More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1848 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1848  inner-membrane translocator  100 
 
 		 292 aa  554  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.623579  normal  0.509442 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3619  inner-membrane translocator  94.86 
 
 		 305 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.551009 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1949  inner-membrane translocator  93.15 
 
 		 292 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.926324  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1664  inner-membrane translocator  89.04 
 
 		 292 aa  461  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2885  putative ABC transporter permiase component  84.84 
 
 		 277 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0257829 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2127  inner-membrane translocator  71.58 
 
 		 292 aa  413  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172623  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1099  inner-membrane translocator  71.58 
 
 		 292 aa  414  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110891  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1501  inner-membrane translocator  69.52 
 
 		 291 aa  397  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2425  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  41.4 
 
 		 288 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.674149  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1438  inner-membrane translocator  41.75 
 
 		 288 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1533  inner-membrane translocator  41.4 
 
 		 288 aa  199  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575934  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1905  inner-membrane translocator  40 
 
 		 290 aa  197  2.0000000000000003e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.419507 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0793  inner-membrane translocator  39.44 
 
 		 290 aa  190  2.9999999999999997e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.806317  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1454  inner-membrane translocator  40.35 
 
 		 288 aa  188  9e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.566264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 290 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3399  inner-membrane translocator  38.21 
 
 		 304 aa  176  6e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0293629 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1563  inner-membrane translocator  36.04 
 
 		 283 aa  173  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5994  branched chain amino acid ABC transporter permease  34.27 
 
 		 290 aa  169  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0717664 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1829  inner-membrane translocator  40.14 
 
 		 289 aa  168  8e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000486818  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1928  inner-membrane translocator  37.15 
 
 		 290 aa  168  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3646  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 287 aa  168  1e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.362219  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0862  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.54 
 
 		 288 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0185519  normal  0.209309 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1581  inner-membrane translocator  34.13 
 
 		 308 aa  166  4e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3749  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 295 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1707  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.666506  normal  0.0117709 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2006  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.54 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.766894  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0313  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 291 aa  157  2e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.477934 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0896  inner-membrane translocator  35.42 
 
 		 295 aa  156  4e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1194  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.1 
 
 		 287 aa  154  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.633758  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0336  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.89 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1096  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.1 
 
 		 287 aa  154  2e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.89 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.844252  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0362  inner-membrane translocator  37.04 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0142  inner-membrane translocator  32.98 
 
 		 288 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1676  inner-membrane translocator  35.83 
 
 		 285 aa  139  7e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0527356 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2141  inner-membrane translocator  33.8 
 
 		 292 aa  139  7.999999999999999e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.694846 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2331  inner-membrane translocator  34.89 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.729625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2302  inner-membrane translocator  31.15 
 
 		 289 aa  135  9.999999999999999e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.418685 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0852  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.33 
 
 		 289 aa  133  3e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.416371  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1091  inner-membrane translocator  34.3 
 
 		 325 aa  133  3.9999999999999996e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2588  inner-membrane translocator  28.72 
 
 		 290 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1601  inner-membrane translocator  32.62 
 
 		 287 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.549265  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0005  inner-membrane translocator  33.09 
 
 		 294 aa  129  8.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.901395  hitchhiker  0.00000431174 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  32.29 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1139  inner-membrane translocator  31.1 
 
 		 287 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.124287 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 289 aa  125  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  35.81 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5641  inner-membrane translocator  34.86 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4442  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7434  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  30.04 
 
 		 287 aa  123  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0327  inner-membrane translocator  36.46 
 
 		 293 aa  122  5e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0975712  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  29.37 
 
 		 287 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3966  inner-membrane translocator  32.75 
 
 		 382 aa  118  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  29.31 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1543  inner-membrane translocator  29.71 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  35.37 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0505  inner-membrane translocator  33.79 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0978839  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0847  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 291 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.658608 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4887  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  28.33 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1973  inner-membrane translocator  33.04 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  31.4 
 
 		 308 aa  115  6e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.4 
 
 		 319 aa  115  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0728  inner-membrane translocator  31.44 
 
 		 303 aa  115  6e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  31.4 
 
 		 308 aa  115  6e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  29.93 
 
 		 308 aa  116  6e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5536  inner-membrane translocator  29.93 
 
 		 287 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0898761  hitchhiker  0.00000762258 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  29.55 
 
 		 292 aa  115  6.9999999999999995e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0116  inner-membrane translocator  28.22 
 
 		 294 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  31.06 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4798  inner-membrane translocator  33.92 
 
 		 304 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.337539  normal  0.0254161 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  31.06 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  31.06 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  31.44 
 
 		 293 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  34.6 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  31.85 
 
 		 652 aa  113  3e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0513  inner-membrane translocator  29.72 
 
 		 309 aa  114  3e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0503611  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1258  inner-membrane translocator  29.41 
 
 		 291 aa  114  3e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.241594  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1523  inner-membrane translocator  32.08 
 
 		 291 aa  114  3e-24  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00164732  normal  0.617596 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0998  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.53 
 
 		 289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.301783  normal  0.758902 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.72 
 
 		 291 aa  112  5e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0802  inner-membrane translocator  32.95 
 
 		 286 aa  112  7.000000000000001e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2284  inner-membrane translocator  33.93 
 
 		 285 aa  112  8.000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  30.38 
 
 		 308 aa  112  9e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1020  inner-membrane translocator  30.87 
 
 		 548 aa  112  9e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  31.06 
 
 		 308 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  31.27 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3515  ABC transporter membrane spanning protein  29.87 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  30.38 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.38 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8565  inner-membrane translocator  29.62 
 
 		 289 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0330607  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.38 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0835  inner-membrane translocator  31.03 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0907  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.794087  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0956  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.82 
 
 		 295 aa  110  3e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.824506  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1036  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.76 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.203386  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0220  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.34 
 
 		 290 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.77 
 
 		 656 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  29.43 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4451  inner-membrane translocator  32.31 
 
 		 295 aa  110  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0584854  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>