176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2780 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  81.75 
 
 
570 aa  971  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  100 
 
 
570 aa  1167  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  79.23 
 
 
566 aa  927  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  48.06 
 
 
562 aa  485  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  47.45 
 
 
559 aa  475  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  47.38 
 
 
561 aa  466  1e-130  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  36.94 
 
 
997 aa  276  1e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  34.48 
 
 
571 aa  231  3e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6126  putative outer membrane protein  32.08 
 
 
577 aa  224  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  39.35 
 
 
578 aa  188  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7000  hypothetical protein  31.34 
 
 
583 aa  179  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  1.22606e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  34.62 
 
 
242 aa  107  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  35.15 
 
 
243 aa  106  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  34.84 
 
 
255 aa  103  8e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  35.62 
 
 
243 aa  102  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.7 
 
 
236 aa  101  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  33.33 
 
 
238 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  34.73 
 
 
652 aa  100  6e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  34.75 
 
 
236 aa  100  7e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  33.46 
 
 
237 aa  99  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  34.48 
 
 
251 aa  99  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  32.46 
 
 
240 aa  95.5  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  32.82 
 
 
237 aa  94  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  27.68 
 
 
240 aa  94.4  6e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  30.04 
 
 
232 aa  94.4  6e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  34.08 
 
 
254 aa  93.6  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  32.79 
 
 
260 aa  92.8  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  27.34 
 
 
240 aa  90.1  9e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  32.72 
 
 
244 aa  90.1  9e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  34.05 
 
 
248 aa  89.7  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  29.14 
 
 
261 aa  89  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  31.91 
 
 
453 aa  89.4  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  31.78 
 
 
452 aa  89  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  32.22 
 
 
241 aa  88.6  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  35.83 
 
 
238 aa  87.8  5e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  33.19 
 
 
235 aa  87.4  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  29.54 
 
 
243 aa  86.7  1e-15  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1013  Outer membrane autotransporter barrel  32.81 
 
 
645 aa  85.9  2e-15  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  0.106647 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  32.54 
 
 
638 aa  85.5  2e-15  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  30.74 
 
 
258 aa  85.5  2e-15  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  34.17 
 
 
225 aa  85.5  2e-15  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  29.74 
 
 
447 aa  84.3  5e-15  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  30.6 
 
 
193 aa  84  6e-15  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  32.32 
 
 
209 aa  83.2  1e-14  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  31.28 
 
 
246 aa  82.8  1e-14  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  34.43 
 
 
239 aa  82.4  2e-14  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  31.74 
 
 
207 aa  81.6  4e-14  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2763  putative outer-membrane protein precursor  32.3 
 
 
251 aa  80.9  6e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.285911 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  28.3 
 
 
670 aa  80.9  6e-14  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  28.64 
 
 
228 aa  80.5  7e-14  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  29.32 
 
 
254 aa  80.5  7e-14  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  33.2 
 
 
236 aa  80.5  8e-14  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  30.11 
 
 
251 aa  79  2e-13  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  30.27 
 
 
237 aa  79.3  2e-13  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0125  porin  28.22 
 
 
283 aa  79.3  2e-13  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4568  porin  31 
 
 
274 aa  78.2  4e-13  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170806  normal  0.117161 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  31.2 
 
 
237 aa  77.8  5e-13  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  30.93 
 
 
250 aa  77.4  7e-13  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  29.92 
 
 
449 aa  77.4  7e-13  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2080  putative outer-membrane protein precursor  30.51 
 
 
251 aa  77.4  7e-13  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366829  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  29.31 
 
 
250 aa  77  9e-13  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  34.03 
 
 
241 aa  76.3  1e-12  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  29.11 
 
 
258 aa  76.6  1e-12  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  27.24 
 
 
234 aa  76.3  1e-12  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  32.81 
 
 
689 aa  76.3  1e-12  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  33.33 
 
 
274 aa  76.6  1e-12  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5028  porin  30.67 
 
 
274 aa  76.3  1e-12  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.654238  normal  0.049005 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  33.85 
 
 
661 aa  75.9  2e-12  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  31.52 
 
 
240 aa  75.9  2e-12  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  26.62 
 
 
449 aa  75.9  2e-12  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4525  putative outer-membrane protein  32.56 
 
 
257 aa  75.1  3e-12  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0513  porin  30.03 
 
 
279 aa  75.1  3e-12  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.263575  hitchhiker  0.00240622 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  29.67 
 
 
258 aa  75.1  3e-12  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1434  porin  33.79 
 
 
215 aa  74.7  4e-12  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  1.70273e-05 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  29.51 
 
 
274 aa  74.7  4e-12  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  33.69 
 
 
662 aa  74.7  5e-12  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  31.77 
 
 
234 aa  73.6  8e-12  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  29.83 
 
 
245 aa  73.2  1e-11  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  31.17 
 
 
248 aa  73.6  1e-11  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  30.34 
 
 
241 aa  73.6  1e-11  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  29.39 
 
 
206 aa  72.4  2e-11  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  28.83 
 
 
255 aa  72.4  2e-11  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.2 
 
 
206 aa  72.8  2e-11  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  33.9 
 
 
247 aa  72  3e-11  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  35.6 
 
 
598 aa  71.2  5e-11  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  30.34 
 
 
245 aa  71.2  5e-11  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  27.82 
 
 
693 aa  71.2  5e-11  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  30.68 
 
 
454 aa  70.1  9e-11  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4443  porin  28.62 
 
 
296 aa  69.7  1e-10  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.877928  normal  0.484649 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4907  porin  28.62 
 
 
296 aa  69.7  1e-10  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.279354  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  32.07 
 
 
692 aa  69.7  1e-10  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  30.8 
 
 
724 aa  70.1  1e-10  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4957  porin  26.8 
 
 
302 aa  69.3  2e-10  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.100669 
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  28.45 
 
 
236 aa  68.9  2e-10  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.03 
 
 
207 aa  68.6  3e-10  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  29.28 
 
 
710 aa  68.2  4e-10  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  31.03 
 
 
665 aa  68.2  4e-10  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  30 
 
 
207 aa  67.8  5e-10  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  28.23 
 
 
230 aa  67.4  7e-10  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  28.23 
 
 
230 aa  67.4  7e-10  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>