More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xfasm12_0227 on replicon NC_010513
Organism: Xylella fastidiosa M12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010513  Xfasm12_0227  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
302 aa  613  9.999999999999999e-175  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0198  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  98.01 
 
 
302 aa  599  1e-170  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  63.55 
 
 
312 aa  368  1e-101  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03172  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  62.08 
 
 
302 aa  358  6e-98  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.430653  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.66 
 
 
296 aa  268  8e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0925  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.51 
 
 
301 aa  261  8e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.35 
 
 
304 aa  261  8.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15930  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.74 
 
 
299 aa  260  2e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0547  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.75 
 
 
308 aa  260  2e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3934  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.86 
 
 
301 aa  258  7e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.278537 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2318  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.2 
 
 
306 aa  258  1e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.101593 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.19 
 
 
301 aa  256  3e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000309254 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.9 
 
 
301 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.03 
 
 
296 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.03 
 
 
295 aa  251  1e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1396  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.21 
 
 
301 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4165  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.35 
 
 
296 aa  250  2e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.187685  normal  0.0599581 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.13 
 
 
297 aa  248  9e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0753  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.21 
 
 
296 aa  248  1e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.51 
 
 
286 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0575  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.74 
 
 
305 aa  246  2e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.87 
 
 
298 aa  246  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1061  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.69 
 
 
304 aa  246  4e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.13 
 
 
305 aa  245  6e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0620  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.87 
 
 
296 aa  245  6.999999999999999e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.326399 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.53 
 
 
292 aa  245  8e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0683  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase oxidoreductase protein  47.71 
 
 
305 aa  245  9e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0714  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.71 
 
 
300 aa  244  9e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4057  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.51 
 
 
297 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.558933 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4021  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.75 
 
 
308 aa  244  9.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2734  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.73 
 
 
306 aa  242  3.9999999999999997e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0697  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.68 
 
 
299 aa  241  9e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.64 
 
 
287 aa  241  1e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0265  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.25 
 
 
300 aa  241  1e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.43035  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.33 
 
 
299 aa  239  4e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5901  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.37 
 
 
302 aa  239  5e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01946  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase subunit, NAD(P)-binding, of dTDP-L-rhamnose synthase  43 
 
 
299 aa  239  5.999999999999999e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01935  hypothetical protein  43 
 
 
299 aa  239  5.999999999999999e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1080  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.55 
 
 
301 aa  238  1e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.945649  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.93 
 
 
306 aa  237  1e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1193  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43 
 
 
299 aa  237  2e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.984118  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2221  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.67 
 
 
299 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.303713  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3490  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.19 
 
 
296 aa  237  2e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.507089 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68190  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.04 
 
 
302 aa  237  2e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0185902 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2329  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.67 
 
 
299 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.124762 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1276  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.2 
 
 
300 aa  236  3e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2278  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.67 
 
 
299 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000104564 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2331  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43 
 
 
299 aa  236  4e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00891805  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1784  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.54 
 
 
300 aa  235  6e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0214489  hitchhiker  0.00751803 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.7 
 
 
306 aa  235  6e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.86 
 
 
294 aa  235  9e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.39 
 
 
296 aa  235  9e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2436  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.33 
 
 
299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000731521 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2322  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.33 
 
 
299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0148362 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3860  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.98 
 
 
299 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.680226 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.06 
 
 
296 aa  232  5e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.38 
 
 
294 aa  232  6e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.39 
 
 
306 aa  232  6e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.71 
 
 
298 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.338486 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.33 
 
 
320 aa  231  1e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  41 
 
 
296 aa  231  1e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.5 
 
 
298 aa  231  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3101  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.91 
 
 
300 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.648402  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.9 
 
 
298 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1987  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.9 
 
 
298 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.298585  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3161  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.9 
 
 
298 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.59 
 
 
300 aa  230  2e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1849  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.9 
 
 
298 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.180495  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2756  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.9 
 
 
298 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.181808  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.05 
 
 
299 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0926  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.9 
 
 
298 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.05 
 
 
299 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2180  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.97 
 
 
296 aa  228  7e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.15285  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4117  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.71 
 
 
285 aa  228  7e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00851806  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.11 
 
 
298 aa  228  1e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.96 
 
 
294 aa  226  3e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.07 
 
 
307 aa  226  3e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.64 
 
 
294 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6651  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.64 
 
 
294 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.64 
 
 
292 aa  224  1e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0764  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.21 
 
 
299 aa  223  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0754  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.21 
 
 
298 aa  223  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6249  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.97 
 
 
294 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0145241  normal  0.726802 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2120  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.99 
 
 
283 aa  223  3e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.97 
 
 
296 aa  223  4e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3384  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.64 
 
 
294 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.588115  normal 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.15 
 
 
283 aa  222  7e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2630  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.56 
 
 
295 aa  219  3e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.41 
 
 
310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.95 
 
 
295 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.26 
 
 
293 aa  216  4e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6252  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.23 
 
 
300 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
287 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3842  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.3 
 
 
281 aa  214  1.9999999999999998e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.03 
 
 
297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.75 
 
 
301 aa  211  9e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.89 
 
 
291 aa  210  2e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.95 
 
 
301 aa  210  2e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.29 
 
 
295 aa  211  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.54 
 
 
297 aa  209  5e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>