More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0166 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  100 
 
 		 556 aa  1062    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  65.13 
 
 		 624 aa  712    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  73.58 
 
 		 567 aa  380  1e-104  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0787  pseudouridine synthase  57.82 
 
 		 728 aa  290  7e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000926536  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  46.4 
 
 		 680 aa  233  9e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  45.61 
 
 		 264 aa  218  2.9999999999999998e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  56.22 
 
 		 238 aa  216  5.9999999999999996e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.48 
 
 		 237 aa  216  7e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  51.88 
 
 		 251 aa  214  3.9999999999999995e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  45.11 
 
 		 235 aa  213  4.9999999999999996e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  47.64 
 
 		 239 aa  212  1e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  47.41 
 
 		 266 aa  211  2e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  50 
 
 		 309 aa  211  3e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.28 
 
 		 247 aa  208  2e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  46.98 
 
 		 266 aa  208  2e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.35 
 
 		 240 aa  207  4e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  45.42 
 
 		 271 aa  206  8e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  47.84 
 
 		 621 aa  205  2e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  45.99 
 
 		 241 aa  204  2e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  49.17 
 
 		 250 aa  204  3e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1581  pseudouridine synthase  48.41 
 
 		 252 aa  204  3e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  50.21 
 
 		 243 aa  204  3e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1557  pseudouridine synthase  48.41 
 
 		 252 aa  204  3e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.41 
 
 		 258 aa  203  6e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  50.62 
 
 		 426 aa  203  7e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  45.71 
 
 		 253 aa  202  9e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  47.03 
 
 		 230 aa  202  9.999999999999999e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  43.35 
 
 		 236 aa  202  1.9999999999999998e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  47.66 
 
 		 403 aa  200  5e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.01 
 
 		 249 aa  199  1.0000000000000001e-49  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  47.46 
 
 		 694 aa  199  1.0000000000000001e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  48.72 
 
 		 406 aa  198  2.0000000000000003e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  46.98 
 
 		 274 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  48.55 
 
 		 375 aa  198  3e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  46.25 
 
 		 274 aa  197  4.0000000000000005e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 238 aa  197  4.0000000000000005e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  48.95 
 
 		 273 aa  197  5.000000000000001e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1184  pseudouridine synthase  46.59 
 
 		 254 aa  196  6e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1820  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.79 
 
 		 288 aa  195  2e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4316  pseudouridine synthase  45.49 
 
 		 259 aa  194  5e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.92 
 
 		 239 aa  192  1e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09831  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  46.12 
 
 		 244 aa  192  1e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45 
 
 		 238 aa  189  8e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  44.3 
 
 		 324 aa  189  9e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  44.3 
 
 		 329 aa  189  1e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  46.44 
 
 		 255 aa  189  1e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.15 
 
 		 236 aa  188  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.24 
 
 		 236 aa  188  2e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  46.61 
 
 		 318 aa  187  3e-46  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  42.24 
 
 		 236 aa  186  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  48.15 
 
 		 251 aa  185  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  41.6 
 
 		 247 aa  184  3e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0394  pseudouridine synthase  46.51 
 
 		 261 aa  184  3e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.490996  normal  0.734579 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  50.85 
 
 		 269 aa  184  3e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1616  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.67 
 
 		 250 aa  184  5.0000000000000004e-45  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.771877  normal  0.0569453 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  40.77 
 
 		 555 aa  183  7e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  46.61 
 
 		 322 aa  183  8.000000000000001e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  46.98 
 
 		 263 aa  182  1e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.46 
 
 		 328 aa  182  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0683  pseudouridine synthase  49.79 
 
 		 250 aa  182  1e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.316582  normal  0.0629739 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.49 
 
 		 251 aa  182  1e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11041  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  40.34 
 
 		 237 aa  181  2e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0249401  normal  0.321161 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  46.64 
 
 		 243 aa  181  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  45.26 
 
 		 245 aa  181  4e-44  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1293  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.49 
 
 		 254 aa  180  7e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.159925  normal  0.17953 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  44.35 
 
 		 242 aa  179  1e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0462  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  43.59 
 
 		 256 aa  178  2e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0481234  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1377  pseudouridine synthase, Rsu  47.37 
 
 		 247 aa  179  2e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  42.26 
 
 		 690 aa  178  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  45.42 
 
 		 243 aa  179  2e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  46.81 
 
 		 241 aa  179  2e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.96 
 
 		 242 aa  178  3e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  38.4 
 
 		 516 aa  177  3e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  44.96 
 
 		 242 aa  177  5e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.96 
 
 		 242 aa  177  5e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  44.96 
 
 		 242 aa  177  5e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.96 
 
 		 242 aa  177  5e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.96 
 
 		 242 aa  177  6e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.96 
 
 		 242 aa  177  6e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  44.96 
 
 		 242 aa  176  8e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  47.19 
 
 		 250 aa  176  8e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  40.87 
 
 		 251 aa  176  9.999999999999999e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  40 
 
 		 687 aa  176  9.999999999999999e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  38.63 
 
 		 638 aa  176  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  44.54 
 
 		 242 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.28 
 
 		 247 aa  175  1.9999999999999998e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.95 
 
 		 620 aa  175  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1958  pseudouridine synthase, Rsu  47.72 
 
 		 292 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.347299  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.54 
 
 		 242 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  47.03 
 
 		 233 aa  175  1.9999999999999998e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0829  pseudouridylate synthase  41.53 
 
 		 284 aa  175  1.9999999999999998e-42  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  42.06 
 
 		 354 aa  174  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  47.19 
 
 		 306 aa  173  6.999999999999999e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2153  pseudouridine synthase  47.62 
 
 		 245 aa  173  7.999999999999999e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1418  pseudouridine synthase  47.35 
 
 		 292 aa  172  1e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.126081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  41.61 
 
 		 466 aa  172  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  42.64 
 
 		 282 aa  172  1e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3005  RNA-binding S4 domain protein  45.92 
 
 		 369 aa  172  2e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.75 
 
 		 252 aa  171  3e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  39.41 
 
 		 554 aa  171  3e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>