More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3705 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3705  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
309 aa  641    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.146847  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1684  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.05 
 
 
307 aa  239  4e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.298373  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
289 aa  228  8e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2549  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.24 
 
 
292 aa  226  3e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3236  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.4 
 
 
285 aa  207  2e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.39 
 
 
286 aa  200  3e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.33 
 
 
303 aa  199  5e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2124  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.72 
 
 
300 aa  199  6e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08561  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.92 
 
 
297 aa  198  9e-50  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001769 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2761  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.46 
 
 
300 aa  196  3e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.015422  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.71 
 
 
294 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0635  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.48 
 
 
295 aa  192  4e-48  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.711737  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2034  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.69 
 
 
294 aa  193  4e-48  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.72 
 
 
298 aa  188  1e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.56 
 
 
287 aa  186  5e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.01 
 
 
293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  35.14 
 
 
294 aa  181  2e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.1 
 
 
285 aa  181  2e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00961  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.74 
 
 
311 aa  179  4.999999999999999e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.578879 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2099  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.66 
 
 
289 aa  179  7e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.626697 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1504  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.18 
 
 
369 aa  178  8e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.74 
 
 
288 aa  177  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  34.82 
 
 
294 aa  177  3e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1473  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.87 
 
 
381 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2618  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.01 
 
 
359 aa  176  5e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000414466 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.51 
 
 
296 aa  175  7e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2239  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.1 
 
 
301 aa  175  8e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.562974 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0442  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.72 
 
 
289 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.121768  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0603  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.72 
 
 
289 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.398249  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.05 
 
 
287 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.36 
 
 
288 aa  173  3.9999999999999995e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.72 
 
 
297 aa  172  5e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36 
 
 
310 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.79 
 
 
286 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.89 
 
 
285 aa  172  9e-42  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1239  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.22 
 
 
298 aa  171  1e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.181567  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.84 
 
 
296 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2685  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.33 
 
 
364 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000452472 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.24 
 
 
290 aa  171  1e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.16 
 
 
296 aa  170  3e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.88 
 
 
285 aa  170  3e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1468  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.89 
 
 
381 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.59 
 
 
294 aa  169  5e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.48 
 
 
292 aa  169  8e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1207  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.01 
 
 
280 aa  168  1e-40  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.81 
 
 
288 aa  167  1e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.08 
 
 
305 aa  167  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.76 
 
 
286 aa  168  1e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2879  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.6 
 
 
389 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000159645 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.64 
 
 
283 aa  166  5e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.42 
 
 
297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.9 
 
 
292 aa  165  8e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4188  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.89 
 
 
291 aa  165  9e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.26 
 
 
302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0167734  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.76 
 
 
314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.29 
 
 
296 aa  163  3e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1653  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.83 
 
 
328 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.98 
 
 
295 aa  162  6e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.83 
 
 
291 aa  160  3e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0332  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.92 
 
 
281 aa  160  3e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.326946  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.55 
 
 
278 aa  160  3e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.66 
 
 
281 aa  159  4e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.81 
 
 
287 aa  159  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.06 
 
 
298 aa  159  6e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.89 
 
 
298 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.81 
 
 
304 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.35 
 
 
291 aa  157  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0306  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.06 
 
 
293 aa  157  2e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.98 
 
 
291 aa  156  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35 
 
 
301 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1072  TDP-rhamnose synthetase, NAD(P)-binding  36.49 
 
 
300 aa  155  6e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.66 
 
 
280 aa  155  8e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.62 
 
 
295 aa  155  9e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.94 
 
 
298 aa  155  9e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.466634 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03172  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.91 
 
 
302 aa  155  1e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.430653  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.87 
 
 
288 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.18 
 
 
280 aa  154  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.37 
 
 
307 aa  154  2e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.33 
 
 
287 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1063  hypothetical protein  32.91 
 
 
290 aa  153  2.9999999999999998e-36  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.03 
 
 
291 aa  153  4e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0278  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.03 
 
 
317 aa  153  4e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.572641  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.61 
 
 
292 aa  152  8e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2402  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.39 
 
 
286 aa  152  8e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.09 
 
 
294 aa  152  8.999999999999999e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.09 
 
 
294 aa  152  8.999999999999999e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3934  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.76 
 
 
301 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.278537 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.22 
 
 
284 aa  152  1e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0187  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.33 
 
 
270 aa  150  2e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.11 
 
 
298 aa  150  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5899  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.19 
 
 
321 aa  150  3e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.824829 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3490  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.48 
 
 
296 aa  150  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.507089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2793  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.33 
 
 
364 aa  150  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.114902 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0683  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase oxidoreductase protein  33.91 
 
 
305 aa  149  4e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.07 
 
 
306 aa  149  4e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.62 
 
 
301 aa  149  5e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.92 
 
 
276 aa  149  6e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.88 
 
 
293 aa  149  6e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.128844  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.12 
 
 
278 aa  149  9e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.2 
 
 
284 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>