More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2618 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2618  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
359 aa  737    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000414466 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2685  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  88.46 
 
 
364 aa  649    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000452472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2793  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  85.64 
 
 
364 aa  598  1e-170  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.114902 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1653  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  67.25 
 
 
328 aa  420  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1504  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.56 
 
 
369 aa  340  2e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1473  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.52 
 
 
381 aa  340  2e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1468  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.41 
 
 
381 aa  332  5e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2879  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.79 
 
 
389 aa  323  2e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000159645 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2099  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.61 
 
 
289 aa  210  4e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.626697 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1437  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.12 
 
 
363 aa  206  4e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.13 
 
 
286 aa  194  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.76 
 
 
303 aa  192  8e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2761  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32 
 
 
300 aa  182  7e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.015422  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.19 
 
 
294 aa  181  2e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.19 
 
 
294 aa  181  2e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.62 
 
 
294 aa  180  4e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.95 
 
 
283 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.78 
 
 
288 aa  178  1e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0442  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.06 
 
 
289 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.121768  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0603  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.06 
 
 
289 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.398249  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.53 
 
 
293 aa  178  2e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.78 
 
 
294 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.83 
 
 
290 aa  176  4e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3705  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.01 
 
 
309 aa  176  6e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.146847  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.82 
 
 
297 aa  176  7e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.46 
 
 
288 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.05 
 
 
298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.22 
 
 
291 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.91 
 
 
298 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.49 
 
 
291 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2549  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.33 
 
 
292 aa  171  1e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.22 
 
 
301 aa  171  2e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08561  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.38 
 
 
297 aa  171  2e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001769 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.65 
 
 
281 aa  170  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.85 
 
 
314 aa  169  8e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1684  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.69 
 
 
307 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.298373  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.24 
 
 
296 aa  168  1e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.49 
 
 
291 aa  168  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.31 
 
 
285 aa  167  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3236  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.87 
 
 
285 aa  167  2.9999999999999998e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.76 
 
 
285 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.96 
 
 
288 aa  166  6.9999999999999995e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00961  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.12 
 
 
311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.578879 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.87 
 
 
284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.53 
 
 
296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.46 
 
 
286 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.19 
 
 
291 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.55 
 
 
284 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.87 
 
 
284 aa  162  1e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0232  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.4 
 
 
270 aa  162  1e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0488037  normal  0.41258 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.87 
 
 
284 aa  162  1e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.65 
 
 
298 aa  161  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.87 
 
 
284 aa  160  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.65 
 
 
291 aa  161  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.55 
 
 
284 aa  160  3e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.18 
 
 
287 aa  160  3e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  34.49 
 
 
293 aa  160  3e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.94 
 
 
289 aa  160  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.33 
 
 
296 aa  159  7e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.23 
 
 
284 aa  159  8e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.23 
 
 
285 aa  159  8e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.22 
 
 
261 aa  158  1e-37  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.57 
 
 
284 aa  158  1e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2124  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.39 
 
 
300 aa  158  1e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1054  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.06 
 
 
281 aa  157  2e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  31.33 
 
 
294 aa  157  3e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1006  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.68 
 
 
299 aa  157  4e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.530196  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.68 
 
 
304 aa  156  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.68 
 
 
461 aa  157  4e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.29 
 
 
286 aa  157  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0198  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.43 
 
 
302 aa  156  4e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.38 
 
 
285 aa  156  6e-37  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.08 
 
 
294 aa  155  7e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.71 
 
 
280 aa  155  8e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.66 
 
 
280 aa  155  8e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.98 
 
 
285 aa  155  1e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.33 
 
 
298 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1239  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.93 
 
 
298 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.181567  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.42 
 
 
296 aa  154  2e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2630  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.5 
 
 
295 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.93 
 
 
287 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1853  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.43 
 
 
319 aa  154  2.9999999999999998e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4021  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.26 
 
 
308 aa  153  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8192  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.57 
 
 
301 aa  153  5e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0227  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.43 
 
 
302 aa  152  5.9999999999999996e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0332  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.85 
 
 
281 aa  152  7e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.326946  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.81 
 
 
291 aa  152  8e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.73 
 
 
283 aa  152  1e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.49 
 
 
292 aa  152  1e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.08 
 
 
281 aa  151  2e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03172  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.22 
 
 
302 aa  150  2e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.430653  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  30.7 
 
 
294 aa  151  2e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3490  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.54 
 
 
296 aa  151  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.507089 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.72 
 
 
278 aa  150  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.06 
 
 
287 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0187  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.43 
 
 
270 aa  150  3e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1420  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.55 
 
 
279 aa  150  3e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1270  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.47 
 
 
246 aa  150  4e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.120317  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.88 
 
 
306 aa  150  4e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.69 
 
 
287 aa  149  5e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>