154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1535 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1535  hypothetical protein  100 
 
 
329 aa  678    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2768  type VI secretion protein  35.03 
 
 
356 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0620169  normal  0.565386 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3096  hypothetical protein  34.23 
 
 
356 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.912752  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2626  hypothetical protein  33.93 
 
 
356 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2506  type VI secretion protein  34.34 
 
 
356 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.166907  normal  0.89718 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4957  hypothetical protein  34.03 
 
 
356 aa  164  3e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2363  hypothetical protein  34.27 
 
 
335 aa  162  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2330  hypothetical protein  31.08 
 
 
328 aa  142  8e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0196244  normal  0.0188042 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0161  hypothetical protein  32.33 
 
 
348 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.568465  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000026  hypothetical protein  31.36 
 
 
321 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1481  hypothetical protein  32.44 
 
 
388 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01080  hypothetical protein  31.05 
 
 
348 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.426308  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3468  hypothetical protein  29.97 
 
 
357 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3860  type VI secretion protein  31.35 
 
 
366 aa  133  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.818358  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2272  hypothetical protein  29.62 
 
 
330 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6688  type VI secretion protein  29.57 
 
 
353 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.355803  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0135  putative cytoplasmic protein  28.43 
 
 
349 aa  126  5e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3012  hypothetical protein  29.69 
 
 
357 aa  126  6e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.793023  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1620  hypothetical protein  28.43 
 
 
349 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0171  hypothetical protein  28.43 
 
 
349 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.966591  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0149  hypothetical protein  28.43 
 
 
349 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.158561  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6120  type VI secretion protein  29.13 
 
 
362 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.677953  normal  0.349005 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3013  type VI secretion protein  29.77 
 
 
353 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.695599  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0199  type VI secretion protein, VC_A0111 family  28.28 
 
 
388 aa  123  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1583  hypothetical protein  29.28 
 
 
367 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0947  type VI secretion protein, VC_A0111 family  27.09 
 
 
370 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26620  hypothetical protein  28.62 
 
 
337 aa  121  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.389364  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4085  type VI secretion protein  30.58 
 
 
377 aa  120  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000191474 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3902  type VI secretion protein  30.33 
 
 
358 aa  119  7e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.809899 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0974  hypothetical protein  29.34 
 
 
351 aa  119  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0263  hypothetical protein  28.52 
 
 
427 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2450  type VI secretion protein, VC_A0111 family  28.57 
 
 
349 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0218229  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1332  hypothetical protein  28.1 
 
 
361 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.010268 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00260  hypothetical protein  28 
 
 
336 aa  116  5e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.439095  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5983  type VI secretion protein  31 
 
 
377 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2698  hypothetical protein  36.61 
 
 
341 aa  113  4.0000000000000004e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.010713  normal  0.0127027 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1360  hypothetical protein  36.61 
 
 
341 aa  113  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.73813  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1472  type VI secretion protein  36.61 
 
 
341 aa  113  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0290  SciB protein  27.4 
 
 
311 aa  112  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.718138 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0305  type VI secretion protein, family  27.4 
 
 
331 aa  112  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0292  type VI secretion protein  27.4 
 
 
331 aa  112  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0831142  normal  0.923003 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2172  hypothetical protein  27.53 
 
 
354 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.17033  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1728  hypothetical protein  32.3 
 
 
354 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.269335  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2959  hypothetical protein  28.53 
 
 
366 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02050  hypothetical protein  28.62 
 
 
363 aa  110  3e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.481196  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0528  type VI secretion protein, VC_A0111 family  26.32 
 
 
359 aa  110  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4918  type VI secretion protein, VC_A0111 family  31.64 
 
 
364 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0191108 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7015  type VI secretion protein  26.95 
 
 
358 aa  109  6e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3038  type VI secretion protein, VC_A0111 family  27.36 
 
 
343 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0297  type VI secretion protein, family  27.05 
 
 
331 aa  109  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.267723  normal  0.456236 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1701  SciB protein  28.43 
 
 
361 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0340  hypothetical protein  28.43 
 
 
361 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0249  hypothetical protein  28.43 
 
 
361 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2831  hypothetical protein  28.53 
 
 
366 aa  106  5e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3639  hypothetical protein  28.53 
 
 
366 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0055  hypothetical protein  28.53 
 
 
366 aa  106  5e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1712  hypothetical protein  28.53 
 
 
366 aa  106  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3630  hypothetical protein  28.53 
 
 
366 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.544301  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3655  hypothetical protein  28.53 
 
 
366 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.155732  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3146  hypothetical protein  28.53 
 
 
366 aa  106  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0914  hypothetical protein  28.43 
 
 
361 aa  105  7e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1201  hypothetical protein  28.43 
 
 
361 aa  105  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2176  SciB protein  28.43 
 
 
361 aa  105  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.715088  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1212  type VI secretion protein, VC_A0111 family  25.93 
 
 
344 aa  105  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01960  hypothetical protein  31.48 
 
 
363 aa  105  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.362822  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2925  type VI secretion protein  28.57 
 
 
366 aa  104  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.823082  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0386  hypothetical protein  31.15 
 
 
366 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1691  type VI secretion protein, VC_A0111 family  25.68 
 
 
346 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.623686  normal  0.90848 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2634  hypothetical protein  30 
 
 
338 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0407  type VI secretion protein  31.15 
 
 
366 aa  103  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0450  type VI secretion protein  29.34 
 
 
366 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.969906 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0472  hypothetical protein  30 
 
 
366 aa  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.408031  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3564  hypothetical protein  30.77 
 
 
366 aa  102  8e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3411  hypothetical protein  26.03 
 
 
341 aa  100  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2365  type VI secretion protein, VC_A0111 family  24.5 
 
 
349 aa  98.6  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0981242 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3077  hypothetical protein  29.33 
 
 
369 aa  97.4  3e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.660228  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000437  uncharacterized protein ImpH/VasB  27.14 
 
 
332 aa  97.1  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.594996  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3126  hypothetical protein  25.68 
 
 
332 aa  96.3  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0272952  normal  0.0855936 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3482  hypothetical protein  25.68 
 
 
332 aa  95.1  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.49104  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05859  hypothetical protein  26.93 
 
 
332 aa  94.4  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3037  type VI secretion protein, VC_A0111 family  27.5 
 
 
385 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.663953  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0049  hypothetical protein  25.93 
 
 
328 aa  93.2  5e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2448  hypothetical protein  26.32 
 
 
345 aa  91.3  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00427442  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2891  hypothetical protein  24.14 
 
 
338 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3314  hypothetical protein  25.64 
 
 
329 aa  89.4  7e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34000  hypothetical protein  23.89 
 
 
338 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.375961  normal  0.121658 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2819  hypothetical protein  26.64 
 
 
325 aa  89  9e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3729  hypothetical protein  25.63 
 
 
338 aa  85.1  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0317  hypothetical protein  26.97 
 
 
343 aa  83.6  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1074  type VI secretion protein, VC_A0111 family  24.24 
 
 
332 aa  83.2  0.000000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3251  type VI secretion protein, VC_A0111 family  24.24 
 
 
332 aa  83.2  0.000000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2803  type VI secretion protein, VC_A0111 family  24.34 
 
 
337 aa  83.2  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50850  hypothetical protein  28.25 
 
 
340 aa  82.8  0.000000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0823811  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0390  type VI secretion protein  26.97 
 
 
356 aa  82  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0758  hypothetical protein  21.88 
 
 
327 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.300158  normal  0.0515134 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2588  hypothetical protein  22.19 
 
 
352 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.695142  normal  0.103475 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3431  hypothetical protein  21.58 
 
 
327 aa  80.1  0.00000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3560  type VI secretion protein  21.58 
 
 
327 aa  79.7  0.00000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1120  putative type VI secretion protein VasG  24.57 
 
 
309 aa  79.3  0.00000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0273687  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1226  hypothetical protein  25.17 
 
 
362 aa  79.3  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.425687 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>