155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2768 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3096  hypothetical protein  95.51 
 
 		 356 aa  690    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.912752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2768  type VI secretion protein  100 
 
 		 356 aa  726    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0620169  normal  0.565386 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2626  hypothetical protein  95.22 
 
 		 356 aa  689    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2506  type VI secretion protein  92.13 
 
 		 356 aa  669    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.166907  normal  0.89718 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4957  hypothetical protein  82.3 
 
 		 356 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2272  hypothetical protein  58.97 
 
 		 330 aa  392  1e-108  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2172  hypothetical protein  36.01 
 
 		 354 aa  206  7e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.17033  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01960  hypothetical protein  35.63 
 
 		 363 aa  204  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.362822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0055  hypothetical protein  35.18 
 
 		 366 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2831  hypothetical protein  35.18 
 
 		 366 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3639  hypothetical protein  35.18 
 
 		 366 aa  199  6e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1712  hypothetical protein  35.18 
 
 		 366 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3630  hypothetical protein  35.18 
 
 		 366 aa  199  6e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.544301  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3655  hypothetical protein  35.18 
 
 		 366 aa  199  6e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.155732  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3146  hypothetical protein  35.18 
 
 		 366 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02050  hypothetical protein  36.1 
 
 		 363 aa  197  3e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.481196  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2959  hypothetical protein  34.72 
 
 		 366 aa  191  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4918  type VI secretion protein, VC_A0111 family  34.01 
 
 		 364 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0191108 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3038  type VI secretion protein, VC_A0111 family  34.62 
 
 		 343 aa  186  8e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2925  type VI secretion protein  34.17 
 
 		 366 aa  185  9e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.823082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0386  hypothetical protein  34.44 
 
 		 366 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0407  type VI secretion protein  34.2 
 
 		 366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0472  hypothetical protein  34.72 
 
 		 366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.408031  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0450  type VI secretion protein  34.16 
 
 		 366 aa  184  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.969906 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3564  hypothetical protein  34.44 
 
 		 366 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1212  type VI secretion protein, VC_A0111 family  37.27 
 
 		 344 aa  178  1e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1535  hypothetical protein  35.03 
 
 		 329 aa  169  7e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1481  hypothetical protein  35.28 
 
 		 388 aa  168  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2634  hypothetical protein  34.87 
 
 		 338 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00260  hypothetical protein  33.73 
 
 		 336 aa  160  2e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.439095  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3468  hypothetical protein  33.04 
 
 		 357 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4085  type VI secretion protein  36.27 
 
 		 377 aa  157  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000191474 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3860  type VI secretion protein  33.44 
 
 		 366 aa  157  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.818358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01080  hypothetical protein  31.8 
 
 		 348 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.426308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0161  hypothetical protein  31.71 
 
 		 348 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.568465  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26620  hypothetical protein  34.57 
 
 		 337 aa  150  4e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.389364  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2330  hypothetical protein  31.46 
 
 		 328 aa  149  5e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0196244  normal  0.0188042 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0974  hypothetical protein  33.43 
 
 		 351 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3077  hypothetical protein  33.43 
 
 		 369 aa  149  7e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.660228  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0263  hypothetical protein  33.33 
 
 		 427 aa  146  6e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0199  type VI secretion protein, VC_A0111 family  32.02 
 
 		 388 aa  145  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1583  hypothetical protein  32.52 
 
 		 367 aa  144  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2363  hypothetical protein  31.37 
 
 		 335 aa  143  4e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05859  hypothetical protein  28.19 
 
 		 332 aa  142  9e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0528  type VI secretion protein, VC_A0111 family  29.63 
 
 		 359 aa  141  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000437  uncharacterized protein ImpH/VasB  27.6 
 
 		 332 aa  140  3e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.594996  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1332  hypothetical protein  31.09 
 
 		 361 aa  139  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.010268 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3012  hypothetical protein  31.33 
 
 		 357 aa  139  7e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.793023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6120  type VI secretion protein  30.47 
 
 		 362 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.677953  normal  0.349005 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3902  type VI secretion protein  33.03 
 
 		 358 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.809899 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2450  type VI secretion protein, VC_A0111 family  31.23 
 
 		 349 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0218229  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7015  type VI secretion protein  31.9 
 
 		 358 aa  137  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0432  hypothetical protein  30.79 
 
 		 330 aa  134  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3411  hypothetical protein  31.44 
 
 		 341 aa  134  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0292  type VI secretion protein  31.55 
 
 		 331 aa  132  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0831142  normal  0.923003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0305  type VI secretion protein, family  31.55 
 
 		 331 aa  132  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0947  type VI secretion protein, VC_A0111 family  29.75 
 
 		 370 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0297  type VI secretion protein, family  31.55 
 
 		 331 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.267723  normal  0.456236 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0135  putative cytoplasmic protein  30.61 
 
 		 349 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2955  hypothetical protein  29.59 
 
 		 488 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1620  hypothetical protein  30.3 
 
 		 349 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0171  hypothetical protein  30.3 
 
 		 349 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.966591  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0149  hypothetical protein  30.3 
 
 		 349 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.158561  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3037  type VI secretion protein, VC_A0111 family  31.66 
 
 		 385 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.663953  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1691  type VI secretion protein, VC_A0111 family  28.88 
 
 		 346 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.623686  normal  0.90848 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1701  SciB protein  31.1 
 
 		 361 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0914  hypothetical protein  31.1 
 
 		 361 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1201  hypothetical protein  31.1 
 
 		 361 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0340  hypothetical protein  31.1 
 
 		 361 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0249  hypothetical protein  31.1 
 
 		 361 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2176  SciB protein  31.1 
 
 		 361 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.715088  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1074  type VI secretion protein, VC_A0111 family  28.48 
 
 		 332 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3251  type VI secretion protein, VC_A0111 family  28.18 
 
 		 332 aa  126  6e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3314  hypothetical protein  30.35 
 
 		 329 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2365  type VI secretion protein, VC_A0111 family  28.75 
 
 		 349 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0981242 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3729  hypothetical protein  29.22 
 
 		 338 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0290  SciB protein  32 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.718138 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1120  putative type VI secretion protein VasG  31.08 
 
 		 309 aa  120  4.9999999999999996e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0273687  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2803  type VI secretion protein, VC_A0111 family  28.18 
 
 		 337 aa  119  9e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3013  type VI secretion protein  29.39 
 
 		 353 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.695599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3228  type VI secretion protein  28.65 
 
 		 338 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6688  type VI secretion protein  30 
 
 		 353 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.355803  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50850  hypothetical protein  31.55 
 
 		 340 aa  117  3.9999999999999997e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0823811  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3611  hypothetical protein  28.61 
 
 		 335 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.246308  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2620  hypothetical protein  27.81 
 
 		 338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6045  hypothetical protein  29.34 
 
 		 336 aa  115  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42990  hypothetical protein  28.61 
 
 		 335 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.294162 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2525  type VI secretion protein  27.09 
 
 		 335 aa  114  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2123  hypothetical protein  27.73 
 
 		 338 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0096  hypothetical protein  28 
 
 		 335 aa  113  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0317  hypothetical protein  27.36 
 
 		 343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0390  type VI secretion protein  27.36 
 
 		 356 aa  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1728  hypothetical protein  31.29 
 
 		 354 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.269335  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3031  hypothetical protein  30.89 
 
 		 328 aa  110  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.586945  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4078  hypothetical protein  27.43 
 
 		 338 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0252169  hitchhiker  0.00001492 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5426  hypothetical protein  29.31 
 
 		 335 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0242  hypothetical protein  26.38 
 
 		 360 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.842784 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0234  hypothetical protein  26.38 
 
 		 360 aa  110  5e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2030  hypothetical protein  31.36 
 
 		 348 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.23868  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0236  hypothetical protein  26.38 
 
 		 360 aa  108  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>