More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_2405 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011832  Mpal_2405  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
284 aa  586  1e-166  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0232  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.94 
 
 
270 aa  281  9e-75  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0488037  normal  0.41258 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0187  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.11 
 
 
270 aa  280  1e-74  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.51 
 
 
261 aa  264  1e-69  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.21 
 
 
283 aa  195  6e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.44 
 
 
280 aa  195  7e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.11 
 
 
280 aa  187  2e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.09 
 
 
276 aa  186  4e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.49 
 
 
278 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.94 
 
 
284 aa  182  8.000000000000001e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.59 
 
 
284 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.36 
 
 
284 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.59 
 
 
284 aa  177  1e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.59 
 
 
284 aa  177  1e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.6 
 
 
285 aa  177  2e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.94 
 
 
284 aa  177  2e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.95 
 
 
294 aa  175  8e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.49 
 
 
278 aa  174  9.999999999999999e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.28 
 
 
461 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.59 
 
 
284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.23 
 
 
284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.51 
 
 
287 aa  172  3.9999999999999995e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.86 
 
 
285 aa  172  5.999999999999999e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0306  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.03 
 
 
283 aa  171  1e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.29 
 
 
294 aa  171  2e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.29 
 
 
294 aa  171  2e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.87 
 
 
277 aa  170  3e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.33 
 
 
280 aa  170  3e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2048  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.29 
 
 
300 aa  169  5e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  34.04 
 
 
296 aa  168  1e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3345  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.87 
 
 
278 aa  167  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.96 
 
 
298 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0900  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.5 
 
 
278 aa  166  4e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.34862e-32 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.47 
 
 
314 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1054  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.2 
 
 
281 aa  164  1.0000000000000001e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.21 
 
 
293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.03 
 
 
293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.128844  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.58 
 
 
281 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.22 
 
 
296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.97 
 
 
288 aa  163  3e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.16 
 
 
296 aa  163  3e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3073  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.4 
 
 
282 aa  162  6e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.419885  normal  0.223963 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.86 
 
 
284 aa  162  7e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1445  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.97 
 
 
283 aa  161  1e-38  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.28 
 
 
281 aa  160  2e-38  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1270  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.54 
 
 
246 aa  160  3e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.120317  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.74 
 
 
291 aa  159  4e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.91 
 
 
237 aa  159  5e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.142911  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1063  hypothetical protein  34.98 
 
 
290 aa  157  2e-37  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.09 
 
 
298 aa  157  2e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.466634 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.89 
 
 
303 aa  157  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.06 
 
 
290 aa  157  2e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1420  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.96 
 
 
279 aa  157  3e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.82 
 
 
285 aa  155  7e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.6 
 
 
297 aa  155  9e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.5 
 
 
287 aa  154  1e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.29 
 
 
292 aa  154  1e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.18 
 
 
294 aa  154  1e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.56 
 
 
285 aa  154  2e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.12 
 
 
301 aa  154  2e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.91 
 
 
296 aa  154  2e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.82 
 
 
290 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.48 
 
 
298 aa  151  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.36 
 
 
288 aa  151  1e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1621  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.09 
 
 
278 aa  151  1e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.29 
 
 
286 aa  151  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.48 
 
 
283 aa  151  1e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.86 
 
 
730 aa  151  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.33 
 
 
288 aa  150  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2318  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.82 
 
 
306 aa  151  2e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.101593 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.86 
 
 
286 aa  150  3e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.93 
 
 
298 aa  149  4e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1207  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.9 
 
 
280 aa  149  5e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.33 
 
 
287 aa  149  6e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.29 
 
 
297 aa  149  6e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1006  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.56 
 
 
299 aa  149  7e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.530196  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3135  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.84 
 
 
282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.28 
 
 
301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  32.28 
 
 
293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.38 
 
 
283 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.68 
 
 
306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1444  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  35.84 
 
 
283 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2402  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.07 
 
 
286 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.97 
 
 
281 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.94 
 
 
301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2761  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.88 
 
 
300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.015422  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1750  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.13 
 
 
283 aa  145  5e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.963734 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5899  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.97 
 
 
321 aa  145  7.0000000000000006e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.824829 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.58 
 
 
294 aa  145  9e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15930  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.85 
 
 
299 aa  144  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2017  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.44 
 
 
297 aa  144  1e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001517 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.32 
 
 
294 aa  144  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2099  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.68 
 
 
289 aa  144  1e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.626697 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.29 
 
 
288 aa  144  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.3 
 
 
294 aa  143  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0306  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.71 
 
 
293 aa  144  2e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4111  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.76 
 
 
730 aa  143  3e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.94 
 
 
291 aa  142  4e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3501  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.51 
 
 
299 aa  142  5e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.42914 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.63 
 
 
293 aa  142  7e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.248818 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>