More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_4601 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_4601  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
282 aa  564  1e-160  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.809915  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  76.73 
 
 
281 aa  386  1e-106  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.217368  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  53.26 
 
 
473 aa  238  6.999999999999999e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1084  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.21 
 
 
283 aa  215  7e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0125965  normal  0.0422522 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.91 
 
 
286 aa  166  2.9999999999999998e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.353591  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.4 
 
 
279 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.27418  hitchhiker  0.000721041 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1177  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.32 
 
 
277 aa  157  1e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.526687  normal  0.706287 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1248  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.73 
 
 
279 aa  150  2e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.345391  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9208  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase-like protein  47.72 
 
 
272 aa  145  8.000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.99398 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.39 
 
 
292 aa  142  9e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1967  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.94 
 
 
308 aa  125  1e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0094  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.17 
 
 
294 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3653  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.33 
 
 
294 aa  122  8e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0091  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.17 
 
 
294 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.42855 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0850  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.52 
 
 
314 aa  114  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1563  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.12 
 
 
295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.25531 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.19 
 
 
294 aa  109  4.0000000000000004e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.515711 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1255  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.6 
 
 
293 aa  109  6e-23  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.463201  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30 
 
 
291 aa  107  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3226  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.05 
 
 
300 aa  105  8e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1216  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.96 
 
 
296 aa  105  1e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.896826 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.91 
 
 
281 aa  103  3e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0551  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.88 
 
 
307 aa  103  4e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2324  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.45 
 
 
297 aa  102  6e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.888846  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.92 
 
 
305 aa  102  8e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.34 
 
 
283 aa  102  9e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.67 
 
 
283 aa  101  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.01 
 
 
291 aa  101  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.36 
 
 
293 aa  102  1e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.128844  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2507  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.2 
 
 
272 aa  100  3e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0424  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.78 
 
 
306 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  25.26 
 
 
294 aa  96.7  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.49 
 
 
284 aa  96.3  5e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3073  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.11 
 
 
282 aa  96.3  5e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.419885  normal  0.223963 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.49 
 
 
284 aa  96.3  5e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.49 
 
 
284 aa  96.3  5e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4815  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.68 
 
 
299 aa  95.9  7e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.681272  normal  0.324066 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.49 
 
 
284 aa  95.1  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  24.91 
 
 
294 aa  95.5  1e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1684  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.8 
 
 
307 aa  95.1  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.298373  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.49 
 
 
284 aa  95.1  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.2 
 
 
285 aa  94  2e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.960229  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0589  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.15 
 
 
285 aa  94  3e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0766528  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.49 
 
 
281 aa  93.2  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1426  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.25 
 
 
288 aa  92.8  5e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.41063  hitchhiker  0.00349813 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1072  TDP-rhamnose synthetase, NAD(P)-binding  31.68 
 
 
300 aa  92.8  6e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1998  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.41 
 
 
302 aa  92.8  6e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00000898814  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.49 
 
 
284 aa  92.8  6e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0588  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.22 
 
 
327 aa  92.8  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.749225 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3531  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.41 
 
 
306 aa  92.8  6e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1445  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.74 
 
 
283 aa  92.8  6e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1313  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.43 
 
 
276 aa  92.4  7e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.38 
 
 
285 aa  92.4  8e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.17 
 
 
293 aa  92  9e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.248818 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1420  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.67 
 
 
279 aa  92  9e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.11 
 
 
291 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.06 
 
 
284 aa  92  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.2 
 
 
281 aa  91.3  1e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.6 
 
 
293 aa  90.9  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.57 
 
 
294 aa  91.3  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3709  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.68 
 
 
309 aa  91.3  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.06 
 
 
284 aa  90.5  3e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0494  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.67 
 
 
298 aa  90.1  3e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.6 
 
 
286 aa  89.7  4e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1727  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.79 
 
 
284 aa  89.7  4e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.681532  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.38 
 
 
296 aa  89.4  6e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1750  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.24 
 
 
283 aa  88.6  9e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.963734 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0435  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.54 
 
 
297 aa  88.2  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17350  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.27 
 
 
287 aa  88.6  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4291  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.06 
 
 
298 aa  88.2  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.52 
 
 
290 aa  88.6  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.82 
 
 
298 aa  87.8  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0328  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.83 
 
 
278 aa  87.8  2e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.56 
 
 
285 aa  87.8  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2549  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.24 
 
 
292 aa  87.8  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0509  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  28.62 
 
 
301 aa  87.4  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.6 
 
 
285 aa  87.8  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.78 
 
 
291 aa  87  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.96 
 
 
291 aa  87.4  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.58 
 
 
285 aa  87.4  3e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.12 
 
 
280 aa  87.4  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0452  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.84 
 
 
304 aa  86.7  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0306  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28 
 
 
283 aa  86.7  4e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3878  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.47 
 
 
304 aa  86.7  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.57 
 
 
278 aa  86.7  4e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.53 
 
 
306 aa  86.3  5e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.88 
 
 
294 aa  86.3  6e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.23 
 
 
314 aa  85.9  7e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.68 
 
 
287 aa  85.5  8e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5899  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.73 
 
 
321 aa  84.7  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.824829 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.66 
 
 
296 aa  85.1  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.45 
 
 
288 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.43 
 
 
301 aa  85.1  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0436  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.74 
 
 
304 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2405  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.49 
 
 
284 aa  84.3  0.000000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4174  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  26.84 
 
 
306 aa  84  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0462  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.84 
 
 
304 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.88 
 
 
296 aa  84.7  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.27 
 
 
291 aa  84.3  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  29.11 
 
 
293 aa  84  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>