More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0099 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  584  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  95.64 
 
 		 298 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  93.94 
 
 		 298 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0099  LysR family transcriptional regulator  93.6 
 
 		 298 aa  550  1e-155  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  81.82 
 
 		 305 aa  489  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  81.02 
 
 		 318 aa  485  1e-136  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  81.02 
 
 		 302 aa  482  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02110  trpBA operon transcriptional regulator, LysR family; TrpI  74.4 
 
 		 318 aa  418  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625987  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0073  LysR family transcriptional regulator  73.81 
 
 		 303 aa  419  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  72.01 
 
 		 297 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  70.65 
 
 		 295 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2844  transcriptional regulator, LysR family  57.59 
 
 		 295 aa  291  1e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01269  transcriptional regulator  59.52 
 
 		 338 aa  270  2.9999999999999997e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.595927  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26150  putative transcriptional regulator  44.37 
 
 		 308 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0621134  normal  0.16506 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 305 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1815  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00510599  hitchhiker  0.000707933 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4486  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.906105  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5693  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.45057 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 309 aa  181  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2229  putative transcriptional regulator  44.67 
 
 		 309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5256  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 316 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 294 aa  175  8e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1845  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 292 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465511 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 315 aa  170  3e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 307 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 308 aa  167  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0529  trpba operon transcriptional activator  37.28 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 		 294 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 		 294 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0530  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 288 aa  166  4e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.97 
 
 		 294 aa  165  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 294 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3779  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0489  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5916  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 286 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.746301 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3962  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5641  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.245303  hitchhiker  0.0021835 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.93 
 
 		 294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.93 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.93 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5351  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 292 aa  162  7e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 295 aa  159  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.17 
 
 		 294 aa  159  7e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1736  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 287 aa  158  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.25 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.25 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.25 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2285  transcriptional regulator, LysR family  37.98 
 
 		 287 aa  155  6e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.61649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6037  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 307 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.264299 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5673  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 307 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.25 
 
 		 305 aa  155  9e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6527  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 307 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226284 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  37.35 
 
 		 311 aa  152  8e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  37.6 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3355  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.05325  normal  0.657667 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 307 aa  149  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 302 aa  149  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1981  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 312 aa  147  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3735  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 311 aa  145  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06604  transcriptional regulator  32.65 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2960  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 327 aa  144  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 295 aa  142  5e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 295 aa  142  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 301 aa  142  8e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5424  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 320 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4301  transcriptional regulator, LysR family  35.44 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 318 aa  141  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.21 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 320 aa  140  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 304 aa  139  3.9999999999999997e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 295 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 316 aa  139  4.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1887  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 295 aa  139  6e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0445  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 292 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.21 
 
 		 303 aa  137  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.58 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.82 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 296 aa  136  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>