More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0009 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0009  D-alanine/D-alanine ligase  100 
 
 		 338 aa  697    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.542001  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2088  D-alanine--D-alanine ligase  45.15 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  42.43 
 
 		 308 aa  219  6e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13270  D-alanine--D-alanine ligase  42.19 
 
 		 315 aa  219  6e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.122637  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  43.05 
 
 		 306 aa  219  7e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  43.05 
 
 		 306 aa  219  7e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  41.53 
 
 		 313 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  42.71 
 
 		 306 aa  216  4e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  42.71 
 
 		 306 aa  216  4e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  42.71 
 
 		 306 aa  216  4e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  42.71 
 
 		 306 aa  216  5e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  42.71 
 
 		 306 aa  216  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  42.37 
 
 		 306 aa  216  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  42.37 
 
 		 306 aa  215  8e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  41.22 
 
 		 314 aa  215  8e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  43.34 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  42.37 
 
 		 306 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  42.71 
 
 		 306 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  42.37 
 
 		 306 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  40.07 
 
 		 306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  42.03 
 
 		 306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0585  D-alanine--D-alanine ligase  40 
 
 		 313 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.034882  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2858  D-alanine--D-alanine ligase  41.72 
 
 		 316 aa  212  7e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000136858  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  41.75 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  42.41 
 
 		 324 aa  211  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2188  D-alanine--D-alanine ligase  42.46 
 
 		 314 aa  210  2e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.441149  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  40.92 
 
 		 306 aa  211  2e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  39.4 
 
 		 305 aa  210  3e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2190  D-alanine--D-alanine ligase  42.16 
 
 		 311 aa  210  3e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.10394  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  40.84 
 
 		 313 aa  210  4e-53  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  39.87 
 
 		 318 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  39.17 
 
 		 318 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  40.2 
 
 		 318 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  40.2 
 
 		 318 aa  209  7e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  38.78 
 
 		 317 aa  209  8e-53  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4463  D-alanine--D-alanine ligase  39.53 
 
 		 317 aa  208  9e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.816615  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  41.3 
 
 		 308 aa  208  1e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3496  D-alanine--D-alanine ligase  42.25 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.303259  normal  0.188396 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  40.73 
 
 		 327 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  39.74 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4406  D-alanine--D-alanine ligase  38.99 
 
 		 319 aa  206  4e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206514  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  41.24 
 
 		 302 aa  206  4e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  39.4 
 
 		 327 aa  206  5e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4100  D-alanine--D-alanine ligase  40.86 
 
 		 319 aa  206  6e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.555114 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  41.28 
 
 		 316 aa  205  7e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0452  D-alanine/D-alanine ligase  40.67 
 
 		 324 aa  204  2e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0742321  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0203  D-alanine--D-alanine ligase  41.83 
 
 		 308 aa  203  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.43186  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0382  D-alanine/D-alanine ligase  41.83 
 
 		 308 aa  203  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0398495  normal  0.161369 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2450  D-alanine--D-alanine ligase  43.45 
 
 		 325 aa  203  3e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0817571  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  38.94 
 
 		 306 aa  202  7e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0136  D-alanine/D-alanine ligase  39.87 
 
 		 302 aa  202  9e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444809  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  40.07 
 
 		 333 aa  201  9.999999999999999e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  37.67 
 
 		 308 aa  199  5e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  41.02 
 
 		 306 aa  199  6e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  36.77 
 
 		 308 aa  198  9e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  40.67 
 
 		 319 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  36.77 
 
 		 308 aa  198  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2612  D-alanine--D-alanine ligase  37.58 
 
 		 317 aa  198  1.0000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000431315  unclonable  0.00000000000418412 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  41.18 
 
 		 319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  40.79 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  38.56 
 
 		 337 aa  197  3e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0772  D-alanine--D-alanine ligase  41.38 
 
 		 309 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.170719  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  37.75 
 
 		 306 aa  196  5.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  40.59 
 
 		 346 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  36.89 
 
 		 312 aa  196  6e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3385  D-alanine--D-alanine ligase  40 
 
 		 306 aa  196  6e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0172099  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2916  D-alanine--D-alanine ligase  40 
 
 		 306 aa  196  6e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.253667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3516  D-alanine--D-alanine ligase  40 
 
 		 306 aa  196  6e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.730478  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2426  D-alanine--D-alanine ligase  41.72 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.142396  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  40.48 
 
 		 337 aa  195  1e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  37.86 
 
 		 311 aa  195  1e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  41.14 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0415  D-alanine--D-alanine ligase  42.43 
 
 		 627 aa  194  2e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  40.21 
 
 		 331 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0360  D-alanine/D-alanine ligase  39.12 
 
 		 330 aa  194  2e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  40.4 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  40.4 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3425  D-alanine--D-alanine ligase  41.28 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.346126  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2198  D-alanine/D-alanine ligase  41.24 
 
 		 313 aa  194  3e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0703567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3468  D-alanine--D-alanine ligase  37.58 
 
 		 313 aa  193  4e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00570253  hitchhiker  0.00196625 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0488  D-alanine--D-alanine ligase  39.53 
 
 		 313 aa  192  8e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0391876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  40.59 
 
 		 307 aa  192  8e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  36.09 
 
 		 346 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  39.86 
 
 		 331 aa  192  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0465  D-alanine--D-alanine ligase  39.4 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0881757  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  39.86 
 
 		 313 aa  191  2e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  35.8 
 
 		 346 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2582  D-alanine--D-alanine ligase  36.72 
 
 		 304 aa  191  2e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2741  D-alanine--D-alanine ligase  36.93 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.199895  hitchhiker  0.00000666317 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  35.69 
 
 		 314 aa  190  4e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  35.65 
 
 		 336 aa  190  4e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0490  D-alanine--D-alanine ligase  39.07 
 
 		 313 aa  190  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.107691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0750  D-alanine--D-alanine ligase  38.61 
 
 		 310 aa  189  4e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  35.86 
 
 		 299 aa  189  5.999999999999999e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2524  D-alanine--D-alanine ligase  36.25 
 
 		 311 aa  189  8e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0109792  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03256  D-alanine--D-alanine ligase  38.16 
 
 		 322 aa  188  9e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.130136  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2627  D-alanine--D-alanine ligase  36.36 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000105454 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3517  D-alanine--D-alanine ligase  39.4 
 
 		 318 aa  188  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  37.42 
 
 		 309 aa  188  1e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  35.05 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>