More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3484 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_1262  integrase family protein  83.41 
 
 		 418 aa  744    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528936  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3484  phage integrase family protein  100 
 
 		 418 aa  860    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1465  phage integrase  77.16 
 
 		 418 aa  645    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.595385 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2021  phage integrase family protein  81.58 
 
 		 418 aa  724    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.713949  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1130  integrase family protein  78.71 
 
 		 418 aa  687    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3366  phage integrase family protein  83.25 
 
 		 394 aa  698    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.194461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0496  phage integrase  69.95 
 
 		 418 aa  603  1.0000000000000001e-171  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1172  integrase family protein  68.47 
 
 		 418 aa  597  1e-170  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.69238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3112  integrase family protein  67.97 
 
 		 418 aa  598  1e-170  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3563  integrase family protein  68.47 
 
 		 418 aa  597  1e-170  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2142  phage integrase  67.95 
 
 		 418 aa  588  1e-167  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.306676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3062  phage integrase  68.7 
 
 		 418 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.361431  normal  0.0996208 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2217  integrase family protein  64.06 
 
 		 418 aa  523  1e-147  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.664863  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004339  integrase  60.15 
 
 		 398 aa  483  1e-135  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15350  putative integrase  59.9 
 
 		 400 aa  479  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000000770896  unclonable  1.43377e-21 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1726  phage integrase family protein  59.64 
 
 		 395 aa  478  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2546  phage integrase family protein  59.64 
 
 		 400 aa  477  1e-133  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40023  hitchhiker  0.00168033 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0615  Phage integrase  58.59 
 
 		 399 aa  473  1e-132  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.862313  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0354  Phage integrase  58.88 
 
 		 402 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2656  phage integrase family site specific recombinase  58.48 
 
 		 395 aa  470  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000325439  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0362  phage integrase family site specific recombinase  57.61 
 
 		 402 aa  460  9.999999999999999e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.613827  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1709  putative phage integrase  53.04 
 
 		 446 aa  426  1e-118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.558135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2336  Phage integrase  52.28 
 
 		 426 aa  416  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3232  integrase family protein  53.14 
 
 		 434 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.068813  normal  0.462781 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6547  integrase family protein  51.91 
 
 		 455 aa  410  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00352142  normal  0.0182485 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2106  integrase  67.28 
 
 		 272 aa  364  1e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0444  integrase family protein  46.92 
 
 		 461 aa  360  3e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.737271 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1623  integrase or site-specific recombinase  48.01 
 
 		 466 aa  355  5.999999999999999e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.262588 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0554  CP4-like integrase  54.38 
 
 		 274 aa  290  4e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1046  integrase family protein  41.16 
 
 		 410 aa  268  1e-70  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000192278  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3823  phage-related integrase  40.1 
 
 		 403 aa  268  2e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2823  putative phage integrase  36.78 
 
 		 440 aa  255  9e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.339344  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3455  integrase family protein  38.6 
 
 		 410 aa  245  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3232  phage integrase family site specific recombinase  37.84 
 
 		 409 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0097  phage integrase family site specific recombinase  36.93 
 
 		 409 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.89883  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0112  phage integrase family site specific recombinase  36.68 
 
 		 409 aa  243  5e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.246788  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0308  integrase or site-specific recombinase  36.68 
 
 		 414 aa  242  7e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  34.6 
 
 		 396 aa  226  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  35.1 
 
 		 394 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  34.85 
 
 		 394 aa  226  8e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  35.22 
 
 		 404 aa  225  1e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3617  phage integrase family protein  33.59 
 
 		 390 aa  224  2e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  36.07 
 
 		 401 aa  223  4e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  34.98 
 
 		 404 aa  222  9.999999999999999e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  34.98 
 
 		 404 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  35.15 
 
 		 404 aa  219  8.999999999999998e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  34.6 
 
 		 402 aa  219  8.999999999999998e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  35.15 
 
 		 404 aa  219  8.999999999999998e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  35.15 
 
 		 404 aa  218  1e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2105  integrase  70.55 
 
 		 149 aa  218  2e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  33.92 
 
 		 396 aa  212  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  34.42 
 
 		 395 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  34 
 
 		 404 aa  211  2e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  35.05 
 
 		 402 aa  210  5e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  35.93 
 
 		 402 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  33.67 
 
 		 409 aa  205  9e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1100  site-specific recombinase, phage integrase family  31.82 
 
 		 395 aa  205  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  33.75 
 
 		 402 aa  205  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  32.83 
 
 		 391 aa  203  4e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  33.67 
 
 		 396 aa  202  7e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3983  integrase family protein  34.75 
 
 		 404 aa  202  8e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2489  putative integrase protein  33.67 
 
 		 417 aa  202  8e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  34.46 
 
 		 394 aa  202  9e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  33.66 
 
 		 394 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  33.5 
 
 		 397 aa  202  9.999999999999999e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  33.66 
 
 		 394 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  33.08 
 
 		 387 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  33.25 
 
 		 417 aa  201  3e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1839  phage integrase family protein  32.91 
 
 		 414 aa  199  7e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  31.25 
 
 		 394 aa  199  1.0000000000000001e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4470  putative phage integrase  35.18 
 
 		 399 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.052147 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2751  integrase family protein  33.33 
 
 		 415 aa  195  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.606598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  33 
 
 		 389 aa  194  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  32.99 
 
 		 410 aa  192  6e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  33.25 
 
 		 387 aa  193  6e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  31.91 
 
 		 404 aa  192  8e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6353  P4-like integrase  34.07 
 
 		 407 aa  192  9e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  0.142283 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  32.34 
 
 		 397 aa  192  9e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  30.86 
 
 		 404 aa  192  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  32.75 
 
 		 396 aa  192  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3353  phage integrase family protein  32.83 
 
 		 393 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  32.41 
 
 		 391 aa  189  9e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  30.89 
 
 		 402 aa  188  2e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0628  phage integrase  33.5 
 
 		 405 aa  186  8e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.173679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  30.75 
 
 		 419 aa  186  9e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  29.09 
 
 		 401 aa  186  9e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5324  integrase  30.56 
 
 		 395 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  33.24 
 
 		 367 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  31.66 
 
 		 404 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  31.66 
 
 		 404 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  31.13 
 
 		 404 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  29.97 
 
 		 438 aa  184  3e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  31.83 
 
 		 404 aa  184  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  33.17 
 
 		 445 aa  182  9.000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  30.12 
 
 		 421 aa  179  5.999999999999999e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0484  phage integrase family protein  29.25 
 
 		 421 aa  179  8e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  30.92 
 
 		 406 aa  177  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  31.16 
 
 		 404 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  32.42 
 
 		 401 aa  176  8e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  30.81 
 
 		 400 aa  176  9.999999999999999e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>