More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0981 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_5089  cysteine desulfurase NifS  86.22 
 
 
410 aa  682    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0981  aminotransferase, class V  100 
 
 
407 aa  825    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.318228 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1085  aminotransferase, class V  90.66 
 
 
407 aa  737    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4451  aminotransferase, class V  70.54 
 
 
397 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0108  aminotransferase class V  63.68 
 
 
400 aa  491  9.999999999999999e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.702313 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1558  cysteine desulfurase NifS  62.92 
 
 
400 aa  489  1e-137  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0572612  normal  0.890663 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3581  cysteine desulfurase NifS  64.16 
 
 
404 aa  479  1e-134  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.157563  normal  0.0285875 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3620  cysteine desulfurase NifS  64.84 
 
 
400 aa  479  1e-134  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.190149 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1515  aminotransferase, class V:aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  58.4 
 
 
404 aa  474  1e-132  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.894831  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1507  cysteine desulfurase  56.96 
 
 
402 aa  460  9.999999999999999e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1225  cysteine desulfurase NifS  56.85 
 
 
397 aa  457  1e-127  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000944956 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01630  Nitrogen fixation cysteine desulfurase, nifS  55.41 
 
 
402 aa  446  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5907  cysteine desulfurase  63.42 
 
 
404 aa  444  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.469117  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1257  aminotransferase, class V  59.74 
 
 
387 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2659  cysteine desulfurase NifS  56.62 
 
 
404 aa  432  1e-120  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.614192 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2182  aminotransferase, class V  58.96 
 
 
388 aa  425  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.186921 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0530  cysteine desulfurase  59.22 
 
 
387 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.103474  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2683  aminotransferase, class V  54.33 
 
 
393 aa  423  1e-117  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0397114 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2362  cysteine desulfurase NifS  54.26 
 
 
399 aa  417  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1356  cysteine desulfurase NifS  51.41 
 
 
402 aa  412  1e-114  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3914  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  51.41 
 
 
400 aa  411  1e-114  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0504  cysteine desulfurase NifS  53.35 
 
 
402 aa  414  1e-114  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1075  cysteine desulfurase NifS  55.38 
 
 
384 aa  410  1e-113  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1833  aminotransferase, class V  53.81 
 
 
389 aa  410  1e-113  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0175075  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4134  aminotransferase, class V  52.96 
 
 
400 aa  410  1e-113  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0486971  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1783  cysteine desulfurase NifS  53.75 
 
 
401 aa  408  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1811  cysteine desulfurase NifS  53.75 
 
 
401 aa  408  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0050  cysteine desulfurase  52.86 
 
 
407 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3079  cysteine desulfurase  53.81 
 
 
396 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2296  aminotransferase, class V  55.38 
 
 
394 aa  403  1e-111  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2122  cysteine desulfurase NifS  53.45 
 
 
401 aa  404  1e-111  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.31758 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2011  cysteine desulfurase  53.79 
 
 
391 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.079673  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0437  cysteine desulfurase NifS  51.05 
 
 
386 aa  399  9.999999999999999e-111  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.361233 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0992  cysteine desulfurase  52.48 
 
 
391 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00026474  normal  0.256714 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1607  cysteine desulfurase NifS  54.07 
 
 
388 aa  395  1e-109  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.76832  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2015  aminotransferase, class V  53.28 
 
 
391 aa  397  1e-109  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0118596  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4245  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  50.63 
 
 
398 aa  388  1e-106  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1569  cysteine desulfurase NifS  52.23 
 
 
389 aa  387  1e-106  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00349258  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2647  cysteine desulfurase NifS  51.71 
 
 
389 aa  384  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00311085 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0100  cysteine desulfurase NifS  51.96 
 
 
400 aa  380  1e-104  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.873822 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08880  aminotransferase class V  48.04 
 
 
392 aa  352  8e-96  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.80371e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1860  cysteine sulfinate desulfinase/cysteine desulfurase  46.34 
 
 
396 aa  351  2e-95  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140569  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1164  cysteine desulfurase  45.26 
 
 
384 aa  350  2e-95  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2125  aminotransferase, class V  45.88 
 
 
398 aa  350  4e-95  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.573036  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0772  cysteine desulfurase  45.26 
 
 
384 aa  349  6e-95  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1914  aminotransferase, class V  47.94 
 
 
399 aa  347  2e-94  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3884  aminotransferase class V  46.88 
 
 
398 aa  345  1e-93  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00981578  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1837  cysteine desulfurase NifS  47.15 
 
 
396 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0935929 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0207  cysteine desulfurase NifS  46.74 
 
 
388 aa  342  7e-93  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000531678  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1652  aminotransferase, class V  44.56 
 
 
392 aa  342  7e-93  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.143138  hitchhiker  0.00767612 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0764  aminotransferase, class V  44.33 
 
 
414 aa  342  8e-93  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000561511  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3581  cysteine desulfurase NifS  43.75 
 
 
400 aa  342  8e-93  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.345313  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1939  aminotransferase class V  46.37 
 
 
388 aa  341  1e-92  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00024706 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0403  aminotransferase class V  48.95 
 
 
378 aa  341  2e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3201  cysteine desulphurase  45.97 
 
 
396 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.11568  normal  0.0184494 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2275  aminotransferase, class V  47.51 
 
 
386 aa  337  2.9999999999999997e-91  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0266  hypothetical protein  44.7 
 
 
393 aa  336  5.999999999999999e-91  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.423514  normal  0.267621 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0302  cysteine desulfurase NifS  44.76 
 
 
392 aa  335  9e-91  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0467605  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0688  cysteine desulfurase NifS  44.91 
 
 
388 aa  335  1e-90  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0297222  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2213  aminotransferase, class V  45.19 
 
 
398 aa  334  1e-90  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.506383 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0720  aminotransferase, class V  43.86 
 
 
394 aa  335  1e-90  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00090765  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1493  aminotransferase, class V  48.02 
 
 
379 aa  334  2e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0268467  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1714  cysteine desulfurase NifS  43.08 
 
 
394 aa  333  3e-90  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000384465  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0872  aminotransferase, class V  45.91 
 
 
382 aa  332  6e-90  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2907  cysteine desulfurase NifS  44.3 
 
 
398 aa  332  7.000000000000001e-90  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000201074  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2274  cysteine desulfurase NifS  44.22 
 
 
402 aa  326  4.0000000000000003e-88  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.363972  hitchhiker  0.00000604426 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2570  cysteine desulfurase  45.99 
 
 
394 aa  325  7e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0168  aminotransferase, class V  45.15 
 
 
409 aa  324  2e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.925051 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2424  cysteine desulphurase  44.33 
 
 
404 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2154  cysteine desulfurase, NifS family  43.46 
 
 
396 aa  318  1e-85  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2008  aminotransferase, class V  43.26 
 
 
404 aa  318  2e-85  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.475663  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2431  aminotransferase, class V  46.23 
 
 
390 aa  316  5e-85  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2039  cysteine desulfurase  42.53 
 
 
398 aa  316  5e-85  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1755  cysteine desulfurase  42.53 
 
 
398 aa  316  5e-85  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00778501  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2002  aminotransferase class V  44.1 
 
 
401 aa  315  9.999999999999999e-85  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.557544 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0229  Cysteine desulfurase  44.82 
 
 
405 aa  314  1.9999999999999998e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0173  aminotransferase class V  41.47 
 
 
382 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0484  aminotransferase, class V  43.78 
 
 
417 aa  314  1.9999999999999998e-84  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0750137  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0719  cysteine desulfurase NifS  44.68 
 
 
394 aa  313  2.9999999999999996e-84  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1932  cysteine desulfurase NifS  43.08 
 
 
393 aa  312  7.999999999999999e-84  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000108248  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0872  cysteine desulfurase  47.77 
 
 
380 aa  311  1e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0149083 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4262  aminotransferase class V  45.66 
 
 
395 aa  310  4e-83  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.907816 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3063  aminotransferase, class V  45.48 
 
 
383 aa  310  4e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0588987  unclonable  0.000000817205 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1068  aminotransferase, class V  46.77 
 
 
393 aa  309  5e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0344653  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2498  aminotransferase class V  44.82 
 
 
381 aa  309  5.9999999999999995e-83  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4051  Cysteine desulfurase  44.13 
 
 
380 aa  305  1.0000000000000001e-81  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0863916  normal  0.93961 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1770  NifS family cysteine desulfurase  43.72 
 
 
396 aa  303  4.0000000000000003e-81  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.406981  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2232  aminotransferase class V  42.89 
 
 
401 aa  302  8.000000000000001e-81  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0423  cysteine desulfurase NifS  41.25 
 
 
403 aa  301  1e-80  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0763464  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1343  aminotransferase class V  40.62 
 
 
389 aa  301  1e-80  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1563  cysteine desulfurase IscS  41.19 
 
 
403 aa  301  1e-80  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.353864 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1163  NifS family cysteine desulfurase  43.46 
 
 
396 aa  300  2e-80  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2630  aminotransferase class V  47.15 
 
 
1143 aa  300  3e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0206  IscS protein  41.82 
 
 
397 aa  300  4e-80  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.264012  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0235  IscS protein  42.49 
 
 
398 aa  299  5e-80  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_70  aminotransferase, class V  43.04 
 
 
383 aa  298  8e-80  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5192  aminotransferase class V  44.27 
 
 
392 aa  298  1e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.34588 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1537  cysteine desulfurase  47.67 
 
 
393 aa  297  2e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.417733  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1551  aminotransferase class V  43.01 
 
 
383 aa  297  2e-79  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1253  aminotransferase class V  47.67 
 
 
393 aa  297  2e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.283553  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>