More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1700 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1700  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 238 aa  473  1e-132  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00690032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  61.61 
 
 		 234 aa  275  4e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5712  transcriptional regulator, GntR family  57.08 
 
 		 231 aa  241  7.999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1127  GntR family transcriptional regulator  56.44 
 
 		 265 aa  237  1e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1047  transcriptional regulator, GntR family  56 
 
 		 230 aa  236  3e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0535  GntR family transcriptional regulator  49.78 
 
 		 237 aa  203  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.150614  normal  0.571261 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6243  transcriptional regulator, GntR family  48.88 
 
 		 234 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.794552 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5061  transcriptional regulator GntR family  49.33 
 
 		 234 aa  197  7.999999999999999e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4032  GntR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 234 aa  191  6e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5406  transcriptional regulator, GntR family  41.86 
 
 		 239 aa  168  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  hitchhiker  0.00193724 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5350  transcriptional regulator, GntR family  40.47 
 
 		 239 aa  162  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4469  GntR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 228 aa  149  3e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4468  GntR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 229 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2702  transcriptional regulator, GntR family  31.78 
 
 		 232 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6001  transcriptional regulator, GntR family  35 
 
 		 240 aa  123  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3213  GntR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 284 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4056  transcriptional regulator, GntR family  29.82 
 
 		 231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6491  transcriptional regulator, GntR family  36.07 
 
 		 239 aa  119  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4090  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 224 aa  118  7e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0763  GntR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 261 aa  118  7.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0813  GntR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 227 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  34.1 
 
 		 234 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  31.73 
 
 		 229 aa  116  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4726  transcriptional regulator, GntR family  31.3 
 
 		 277 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0963465  normal  0.842406 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1001  transcriptional regulator, GntR family  35.09 
 
 		 241 aa  114  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0721326 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 222 aa  113  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2413  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 238 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224265  normal  0.351453 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0489  GntR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 238 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2140  GntR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 238 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0432435  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02430  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 		 237 aa  110  3e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0732513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2127  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 		 257 aa  110  3e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 226 aa  109  4.0000000000000004e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3764  GntR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 232 aa  106  3e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.227003  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1861  GntR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 264 aa  106  3e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5061  transcriptional regulator, GntR family  36.28 
 
 		 236 aa  105  4e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000035042  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1938  GntR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 228 aa  105  4e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0806  transcriptional regulator, GntR family  30.52 
 
 		 228 aa  105  9e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3275  transcriptional regulator, GntR family  32.6 
 
 		 242 aa  104  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.906073 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4499  GntR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 239 aa  103  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.928158  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1040  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 		 228 aa  103  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4057  transcriptional regulator, GntR family  28.37 
 
 		 227 aa  101  1e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5239  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 227 aa  100  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.624054 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1625  GntR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 228 aa  100  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000899292  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01499  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.68 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2105  transcriptional regulator, GntR family  27.68 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.45704e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01510  hypothetical protein  27.68 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000749692  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3567  GntR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1749  GntR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000222448  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1630  GntR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.79226e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5841  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2122  GntR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 241 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2156  transcriptional regulator, GntR family  27.68 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000156729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2118  GntR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000151748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 240 aa  99.8  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1827  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 228 aa  99.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000849458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1613  transcriptional regulator, GntR family  28.63 
 
 		 228 aa  98.6  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.419265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 255 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3193  transcriptional regulator, GntR family  23.96 
 
 		 225 aa  98.2  1e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.367816  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1700  transcriptional regulator, GntR family  27.23 
 
 		 228 aa  98.2  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000855657  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1681  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 228 aa  97.1  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1661  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 228 aa  97.1  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.022131  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2295  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 241 aa  97.4  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000972767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3891  transcriptional regulator GntR family  29.74 
 
 		 231 aa  97.4  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.556155  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1622  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 228 aa  96.7  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.62397  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2639  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 		 228 aa  96.7  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.995505  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1266  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 		 228 aa  96.3  4e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2973  GntR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 248 aa  95.1  8e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.010833  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2107  GntR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 244 aa  95.1  9e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0604546  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0655  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 257 aa  94.7  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00110649  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2043  transcriptional regulator, GntR family  26.11 
 
 		 235 aa  92  7e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000225663  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 231 aa  90.5  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5836  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 230 aa  90.1  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0479  transcriptional regulator, GntR family  33.48 
 
 		 265 aa  89.4  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1615  transcriptional regulator, GntR family  21.4 
 
 		 230 aa  87  2e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000356607  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5097  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 216 aa  86.3  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 230 aa  86.3  4e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0058  transcriptional regulator, GntR family  26.85 
 
 		 234 aa  83.6  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  26.67 
 
 		 238 aa  82.8  0.000000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 230 aa  82  0.000000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 235 aa  82  0.000000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3874  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 236 aa  80.5  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.692905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 230 aa  79.3  0.00000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  29.25 
 
 		 239 aa  78.6  0.00000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  26.27 
 
 		 228 aa  78.6  0.00000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 225 aa  78.6  0.00000000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  27.36 
 
 		 237 aa  77  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  27.01 
 
 		 233 aa  75.9  0.0000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 		 232 aa  75.5  0.0000000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4702  GntR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 230 aa  75.5  0.0000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1747  GntR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 226 aa  75.1  0.0000000000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0442594  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5575  transcriptional regulator GntR family  29.28 
 
 		 237 aa  74.7  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.804429  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0786  GntR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 253 aa  74.7  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000452632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 229 aa  74.7  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0767  GntR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 255 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.933117  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0693  GntR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 241 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162672  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2095  GntR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 241 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2000  GntR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 241 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0216224  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1647  GntR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 241 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>