292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0753 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0753  MATE efflux family protein  100 
 
 		 441 aa  853    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.10371 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0868  MATE efflux family protein  62.76 
 
 		 440 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0983692  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4619  MATE efflux family protein  60.64 
 
 		 452 aa  482  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0791  MATE efflux family protein  62.18 
 
 		 451 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0794  cation efflux pump, DNA-damage-inducible protein  60.37 
 
 		 434 aa  463  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344653 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1467  MATE efflux family protein  56.09 
 
 		 441 aa  404  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.375826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0439  MATE efflux family protein  47.94 
 
 		 438 aa  334  2e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1069  MATE efflux family protein  47.47 
 
 		 461 aa  324  2e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.279345 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0542  MATE efflux family protein  50 
 
 		 454 aa  311  2e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.547089 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4534  MATE efflux family protein  53.44 
 
 		 451 aa  308  9e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.637749  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0845  MATE efflux family protein  44.65 
 
 		 439 aa  303  4.0000000000000003e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.457545  normal  0.657757 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0896  MATE efflux family protein  44.95 
 
 		 460 aa  302  1e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0613531 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1292  multi anti extrusion protein MatE  45.69 
 
 		 455 aa  291  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.110492 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0587  DNA-damage-inducible protein F  43.55 
 
 		 447 aa  289  7e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2844  MATE efflux family protein  45.45 
 
 		 455 aa  287  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.94035  normal  0.605375 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1840  MATE efflux family protein  42.73 
 
 		 458 aa  284  2.0000000000000002e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.308247  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1551  MATE efflux family protein  40.33 
 
 		 440 aa  283  4.0000000000000003e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.959023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0160  MATE efflux family protein  41.98 
 
 		 456 aa  283  4.0000000000000003e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.538946 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0194  MATE efflux family protein  44.84 
 
 		 446 aa  281  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0223  MATE efflux family protein  42.55 
 
 		 448 aa  277  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2863  MATE efflux family protein  43.4 
 
 		 445 aa  276  7e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.277434  normal  0.247685 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2965  MATE efflux family protein  41.06 
 
 		 446 aa  275  9e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0142288 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2937  MATE efflux family protein  42.72 
 
 		 451 aa  273  4.0000000000000004e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0324  putative DNA-damage-inducible protein F  39.82 
 
 		 455 aa  273  4.0000000000000004e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.315939  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002151  DNA-damage-inducible protein F  37.47 
 
 		 449 aa  273  6e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.539092  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3259  MATE efflux family protein  53.47 
 
 		 460 aa  271  2e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.113041 
 
 
-
 
NC_004310  BR0310  DNA-damage-inducible protein F, putative  39.59 
 
 		 455 aa  270  4e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3501  DNA-damage-inducible protein F  40.24 
 
 		 437 aa  266  4e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0110  MATE efflux family protein  36.57 
 
 		 469 aa  266  5e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.372068  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3772  MATE efflux family protein  42.86 
 
 		 450 aa  266  5.999999999999999e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4849  MATE efflux family protein  42.86 
 
 		 450 aa  266  5.999999999999999e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1507  DNA-damage-inducible protein F  43.62 
 
 		 463 aa  265  1e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.208132  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1536  DNA-damage-inducible protein  43.62 
 
 		 463 aa  265  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.65109  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4595  MATE efflux family protein  38.15 
 
 		 445 aa  263  6e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.122276 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1199  MATE efflux family protein  44.93 
 
 		 456 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.281549  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0596  DNA-damage-inducible protein  43.39 
 
 		 463 aa  259  6e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0179694  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0283  DNA-damage-inducible F transmembrane protein  45.37 
 
 		 457 aa  259  7e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00354836  normal  0.290631 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00266  multidrug efflux pump  37.04 
 
 		 423 aa  259  8e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2891  multidrug efflux pump  36.21 
 
 		 443 aa  258  1e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.466203  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0069  MATE efflux family protein  37.74 
 
 		 429 aa  257  3e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.380329  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4617  DNA-damage-inducible protein F  38.62 
 
 		 455 aa  255  9e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4009  MATE efflux family protein  38.03 
 
 		 443 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0879  MATE efflux family protein  41.63 
 
 		 444 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.696604 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2425  DNA-damage-inducible protein F  38.7 
 
 		 454 aa  253  3e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0403  MATE efflux family protein  37.93 
 
 		 451 aa  253  6e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.360287  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1707  putative membrane protein (DNA-damage-inducible protein)  43.85 
 
 		 463 aa  252  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0247  MATE efflux family protein  36.36 
 
 		 447 aa  251  2e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3792  MATE efflux family protein  38.79 
 
 		 456 aa  250  4e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4457  multi anti extrusion protein MatE  44.32 
 
 		 454 aa  249  6e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.13482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1224  MATE efflux family protein  44.93 
 
 		 456 aa  249  7e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0729  MATE efflux family protein  41 
 
 		 449 aa  248  1e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.671906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2204  multidrug efflux pump, MATE family  41.86 
 
 		 444 aa  247  3e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.023203  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0061  MATE efflux family protein  39.91 
 
 		 448 aa  247  4e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.871817  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0630  multi anti extrusion protein MatE  39.86 
 
 		 449 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0160  MATE efflux family protein  38.03 
 
 		 444 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4844  DNA-damage-inducible protein F  39.23 
 
 		 446 aa  243  6e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.8205  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1314  MATE efflux family protein  43.41 
 
 		 459 aa  243  6e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0833  MATE efflux family protein  43.41 
 
 		 459 aa  243  7e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1296  MATE efflux family protein  43.18 
 
 		 459 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0025  MATE efflux family protein  33.8 
 
 		 433 aa  239  5e-62  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00700816  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1994  MATE efflux family protein  44.67 
 
 		 453 aa  240  5e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4384  multi anti extrusion protein MatE  38.5 
 
 		 446 aa  239  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0614  MATE efflux family protein  37.38 
 
 		 445 aa  239  1e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0166177 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3527  MATE efflux family protein  37.62 
 
 		 436 aa  238  2e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3875  MATE efflux family protein  38.62 
 
 		 456 aa  238  2e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4001  MATE efflux family protein  37.24 
 
 		 455 aa  237  2e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3802  MATE efflux family protein  38.39 
 
 		 455 aa  237  3e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4123  MATE efflux family protein  37.44 
 
 		 455 aa  236  4e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4322  MATE efflux family protein  37.44 
 
 		 455 aa  236  4e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0180  MATE efflux family protein  37.84 
 
 		 445 aa  236  7e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4191  MATE efflux family protein  37.44 
 
 		 456 aa  236  7e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4459  DNA-damage-inducible SOS response protein  37.94 
 
 		 454 aa  235  1.0000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0144  MATE efflux family protein  37.5 
 
 		 455 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0608  MATE efflux family protein  38.33 
 
 		 445 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0569  MATE efflux family protein  38.33 
 
 		 445 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.163672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2755  DNA-damage-inducible protein F  43.53 
 
 		 463 aa  234  3e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789961  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63730  putative transporter  41.22 
 
 		 453 aa  232  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0352676  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07070  Multidrug efflux protein, MatE family  42.55 
 
 		 453 aa  228  2e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.12454  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0107  MATE efflux family protein  36.47 
 
 		 448 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0035  DNA-damage-inducible protein F  34.41 
 
 		 516 aa  223  4.9999999999999996e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5540  putative transporter  41.45 
 
 		 453 aa  219  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.360996  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04000  Na(+) driven multidrug efflux pump  34.31 
 
 		 424 aa  216  5e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4234  MATE efflux family protein  32.27 
 
 		 447 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4581  DNA-damage-inducible SOS response protein  36.69 
 
 		 441 aa  210  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.941537 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4632  DNA-damage-inducible SOS response protein  36.69 
 
 		 441 aa  210  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.251658 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4580  DNA-damage-inducible SOS response protein  36.45 
 
 		 441 aa  209  9e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4430  DNA-damage-inducible SOS response protein  36.45 
 
 		 441 aa  209  9e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000533043 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4495  DNA-damage-inducible SOS response protein  36.45 
 
 		 441 aa  209  9e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0248  DNA-damage-inducible SOS response protein  36.75 
 
 		 439 aa  206  5e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.314498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4823  MATE efflux family protein  39.91 
 
 		 444 aa  202  7e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.841611 
 
 
-
 
NC_002950  PG1640  DNA-damage-inducible protein F  34.36 
 
 		 436 aa  195  1e-48  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03916  DNA-damage-inducible SOS response protein  37.03 
 
 		 459 aa  193  6e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03876  hypothetical protein  37.03 
 
 		 459 aa  193  6e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4284  DNA-damage-inducible SOS response protein  37.03 
 
 		 459 aa  193  6e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3984  DNA-damage-inducible SOS response protein  37.03 
 
 		 459 aa  193  6e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.270802 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4597  DNA-damage-inducible SOS response protein  37.03 
 
 		 459 aa  192  7e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0519  MATE efflux family protein  37.98 
 
 		 455 aa  192  9e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.49931 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3949  MATE efflux family protein  36.79 
 
 		 441 aa  192  1e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4506  DNA-damage-inducible SOS response protein  36.79 
 
 		 441 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4553  DNA-damage-inducible SOS response protein  36.79 
 
 		 459 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>