160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2804 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2804  agmatine deiminase  100 
 
 		 346 aa  719    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.341254 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0652  Agmatine deiminase  47.73 
 
 		 370 aa  339  4e-92  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.161209 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0005  hypothetical protein  47.08 
 
 		 347 aa  336  3.9999999999999995e-91  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0005  hypothetical protein  46.49 
 
 		 346 aa  332  4e-90  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0337  agmatine deiminase  44.9 
 
 		 368 aa  300  2e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48900  agmatine deiminase  46.41 
 
 		 372 aa  298  1e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0724155  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0383  agmatine deiminase  45.58 
 
 		 368 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1144  agmatine deiminase  44.6 
 
 		 369 aa  290  3e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.84564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2962  agmatine deiminase  46.22 
 
 		 374 aa  284  2.0000000000000002e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.378671 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4942  agmatine deiminase  43.14 
 
 		 368 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.470202  hitchhiker  0.00000068337 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5393  hypothetical protein  43.3 
 
 		 368 aa  281  9e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4932  agmatine deiminase  43.02 
 
 		 368 aa  281  9e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.803102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0281  agmatine deiminase  42.02 
 
 		 368 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4623  agmatine deiminase  43.86 
 
 		 346 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.202175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1183  peptidyl-arginine deiminase  42.74 
 
 		 370 aa  279  6e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.460045  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0266  agmatine deiminase  42.3 
 
 		 368 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0169338 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03810  agmatine deiminase  46.41 
 
 		 368 aa  276  3e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0267336  normal  0.571257 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0291  agmatine deiminase  41.46 
 
 		 368 aa  276  4e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2370  peptidyl-arginine deiminase  43.66 
 
 		 350 aa  275  8e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0192949 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0652  agmatine deiminase  40.11 
 
 		 364 aa  274  2.0000000000000002e-72  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2455  Agmatine deiminase  41.49 
 
 		 334 aa  273  2.0000000000000002e-72  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.164164 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1615  agmatine deiminase  42.62 
 
 		 370 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1823  agmatine deiminase  43.19 
 
 		 348 aa  272  8.000000000000001e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2742  agmatine deiminase  43.27 
 
 		 348 aa  271  9e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.337578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3465  agmatine deiminase  40.95 
 
 		 370 aa  271  1e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2858  agmatine deiminase  41.79 
 
 		 334 aa  271  1e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.420489  normal  0.182607 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0706  Agmatine deiminase  40.41 
 
 		 347 aa  270  2e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2521  agmatine deiminase  42.3 
 
 		 375 aa  270  2e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.415458 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0291  agmatine deiminase  44.97 
 
 		 368 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3338  agmatine deiminase  41.24 
 
 		 371 aa  270  4e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0834  agmatine deiminase  41.24 
 
 		 371 aa  270  4e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.048656  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0832  agmatine deiminase  41.24 
 
 		 365 aa  269  5e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3288  agmatine deiminase  40.67 
 
 		 370 aa  269  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0659  agmatine deiminase  40.67 
 
 		 370 aa  269  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.598319 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2586  Agmatine deiminase  40.74 
 
 		 358 aa  268  8e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.729677  normal  0.275773 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1234  agmatine deiminase  40.39 
 
 		 370 aa  268  8.999999999999999e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.792008  hitchhiker  0.00000000182454 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0168  agmatine deiminase  40.68 
 
 		 367 aa  268  8.999999999999999e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.52163  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3282  agmatine deiminase  40.39 
 
 		 370 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0153  agmatine deiminase  40.4 
 
 		 367 aa  267  2e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0034  peptidyl-arginine deiminase  40.59 
 
 		 343 aa  267  2e-70  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.714281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2760  agmatine deiminase  40.39 
 
 		 370 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.679274  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3139  agmatine deiminase  40.67 
 
 		 370 aa  266  5e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0136309  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1489  agmatine deiminase  39.17 
 
 		 369 aa  265  7e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.138528  hitchhiker  0.00047454 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0887  agmatine deiminase  40.39 
 
 		 370 aa  265  1e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3130  agmatine deiminase  40.11 
 
 		 370 aa  265  1e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0672  agmatine deiminase  40.44 
 
 		 371 aa  263  3e-69  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.915937  decreased coverage  0.00000489111 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6169  Agmatine deiminase  43.88 
 
 		 331 aa  263  4.999999999999999e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.425351  normal  0.107362 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4017  agmatine deiminase  40.61 
 
 		 365 aa  259  6e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3810  agmatine deiminase  40.77 
 
 		 365 aa  257  2e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.387298  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0822  peptidyl-arginine deiminase  38.79 
 
 		 355 aa  256  3e-67  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1511  Agmatine deiminase  41.64 
 
 		 342 aa  257  3e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.940428  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3445  agmatine deiminase  38.78 
 
 		 366 aa  256  4e-67  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.371633  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0694  Agmatine deiminase  36.31 
 
 		 349 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4219  Agmatine deiminase  43.99 
 
 		 340 aa  253  3e-66  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.292037 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2405  agmatine deiminase  37.71 
 
 		 365 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.761895  normal  0.0406266 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1028  Agmatine deiminase  39.59 
 
 		 349 aa  251  1e-65  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.262442  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0833  Agmatine deiminase  42.86 
 
 		 339 aa  251  1e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1202  agmatine deiminase  37.43 
 
 		 368 aa  251  1e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0078  peptidyl-arginine deiminase  40.94 
 
 		 624 aa  251  2e-65  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48490  putative peptidylarginine deiminase  45.13 
 
 		 346 aa  250  3e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000276698  normal  0.151139 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2630  Agmatine deiminase  37.64 
 
 		 352 aa  246  6e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0759  peptidyl-arginine deiminase  40.9 
 
 		 336 aa  245  9e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.451964  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0071  Agmatine deiminase  39.48 
 
 		 348 aa  244  9.999999999999999e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.73105  normal  0.685593 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0059  Agmatine deiminase  38.87 
 
 		 375 aa  244  9.999999999999999e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0612  peptidyl-arginine deiminase  39.71 
 
 		 640 aa  244  1.9999999999999999e-63  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.778419 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1189  peptidyl-arginine deiminase  38.55 
 
 		 373 aa  243  3e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.636661  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0827  peptidyl-arginyl deiminase  37.25 
 
 		 347 aa  243  3.9999999999999997e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1849  agmatine deiminase  37.95 
 
 		 369 aa  243  5e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.552976  decreased coverage  0.00228426 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2038  peptidyl-arginine deiminase  39.31 
 
 		 639 aa  242  6e-63  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4756  peptidyl-arginine deiminase  38.62 
 
 		 345 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.322594  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0940  hypothetical protein  37.65 
 
 		 346 aa  241  9e-63  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2154  peptidyl-arginine deiminase  37.5 
 
 		 371 aa  241  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0681  Agmatine deiminase  38.01 
 
 		 348 aa  240  2.9999999999999997e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.214439  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1901  peptidyl-arginine deiminase  39.59 
 
 		 352 aa  238  1e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.459054  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0810  Agmatine deiminase  36.71 
 
 		 353 aa  236  3e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.360404 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2072  Agmatine deiminase  40.48 
 
 		 364 aa  236  6e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1048  agmatine deiminase  37.5 
 
 		 368 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.649771  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0172  Agmatine deiminase  40.24 
 
 		 374 aa  233  3e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.141893  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1604  Agmatine deiminase  36.66 
 
 		 348 aa  233  5e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1596  Agmatine deiminase  35.91 
 
 		 339 aa  233  5e-60  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000239655  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0034  peptidyl-arginine deiminase  36.13 
 
 		 631 aa  232  6e-60  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.137362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1512  hypothetical protein  38.53 
 
 		 350 aa  232  7.000000000000001e-60  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.26981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0678  agmatine deiminase  36.6 
 
 		 386 aa  230  3e-59  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.421408 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1715  Agmatine deiminase  37.21 
 
 		 349 aa  230  3e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.712045  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1727  Agmatine deiminase  36.81 
 
 		 347 aa  230  3e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0117  Agmatine deiminase  39.41 
 
 		 351 aa  229  4e-59  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3937  Agmatine deiminase  35.61 
 
 		 349 aa  228  8e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0591935  normal  0.116304 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2192  agmatine deiminase  34.07 
 
 		 373 aa  228  1e-58  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1203  agmatine deiminase  40.72 
 
 		 332 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.111825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_36398  predicted protein  38.13 
 
 		 386 aa  219  7e-56  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4759  peptidyl-arginine deiminase  38.6 
 
 		 370 aa  218  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.675137  normal  0.251109 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1834  Agmatine deiminase  36.89 
 
 		 343 aa  218  1e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.519602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2176  peptidyl-arginine deiminase  36.89 
 
 		 343 aa  218  1e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1939  peptidyl-arginine deiminase  35.29 
 
 		 365 aa  216  5e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.860811  normal  0.826102 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1030  peptidyl-arginine deiminase  39.94 
 
 		 327 aa  216  5e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.497197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0659  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  36.28 
 
 		 322 aa  216  5e-55  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6353  Agmatine deiminase  39.43 
 
 		 383 aa  215  7e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.512442 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1581  peptidyl-arginine deiminase  36.98 
 
 		 355 aa  214  9.999999999999999e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1197  Agmatine deiminase  38 
 
 		 356 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.614919  normal  0.114571 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0711  peptidyl-arginine deiminase  36.98 
 
 		 351 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>