More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2761 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2761  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
300 aa  622  1e-177  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.015422  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1684  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.05 
 
 
307 aa  248  9e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.298373  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.39 
 
 
289 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2549  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.81 
 
 
292 aa  231  1e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.48 
 
 
303 aa  205  7e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2124  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.49 
 
 
300 aa  203  3e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.67 
 
 
286 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2099  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.67 
 
 
289 aa  199  3.9999999999999996e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.626697 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3705  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.46 
 
 
309 aa  196  3e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.146847  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.07 
 
 
298 aa  193  3e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.42 
 
 
288 aa  192  5e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.58 
 
 
285 aa  191  2e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1504  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.05 
 
 
369 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00961  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.3 
 
 
311 aa  188  9e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.578879 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.49 
 
 
280 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.49 
 
 
278 aa  183  3e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08561  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.36 
 
 
297 aa  182  4.0000000000000006e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001769 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2618  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32 
 
 
359 aa  182  6e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000414466 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.72 
 
 
287 aa  181  1e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2685  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.7 
 
 
364 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000452472 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.9 
 
 
283 aa  179  4e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.16 
 
 
301 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.79 
 
 
298 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2034  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.1 
 
 
294 aa  177  2e-43  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3236  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.41 
 
 
285 aa  177  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.49 
 
 
294 aa  177  2e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.49 
 
 
294 aa  177  2e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0603  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.01 
 
 
289 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.398249  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0442  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.01 
 
 
289 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.121768  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.54 
 
 
286 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2239  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.12 
 
 
301 aa  176  3e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.562974 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2879  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.8 
 
 
389 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000159645 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.67 
 
 
296 aa  175  8e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.02 
 
 
285 aa  175  9e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1239  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.88 
 
 
298 aa  174  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.181567  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.77 
 
 
314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0635  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.88 
 
 
295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.711737  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1473  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.79 
 
 
381 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35 
 
 
296 aa  172  5.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.24 
 
 
280 aa  172  7.999999999999999e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1468  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.79 
 
 
381 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.33 
 
 
293 aa  171  1e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.09 
 
 
290 aa  171  1e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.12 
 
 
285 aa  170  2e-41  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.21 
 
 
286 aa  170  3e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.8 
 
 
280 aa  169  5e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.93 
 
 
261 aa  169  7e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.78 
 
 
294 aa  169  7e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0265  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.87 
 
 
300 aa  167  2e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.43035  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0187  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.03 
 
 
270 aa  167  2e-40  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.88 
 
 
297 aa  167  2e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36 
 
 
288 aa  167  2.9999999999999998e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.11 
 
 
281 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.36 
 
 
281 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1653  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.58 
 
 
328 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.85 
 
 
297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.78 
 
 
287 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.56 
 
 
285 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0332  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.41 
 
 
281 aa  165  1.0000000000000001e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.326946  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0232  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.45 
 
 
270 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0488037  normal  0.41258 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  34.8 
 
 
296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.82 
 
 
296 aa  163  3e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.22 
 
 
283 aa  163  3e-39  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000486675  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0198  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.87 
 
 
302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.84 
 
 
277 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.41 
 
 
285 aa  162  5.0000000000000005e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.33 
 
 
284 aa  162  6e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0753  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.47 
 
 
296 aa  162  6e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.78 
 
 
298 aa  162  6e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.466634 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.13 
 
 
276 aa  162  6e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.24 
 
 
292 aa  162  6e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.33 
 
 
284 aa  162  7e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1063  hypothetical protein  35.08 
 
 
290 aa  161  1e-38  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.25 
 
 
298 aa  161  1e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6252  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.37 
 
 
300 aa  161  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0227  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.55 
 
 
302 aa  160  2e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.33 
 
 
284 aa  161  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.33 
 
 
284 aa  160  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.33 
 
 
284 aa  161  2e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1193  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.63 
 
 
299 aa  161  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.984118  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.33 
 
 
284 aa  161  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.89 
 
 
291 aa  160  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.67 
 
 
284 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01946  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase subunit, NAD(P)-binding, of dTDP-L-rhamnose synthase  33.98 
 
 
299 aa  160  3e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01935  hypothetical protein  33.98 
 
 
299 aa  160  3e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.89 
 
 
288 aa  160  3e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.33 
 
 
295 aa  160  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2331  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.63 
 
 
299 aa  159  4e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00891805  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.09 
 
 
278 aa  159  4e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.95 
 
 
295 aa  159  5e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.54 
 
 
292 aa  159  7e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.56 
 
 
281 aa  159  7e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.14 
 
 
296 aa  158  8e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.66 
 
 
299 aa  158  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.01 
 
 
298 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34 
 
 
307 aa  158  1e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.89 
 
 
284 aa  157  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3345  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.84 
 
 
278 aa  157  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4021  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.55 
 
 
308 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.55 
 
 
288 aa  157  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>