2e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1504  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.71 
 
 
369 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.49 
 
 
288 aa  176  4e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.31 
 
 
277 aa  176  4e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.15 
 
 
285 aa  176  6e-43  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.3 
 
 
286 aa  176  6e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.69 
 
 
314 aa  175  7e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.54 
 
 
298 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.08 
 
 
284 aa  174  9.999999999999999e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1444  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  35.29 
 
 
283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  36.39 
 
 
293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.29 
 
 
306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.95 
 
 
306 aa  172  5e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5899  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.59 
 
 
321 aa  172  5e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.824829 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1473  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.21 
 
 
381 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.13 
 
 
295 aa  171  1e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.29 
 
 
298 aa  171  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.63 
 
 
319 aa  171  1e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.445361  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.43 
 
 
298 aa  171  2e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.466634 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2455  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.14 
 
 
287 aa  171  2e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1468  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.32 
 
 
381 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4911  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.25 
 
 
280 aa  171  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.633474  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.14 
 
 
291 aa  171  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.25 
 
 
293 aa  171  2e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.128844  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1054  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.91 
 
 
281 aa  170  3e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.68 
 
 
278 aa  170  3e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.69 
 
 
305 aa  170  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.86 
 
 
284 aa  170  3e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>