More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3607 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  100 
 
 		 302 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  89.37 
 
 		 301 aa  554  1e-157  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  81.91 
 
 		 299 aa  496  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  72.16 
 
 		 313 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  72.16 
 
 		 294 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  71.48 
 
 		 298 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  71.13 
 
 		 294 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  56.7 
 
 		 293 aa  327  2.0000000000000001e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 294 aa  306  3e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  52.43 
 
 		 294 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  52.43 
 
 		 294 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 296 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  52.43 
 
 		 305 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  52.43 
 
 		 305 aa  299  3e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  52.43 
 
 		 305 aa  299  3e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  52.43 
 
 		 305 aa  299  3e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  51.04 
 
 		 295 aa  299  5e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 296 aa  293  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 399 aa  291  1e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  48.96 
 
 		 299 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  48.96 
 
 		 299 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  48.96 
 
 		 299 aa  280  2e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  47.46 
 
 		 335 aa  265  1e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  46.58 
 
 		 305 aa  262  4.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 291 aa  247  2e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 303 aa  241  1e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  42.41 
 
 		 294 aa  236  3e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 304 aa  236  4e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 306 aa  233  2.0000000000000002e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 316 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 303 aa  232  6e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  41.78 
 
 		 297 aa  231  8.000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 301 aa  230  2e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 297 aa  230  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 301 aa  231  2e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 313 aa  229  4e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 309 aa  229  4e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 		 293 aa  228  8e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 307 aa  228  9e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.54 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 303 aa  226  4e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 298 aa  226  4e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  40.96 
 
 		 303 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 305 aa  225  6e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 302 aa  225  8e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  39.93 
 
 		 299 aa  224  9e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 294 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 294 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 296 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 304 aa  223  4e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 300 aa  223  4e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 294 aa  222  6e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 298 aa  222  7e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 302 aa  222  7e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 		 306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  39.16 
 
 		 307 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 294 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  39.16 
 
 		 307 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 313 aa  220  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 294 aa  220  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 300 aa  219  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 313 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  44.01 
 
 		 305 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  42.31 
 
 		 308 aa  219  5e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 298 aa  219  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 296 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 304 aa  218  1e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 		 304 aa  217  2e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.68 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.21 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  40.21 
 
 		 289 aa  216  2.9999999999999998e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 296 aa  216  2.9999999999999998e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 301 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 323 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  37.8 
 
 		 309 aa  216  5e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 310 aa  216  5e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 323 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 		 299 aa  216  5e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 301 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  38.44 
 
 		 310 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 299 aa  215  5.9999999999999996e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 299 aa  215  5.9999999999999996e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 298 aa  215  8e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 310 aa  215  8e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 305 aa  215  9e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  39.06 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>